Coronavirus

COVID-19

Le personnel de santé est en première ligne pour prendre en charge les patients susceptibles d’être atteints par le coronavirus.

 

Dans cette page, les biologistes médicaux du groupe Inovie mettent à disposition des professionnels de santé des informations vérifiées (actualisées le 28 mars 2020).

Le virus

Société Française de Microbiologie ; Wang et al. J Med Virol. 2020 ; Amrane et al. TMAID 2020

La maladie : Covid-19 ou Coronavirus Disease 2019 (maladie à coronavirus) = dénomination OMS

Le virus : SARS-CoV-2 ou Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère) = dénomination du Coronavirus Study Group of the International Committe on Taxonomy of Viruses

  • Famille : Coronaviridae
  • Genre : Betacoronavirus
  • Taille : 100-150 nm
  • ARN simple brin de polarité positive extrêmement long (30 kb) ; plus grand des virus à ARN.
  • Virus enveloppé d’une capsule de protéines en forme de couronne qui leur vaut leur nom.
  • Les coronavirus ont en commun des protéines de structure désignées par une lettre indiquant leur localisation :
      • Protéine S (protubérances) : joue un rôle majeur lors de l’entrée virale.
      • Protéine E (enveloppe) : joue un rôle dans la sécrétion des virions.
      • Protéine M (membrane) : joue un rôle majeur dans l’assemblage du virion.
      • Protéine N (nucléocapside) : protéine qui encapside le génome viral pour former la nucléocapside hélicoïdale.
  • La protéine HE (hémagglutinine estérase) est caractéristique et spécifique du sous-groupe A du genre Betacoronavirus.

Épidémiologie

CDC ; INVS 27 février 2020 ; Guan et al. Clinical Characteristics of Coronavirus Disease 2019 in China NEJM 20202

Caractéristiques du SARS-CoV-19

Les caractéristiques du COVID-19 en font un virus à fort potentiel épidémique avec un impact important sur notre système de santé :

  • Ratio de reproduction R0 > 2 voire 3 : nombre moyen de personnes qu’une personne contagieuse peut infecter. Ce chiffre place cette pathologie au même niveau de contagiosité que le SRAS de 2003 ou la grippe espagnole de 1918. En prenant un R0 moyen de 2,5, il faudrait que 60% à 70% de la population soit immunisée.
  • Intervalle inter-générationnel court 4 à 7 jours : mesure la durée typique s’écoulant entre la survenue de la maladie chez un cas et la survenue de la maladie chez les personnes qu’il va infecter.
  • Taux d’attaque >10% nettement supérieur à grippe saisonnière sur une population naïve.
  • Durée moyenne d’hospitalisation 11 jours +/- 4
  • Létalité 1-2% chez les cas diagnostiqués. Possiblement plus basse (0,3-0,5%) en population générale.
  • Mortalité =
    • 0% chez les moins de 9 ans,
    • 8% chez les patients âgés de 70-79 ans,
    • 14,8% chez les patients 80 ans.

Quelques repères

  • 30 décembre 2019 : des cas de pneumonies inconnus sont décrits à Wuhan, Chine.
  • 1 janvier 2020 : le marché de poissons de Huanan ferme.
  • 7 janvier 2020 : découverte d’un nouveau coronavirus (SARS-COV2). Ce nouveau virus est responsable d’une maladie infectieuse respiratoire appelée COVID-19.
  • 11 janvier 2020 : premier cas mortel déclaré.
  • 13 janvier 2020 : premier cas déclaré, hors de Chine, en Thaïlande.
  • 20 janvier 2020 : premier cas d’infection de personnel soignant prenant en charge des patients atteint de COVID-19.
  • 24 janvier 2020 : la détection du virus, confirmée en France.
  • 9 mars 2020 : les autorité chinoises annoncent la réouverture de lieux publics.
  • 11 mars 2020 : l’OMS déclare la pandémie de COVID-19, première déclenchée par un coronavirus.
  • 14 mars 2020 : la France entre en stade 3 d’épidémie active sur le territoire. La distanciation sociale est renforcée.
  • 16 mars 2020 : l’OMS dénombre autant de cas en Chine qu’hors de Chine.
  • 17 mars 2020 : le Président de la République Française impose le confinement sur l’ensemble du territoire.
  • 20 mars 2020 : tous les pays de l’Union européenne sont désormais touchés.

Sur le plan médical, on distingue deux groupes de coronavirus qui touchent l’être humain :

– les coronavirus peu pathogènes (on en dénombre quatre actuellement) responsables de “rhumes”.

– les coronavirus hautement pathogènes associés à des épidémies mortelles, dont on ne connaît que trois représentants pour l’instant, le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV) en 2003, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) en 2012 et le SARS-CoV-2 en 2020.

Cliquez sur les liens suivants pour accéder à des cartes interactives actualisées en temps réel

Les phases d’une épidémie

Guide méthodologique COVID-19, 20 février 2020

La stratégie de réponse est définie en fonction de la cinétique épidémique :

Au stade 1, il s’agit avant toute chose d’empêcher le virus d’entrer sur le territoire national. L’objectif est d’isoler les individus infectés ou revenant d’une zone à risque comme la ville de Wuhan, en Chine.

Puisqu’il est impossible de contrôler sanitairement tous les voyageurs, le stade 2 a été déclenché le 28 février.

Le stade 2 consiste à freiner la propagation du virus par des mesures d’endiguement. Les foyers de contamination ont été identifiés, dans lesquels des mesures ont été mises en place, comme la fermeture des écoles.

Tout repose sur le plan ORSAN REB élaboré et mise en oeuvre par chaque ARS dont les objectifs opérationnels sont :

  • Assurer la prise en charge des patients atteints d’infection liée à un agent infectieux connu ou émergent notamment ceux présentant un risque épidémique ;
  • Endiguer la propagation de l’agent infectieux en mettant en oeuvre les mesures de biosécurité requises par le patient et par la prise en charge des personnes contacts en cas de maladie à transmission interhumaine ou co-exposées.

La stratégie d’endiguement nécessite la mobilisation du système de santé pour dépister les patients cas suspects, assurer la prise en charge des patients classés « cas possibles et confirmés » en particulier pour les établissements de santé habilités Covid-19 (volet REB du plan de gestion des tensions hospitalières et des situations sanitaires exceptionnelles). Elle repose sur la prise en charge de tous les patients classés « cas possibles » en établissements de santé habilités Covid-19. Cependant l’information large de tous les acteurs de soins, y compris les professionnels de santé de ville et les établissements médico-sociaux, est nécessaire pour permettre l’identification éventuelle de cas suspects via un contact avec n’importe quel type de professionnel de santé ou du secteur médico-social et anticiper l’éventuel stade 3 nécessitant une stratégie d’atténuation.

Cette phase est essentiellement destinée à laisser aux établissements de santé le temps de se préparer pour faire face à l’épidémie lors du passage au stade 3.

Au stade 3 ou stade épidémique (circulation active du virus), la stratégie sanitaire est différente et passe d’une logique de détection et de prise en charge individuelle à une logique d’action collective. La stratégie d’endiguement du stade 1 et 2 de l’épidémie (destiné à freiner la propagation du virus) laisse place à une stratégie d’atténuation de la maladie.

Toutes les composantes du système de santé sont mobilisées (médecine de ville, établissements de santé et établissements médico-sociaux). Dès lors, l’ensemble de ces acteurs doit pouvoir agir en mobilisant l’ensemble des ressources qu’ils sont en capacité de déployer dans la mesure de leurs rôles respectifs. Dans l’hypothèse d’un stade épidémique avérée, l’ensemble des établissements sanitaires (en sus des établissements identifiés Covid-19) doivent pouvoir participer au diagnostic et à la prise en charge des patients Covid-19, de même que les établissements médico-sociaux doivent monter en charge : être en capacité de repérer les patients Covid-19 et mettre en oeuvre des mesures d’isolement dans leur établissement si nécessaire.

Au stade 4, on repasse en-dessous du seuil épidémique défini par l’InVS : retour à une situation normale, évaluation des conséquences de la vague pandémique, retour d’expérience de la conduite de crise, préparation pour une éventuelle vague nouvelle.

A ce stade, le bilan final n’est pas connu avec certitude. Seules les statistiques de mortalité, établies à partir des certificats de décès, permettront d’évaluer la surmortalité liée au virus.

Et dans le Béarn et le Pays Basque…

Nous sommes toujours en phase 2.

Le point épidémiologique de l’ARS Nouvelle-Aquitaine.

Hypothèses de transmission

Santé Publique France INVS février 2020 ; Chen, Guo et al. Lancet 2020

La source zoonotique de la contamination semble se préciser avec probablement la chauve-souris comme réservoir primaire et transmission à l’homme par l’intermédiaire du pangolin, mammifère asiatique écailleux de la famille des fourmiliers.

  • Les cas symptomatiques de COVID-19 sont à l’origine de la majorité des cas de transmission. La transmission inter-humaine débute au moins 24h avant début des symptômes.
  • La transmission de personne à personne se fait :
    • A partir d’aérosols principalement : des gouttelettes respiratoires infectieuses contenant le virus qui adhèrent aux muqueuses des yeux, du nez ou de la bouche. Les interventions médicales générant des aérosols (intubation trachéale, la ventilation non effractive, la trachéotomie, la réanimation cardiorespiratoire, la ventilation manuelle avant intubation et la bronchoscopie) peuvent produire des aérosols pouvant être inhalés et se propager plus loin dans l’air que les gouttelettes respiratoires.
    • Plus rarement, par contact indirect, à partir des surfaces inertes contaminé par le virus puis en se touchant les yeux, le nez et la bouche : tout dépend de la souche virale, de la quantité de virus, du type de surface, du milieu de mise en suspension, du mode de dépôts, de la température et de l’humidité.
    • A partir des excrétions digestives (vomissements, selles) : par voie fécale-orale et par contact avec des liquides corporels. L’ARN du COVID-19 a été détecté dans les selles de certains patients infectés, mais aucune récupération du virus vivant n’a été obtenue à ce jour.
  • Une transmission zoonotique est possible. L’expérience antérieure avec d’autres coronavirus (MERS-CoV et SRAS-CoV) et le lien entre les premiers cas en Chine et un marché d’animaux vivants indiquent qu’il pourrait y avoir une transmission zoonotique associée à la COVID-19. À l’heure actuelle, rien n’indique que des animaux de compagnie ou des animaux domestiques comme les chats et les chiens aient été infectés ou aient transmis la COVID-19.
  • A ce jour, aucune transmission verticale documentée n’a été publiée (in utero, lors de l’accouchement). Il n’y a aucune preuve non plus d’une transmission par le lait. Le risque semble avant tout lié à une transmission par voie aérienne. Si la mère présente des symptômes, pas de contre-indication mais prendre toutes les précautions (dont lavage des mains avant de toucher l’enfant, port du masque pendant l’allaitement).
  • Une durée d’exposition plus longue et l’exposition à une maladie plus grave accompagnée d’une toux sont susceptibles d’augmenter le risque d’exposition au virus.
  • La durée de l’excrétion virale est encore très variable d’une étude à une autre :
    • Wuhan : médiane 20j, max 37j
    • Singapour : médiane 12j, max 20j et PCR positive chez 44% des patients après guérison clinique
  • La détection du virus dans les prélèvements respiratoires (dont le liquide pleural) et dans les selles (détection virale fréquente même sans diarrhée) peut être élevée. Le virus n’a pas été retrouvé dans les urines. Le tableau ci-dessous montre le pourcentage d’échantillons positifs par RT-PCR en fonction du niveau de prélèvement :

Origine du prélèvements

RT-PCR positive

Liquide broncho-alvéolaire

93%

Expectorations

72%

Écouvillonnage nasal

63%

Écouvillonnage laryngé

32%

Selles

29%

Sang

1%

Urine

0%

Cependant, la détection de l’ARN viral n’indique pas nécessairement la présence d’un virus transmissible.

Le virus persiste jusqu’à 3 heures sur des surfaces inertes sèches et jusqu’à 6 jours en milieux humides.

Les coronavirus sont sensibles aux désinfectants usuels virucides tels que l’éthanol (alcool à 62-70%), le peroxyde d’hydrogène (eau oxygénée 0,5%) ou l’hypochlorite de sodium (eau de Javel à 0,1% : 9,6° à diluer au 1/5 (respect de la concentration et du temps de contact).

Port de masque : masque chirurgical pour tout soignant ; masque FFP2 exclusivement au personnel soignant qui réaliserait des gestes invasifs respiratoires (prélèvement sphère nasopharyngé, kinésithérapie respiratoire, aspiration endotrachéale). Il semble que l’on peut stériliser les masques FFP2 en les mettant 30 minutes dans un four à 70°C.

Hygiène des mains : le lavage fréquent des mains avec du savon et de l’eau est le moyen le plus efficace pour éviter les transmissions (temps 20 à 30 secondes). Les produits hydro-alcooliques (SHA) ont un effet rémanent.

Le lavage des vêtements se fait 30 minutes à 60°C.

Clinique

Wang et al. J Med Viral. 2020 ; Shi et al. LID 2020 ; HCSP 5 mars 2020

Véritable fièvre ? La température doit être prise à distance de tout effort physique (20 min de repos), chez une personne normalement couverte et en dehors de toute atmosphère très chaude.

– Les voies axillaire ou buccale sont habituellement utilisées : la température mesurée doit être majorée de 0,5°C pour obtenir la température centrale.

– La voie tympanique peut être mise en défaut en cas d’obstruction du conduit auditif externe (bouchon de cérumen).

  • Incubation moyenne 5 jours (2 à 14 jours)
  • Age médian 50 ans, 40% de femmes
  • Asymptomatique dans 30-60% des cas
  • L’installation des symptômes se fait progressivement contrairement à la grippe de début brutal.
  • Signes cliniques peu spécifiques :
    • Asthénie, Céphalées, Myalgies
    • La fièvre (60% de patients apyrétiques lors de la prise en charge initiale) et une toux sèche apparaissent secondairement souvent 1 à 3 jours après les premiers symptômes.
    • Certains patients présentent des douleurs, une rhinorrhée, une pharyngite ou une diarrhée. Ces symptômes sont généralement bénins et apparaissent de manière progressive.
    • D’après les retours de nombreux professionnels, d’autres signes cliniques pourraient éveiller la suspicion diagnostique : une agueusie, une anosmie brutale sèche, des nausées, une oppression thoracique non douloureuse et un prurit pharyngé.
  • A l’examen physique : Crépitants unilatéraux puis bilatéraux signant une pneumonie.
  • La plupart (environ 80 %) des personnes guérissent sans traitement.
  • Environ une personne sur six contractant la maladie présente des symptômes plus graves, notamment une dyspnée, une détresse respiratoire pouvant aller jusqu’au syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA). Il s’écoule entre 6 à 10 jours entre l’apparition des symptômes et l’admission à l’hôpital.

Toute personne qui a de la fièvre, qui tousse et qui a des difficultés à respirer doit consulter un médecin.

En présence d’une anosmie sans obstruction nasale et avec une agueusie, le diagnostic de Covid-19 est à considérer comme vraisemblable et ces patients doivent être de facto isolés.

Formes bénignes

(légère ou modérée si pneumonie)

Formes sévères

(insuffisance respiratoire)

Formes critiques

(défaillance d’organe) avec mortalité >50%

a) Toute personne présentant des signes cliniques d’infection respiratoire aiguë avec une fièvre ou une sensation de fièvre,
ET
Ayant voyagé ou séjourné dans une zone d’exposition à risque dans les 14 jours précédant la date de début des signes cliniques :
– La liste des zones d’exposition à risque, définies comme les pays ou départements français pour lesquels une transmission communautaire diffuse du SARS-CoV-2 est décrite, est disponible sur le site internet de Santé publique France ;
– Au cas par cas et après consultation de Santé publique France, une exposition avérée ou potentielle à un évènement de type cluster (chaîne de transmission de taille importante), documenté hors de ces zones d’exposition à risque, pourra aussi être considérée.

 

b) Toute personne, même sans notion de voyage/séjour dans une zone d’exposition à risque ou de contact étroit avec un cas confirmé de COVID-19, présentant :
– Une pneumonie pour laquelle une autre étiologie a été préalablement exclue sur la base de critères cliniques, radiologiques et/ou virologiques et dont l’état clinique nécessite une hospitalisation, OU
– Des signes de détresse respiratoire aiguë pouvant aller jusqu’au SDRA (Syndrome de détresse respiratoire aiguë) dans un contexte possiblement viral et sans autre étiologie évidente d’emblée.

Santé Publique France, 13/03/2020

Toute personne présentant des signes cliniques d’infection respiratoire aiguë dans les 14 jours suivant un contact étroit1 avec un cas confirmé de COVID-19 ;

1 Un contact étroit est une personne qui, à partir de 24h précédant l’apparition des symptômes d’un cas confirmé, a partagé le même lieu de vie (par exemple : famille, même chambre) ou a eu un contact direct avec lui, en face à face, à moins d’1 mètre du cas ou pendant plus de 15 minutes, lors d’une discussion ; flirt ; amis intimes ; voisins de classe ou de bureau ; voisins du cas dans un moyen de transport de manière prolongée ; personne prodiguant des soins à un cas confirmé ou personnel de laboratoire manipulant des prélèvements biologiques d’un cas confirmé, en l’absence de moyens de protection adéquats.

Santé Publique France, 13/03/2020

Toute personne, symptomatique ou non, avec un prélèvement confirmant l’infection par le SARS-COV-2.

Santé Publique France, 13/03/2020

Le prélèvement

Wang et al J Med Viral. 2020 ; Shi et al LID 2020

En France, le diagnostic spécifique de COVID-19 est réalisé actuellement par RT-PCR spécifique sur un prélèvement naso-pharyngé (écouvillon ou aspiration).

Les prélèvements à réaliser pour le diagnostic initial COVID-19 sont les suivants :

  • Un prélèvement systématique des voies respiratoires hautes (naso-pharyngé /écouvillons Virocult® ou autres écouvillons équivalents, aspirations),
  • Un prélèvement des voies respiratoires basses (crachats, liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA), aspiration trachéo-bronchique en cas d’atteinte parenchymateuse.

La PCR peut être négative si le prélèvement est de mauvaise qualité (matériel acellulaire) et dans les premiers jours de la maladie :

– Dans une série de 258 patients avec >=2 prélèvements, 5% des RT-PCR se positivaient dans les 4-8 jours

Se protéger

Tenue recommandée pour le préleveur :

  • Port d’un masque de protection type (APR) FFP2 en vérifiant l’étanchéité au visage (réalisation d’un fit check) ;
  • Sur-blouse à usage unique à manches longues ;
  • Port systématique de lunettes de protection ;
  • Port d’une protection complète de la chevelure (charlotte, calot couvrant…) ;
  • Port de gants à usage unique.

Patient :

  • Demander au patient de revêtir un masque chirurgical.
  • Rappelez les gestes simples barrières :
    • Se laver les mains très régulièrement
    • Tousser ou éternuer dans son coude ou dans un mouchoir
    • Saluer sans se serrer la main, arrêter les embrassades
    • Utiliser des mouchoirs à usage unique et les jeter
    • Eviter les rassemblements, limiter les déplacements et les contacts

Tests diagnostiques

COVID-19 : prise en charge en ambulatoire, Ministère de la Solidarité et de la Santé, 21 mars 2020

RT-PCR

Le diagnostic de coronavirus utilise une technique de biologie moléculaire appelée RT-PCR qui permet de faire une PCR (Polymerase Chain Reaction) à partir d’un échantillon d’ARN. L’objectif est de dupliquer un grand nombre de séquence ARN connue.

La technique se divise en deux étapes :

  • L’ARN est tout d’abord rétro-transcrit grâce à une enzyme (la transcriptase inverse) qui permet la synthèse de l’ADN complémentaire.
  • ADN complémentaire est ensuite utilisé pour réaliser une PCR classique. Une réaction de PCR se déroule par répétitions successives des 3 étapes suivantes :
    1. Dénaturation thermique de l’ADN permettant de rompre les liaisons d’hydrogène et libérer les deux brins d’ADN.
    2. Hybridation de la matrice avec des amorces : en abaissant la température (50-70 °C), des amorces présentent constituées de cours fragments d’ADN viennent s’hybrider sur les brins d’ADN.
    3. Élongation : une enzyme, appelée Taq polymérase, complète la synthèse du brin d’ADN à partir de l’amorce en y incorporant les désoxyribonucléiques complémentaires de la séquence.

Un thermocycleur permet d’automatiser la réaction PCR en programmant des cycles consécutifs de montée et de baisse de température. Cet enchaînement d’étapes qui constitue un cycle d’amplification est reproduit successivement de 30 à 40 fois.

La RT-PCR a une sensibilité autour de 71% pour le premier prélèvement.

En cas de forte suspicion, une PCR négative n’exclue pas un Covid-19.

Continuer l’isolement et un deuxième prélèvement quelques jours plus tard doit être réalisé.

Choix de Biopyrénées : BD Max / Anatolia

Directement effectués sur un prélèvement (urine, selles…), les tests de biologie moléculaire permettent d’obtenir des résultats en quelques heures. Les équipes de Biopyrénées utilisent quotidiennement cette technologie pour détecter des pathogènes (bactéries et virus) tels que la grippe/VRS, les pathogènes recherchés dans les coprocultures standards, les virus des selles, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrohae, Trichomonas vaginalis et les mycoplasmes dont mycoplasma genitalium (nouvelle IST émergente).

Un arrêté du JO du 8 mars permet au laboratoire de ville de réaliser des tests de diagnostic. Il est recommandé que ces réactifs comportent au moins deux cibles, selon l’avis de la HAS, de la détection du génome du coronavirus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification.

Dans le cadre du diagnostique du coronavirus dans le sud-Aquitaine, Biopyrénées utilise la technologie BD Max. Le fournisseur des réactifs nécessaires est Bosphore Novel Coronavirus de Anatolia Geneworks, distribué en France par Launch Diagnostics. Le kit de RT-PCR est marqués CE et est pris en charge par l’assurance maladie. Il recherche 2 cibles :

  • Gène E : région de screening permettant de détecter la famille des coronavirus
  • Orf1ab : région spécifique du COVID-19

Biopyrénées est autorisé par ARS à pratiquer ce test depuis le 14 mars 2020.

Les indications

1. La réalisation des tests diagnostiques est prioritaire lorsque les critères suivants sont identifiés

Critères liés à la gravité :
– Patients présentant une symptomatologie respiratoire hospitalisés en réanimation (SDRA notamment) ;
– Patients avec des symptômes évocateurs de Covid-19 hospitalisés pour une pneumopathie avec signes de gravité (pneumopathie hypoxémiante).
– Personnels de santé avec symptômes évocateurs de Covid-19 qui doivent être dépistés prioritairement afin de limiter la diffusion nosocomiale ;

Critères liés à une comorbidité :
– Personnes à risque de formes graves comme définies ci-dessus et présentant des symptômes évocateurs de Covid-19 ;
– Femmes enceintes symptomatiques quel que soit le terme de la grossesse.

Critères liés à une situation :
– Patient hospitalisé pour une autre cause et devenant symptomatique (toux ou fièvre ou dyspnée) ;
– Donneurs d’organes, tissus ou de cellules souches hématopoïétiques ;
– Suivi de l’excrétion virale chez les patients graves de réanimation afin de guider le traitement.
– Exploration d’un foyer de cas possibles (en particulier en collectivités de personnes âgées). Au sein de ce type de collectivité se limiter à 3 tests par unité.

2. Ne sont pas des indications prioritaires

  • Exploration de cas possible en EHPAD une fois que le diagnostic a été porté à partir des 3 tests ;
  • Personne avec symptômes évocateurs de Covid-19 vivant en contact rapproché avec une personne à risque de forme grave ;
  • Pneumopathie chez les plus de 50 ans sans critères de gravité ni autre comorbidité.

3. Ne sont plus des indications de diagnostic de Covid-19 par RT-PCR

  • Forme paucisymptomatique évocatrice de Covid-19 si circulation active du virus et/ou si saturation des capacités de diagnostic ;
  • PCR SARS-CoV-2 de monitoring pour attendre la négativation chez des personnes atteintes de Covid-19 et prononcer la guérison.

Et les autres test ?

Il n’existe aucun signe biologique pour différencier le coronavirus d’une autre virose

Les critères biologiques, associés à une infection au coronavirus, peuvent être :

  • Leucopénie avec lymphopénie quasi systématiquement : 84%
  • Thrombopénie modérée : 40%
  • CRP souvent normale mais qui augmente proportionnelle à la gravité : 60%
  • LDH >250 : 40%
  • Cytolyse hépatique : 15%
  • Procalcitonine >0,5 ng/ml (non recommandée) : 5%
  • D-Dimères augmentés : 50%

Co-infections fréquentes : la PCR grippe reste intéressante.

A ce jour, aucun autre test n’est recommandé.

Un diagnostic indirect par sérologique permettrait de mesurer, dans le sang des patients, la quantité d’anticorps spécifiquement dirigés contre le Covid-19. Ces anticorps sont non seulement le signe d’une infection présente, mais aussi une mémoire des infections passées. Un tel test permettrait de connaître le nombre de personnes qui ont été infectées par le Covid-19, sans pour autant développer de symptômes sévères ou visibles. Une information qui manque aujourd’hui. Problème : il existe énormément de réactions croisées entre les différents coronavirus.

Les tests immunochromatographiques, une technique utilisée dans la conception de tests de dépistage rapides comme dans la grippe, posent eux aussi de nombreux problèmes de réactions croisées.

Signes radiologiques

Ai et al. Correlation of Chest CT and RT-PCR Testing in Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in China: A Report of 1014 Radiology 2020 ; Vesselle et al., 22 mars 2020

Case courtesy of Dr Bahman Rasuli,
Radiopaedia.org, rID: 74576

Case courtesy of Dr Bahman Rasuli,
Radiopaedia.org, rID: 74560

Case courtesy of Dr Domenico Nicoletti,
Radiopaedia.org, rID: 74724

Le scanner permet de redresser le diagnostic chez 33% des patients avec RT-PCR négative.

Le scanner a une sensibilité de 97% et une spécificité de 25%.

Le scanner a une VPP de 65% et une VPN de 83%.

Les anomalies en lien avec le coronavirus sont typiquement des plages en verre de dépoli de répartition périphérique, sous pleural, et bilatérale.

Il n’y a en règle générale pas de nodules, d’adénopathies ou d’épanchement pleural.

L’évolution peut se faire vers l’apparition de condensations alvéolaires voir, dans les cas les plus graves vers un SDRA.

50% des patients ont un scanner normal jusqu’à J3 du début des symptômes (anomalies max à J9 et J13).

La radiographie thoracique est très peu sensible et n’a aucune indication dans ce contexte. Si une imagerie est indiquée, réaliser un scanner.

Prise en charge

COVID-19 : prise en charge en ambulatoire, Ministère de la Solidarité et de la Santé, 21 mars 2020

1. En cas de signes de gravité (difficultés respiratoires)

Ces formes sévères et graves sont prises en charge dans les établissements de santé par Appel du SAMU centre 15. Les indications d’hospitalisation doivent être jugées au cas par cas :

– Polypnée (fréquence respiratoire > 22/min au repos)
– Oxymétrie de pouls (SpO2) < 90% en air ambiant
– Pression artérielle systolique < 90 mmHg
– Troubles de la vigilance : altération de la conscience, confusion, somnolence
– Déshydratation
– Altération de l’état général brutal chez le sujet âgé.

2. Patients non graves

Ces formes non graves sont prises en charge en médecine de ville par téléconsultation. La consultation doit être le plus souvent évitée.

  • Prélèvement en ambulatoire pour diagnostic par RT-PCR pour les patients présentant des symptômes évocateurs de COVID-19 uniquement dans les situations suivantes :

– Les professionnels de santé
– Les personnes fragiles ou à risque
– Les trois premières personnes dans les structures collectives hébergeant des personnes fragiles
– Les femmes enceintes symptomatiques, quel que soit le terme de la grossesse

  • Pour les autres patients, le diagnostic reste uniquement clinique.
  • Tous ces patients doivent rester à domicile pour y être isolés de manière stricte. Pour lever l’isolement des patients prélevés, attendre le retour des résultats de RT-PCR.
  • Un arrêt de travail de 14 jours est préconisé.
  • La préservation des personnes fragiles au sein des établissements médico-sociaux doit être favorisée.
  • Le monitoring de l’excrétion virale pour la guérison n’a plus de place.

Taitement uniquement symptomatique

  • Paracétamol uniquement (non pour faire baisser la fièvre mais pour diminuer les douleurs et l’inconfort. ) :

AINS contre-indiqués,
Corticoides contre-indiqués.

  • Co-infection possible : antibiotique si suspicion de surinfections bactériennes. En cas de fièvre, expectoration, signes de pneumopathie sans dyspnée, en contexte de circulation de SARS-COV2, il est recommandé d’instaurer un traitement par Amoxicilline-Acide clavulanique ou Céphalosporine de 3ème génération, voire fluroquinolone en deuxième intention.
  • Il n’y a pas de place des aérosols en ambulatoire car la dyspnée (fréquence respiratoire >22/min) est un facteur de gravité indiquant l’hospitalisation. Pour les formes sévères justifiant une hospitalisation, l’oxygénothérapie, en fonction de la saturation en oxygène, est la pierre angulaire de la prise en charge.
  • Ventilation assistée pour les formes graves (épuisement respiratoire ou d’un SDRA…).

Patient sous IEC ou ARA2 : Le SARS-CoV-2 utilise comme récepteur cellulaire l’enzyme de conversion de l’angiotensine (ACE) de type 2. Les recommandations européennes conseillent de maintenir les traitements par inhibiteurs de l’enzyme de conversion (IEC) ou par antagonistes des récepteurs de l’angiotensine .

Corticoïde et autres immunosuppresseurs : Ne pas interrompre le traitement, sauf avis spécialisé contraire.

Traitements en cours d'étude

A ce jour, aucun traitement spécifique n’a été identifié pour ce nouveau coronavirus. La physiopathologie de la maladie est encore mal connue. Les traitements actuels en cours d’évaluation s’orientent dans deux directions :

1. Diminuer la charge virale : en début de la maladie, ces traitements permettraient  de favoriser la guérison et de diminuer la contagiosité. Le fait que les pneumopathies surviennent tardivement avec des PCR souvent négative, laisse craindre qu’ils puissent être inefficaces pour traiter les phases plus tardives.

2. Diminuer la réponse immunitaire : le délai d’apparition d’une semaine, entre le début des symptômes et les pneumopathies graves, laisse supposer que c’est au moment où la réponse immunitaire adaptative (humorale et cellulaire) apparaît que les patients s’aggravent. Pour les formes graves, corticoïdes, interférons et plasmaphérèse auraient leur place pour diminuer la réponse immunitaire.

Les principaux traitements, en cours d’évaluation dans le monde, sont les suivants :

  • Remdesivir : antiviral intra-veineux à large spectre, qui a été développé pour le traitement du virus Ebola.  Il s’agit d’un analogue de l’adénosine. Incorporé dans la chaîne d’ARN viral, il inhibe sa réplication in vitro et in vivo. Il est difficile à avoir.
  • Hydroxychloroquine / chloroquine : ces deux médicaments, utilisés depuis longtemps dans le traitement du paludisme et certaines maladies inflammatoires, ont une activité in vitro sur le SARS-CoV-2. Hydroxychloroquine aurait de meilleurs résultats. Basé sur ces essais essentiellement in vitro, la chloroquine et hydroxychloroquine sont actuellement recommandés comme traitement du COVID-19 dans plusieurs pays. Attention aux risque de cardiotoxicité et à l’augmentation du risque épileptique.
  • L’association hydroxychloroquine azithomycine pourrait réduire la phase virémique (70% vs 12,5% dans le groupe contrôle). Raoult et al. montre une diminution de l’excrétion virale des patients sous hydroxychloroquine (associée ou non à l’azithromycine). Ces résultats sont à considérer avec prudence : étude ouverte non randomisée, faible effectif de l’étude (26 patients, 6 perdus de vue), inclusion en partie des patients asymptomatiques, absence de véritable bras témoin et un critère de jugement uniquement virologique. Attention, cette association est connue pour une augmentation du QT.
  • Lopinavir / ritonavir KALETRA : essai en double aveugle testant cette association dans les formes sévères de pneumonie. Par manque de puissance, il n’est pas exclu que cette association puisse avoir une efficacité. L’OMS fait de son coté une étude.
  • Tocizilumab : anticorps monoclonal inhibiteur du récepteur de l’interleukine 6 réservés aux essais cliniques. Un essai clinique évaluant le sarilumab Kevzara® a débuté le 13 mars 2020 aux Etats-Unis. Utilisé dans le traitement de la polyarthrite rhumatoïde, cet anticorps monoclonal permet d’inhiber l’interleukine IL-6 et diminuerait l’inflammation pulmonaire.

Un essai clinique européen destiné à évaluer quatre traitements expérimentaux contre le COVID-19 a démarré le 22 mars 2020 : soins standards seuls ;  soins standards + remdesivir ;  soins standards + lopinavir, ritonavir ; soins standards + lopinavir, ritonavir, interféon beta ; soins standards + hydrochlroquine.

Suivi ambulatoire

COVID-19 : prise en charge en ambulatoire, Élargissement de la prise en charge des cas COVID-19 à l’ambulatoire, Ministère de la Solidarité et de la Santé, 21 mars 2020

  • Pour le cas confirmé (biologiquement ou cliniquement), les mondialités du suivi sont décidées sur appréciation médicale :

- Auto-surveillance des symptômes, sans programmation ultérieure de consultation.
- Contact médical (téléconsultation à privilégier, à défaut physique) entre J6 et J8 pour surveillance et renouvellement de l’arrêt.
- Suivi renforcé à domicile par IDE possible pour sujets à risques ne pouvant assumer une auto-surveillance.
- HAD pour surveillance renforcée, (>70 ans avec risques de complication ou complexité psychosociale).

  • Arrêt de travail à la libre appréciation du médecin, 14 jours recommandés.
  • L’ensemble du foyer vivant avec un cas COVID-19 doit également être isolé strictement à domicile (sauf ravitaillement alimentaire). Les membres asymptomatiques doivent appliquer les recommandations d’isolement avec un malade, prendre leur température 2 fois par jour et auto-surveiller leurs symptômes.

En cas d’aggravation des symptômes (difficultés respiratoires), les patients doivent contacter le SAMU Centre 15.

Levée du confinement : population générale

- Population générale

Au moins 8 jours après le début des symptômes
ET au moins 48h après disparition de la fièvre
ET au moins 48h après disparition de la dyspnée.

Pendant encore 7 jours, éviter les contacts rapprochés avec personnes fragiles.

- Immunodéprimés

Au moins 10 jours après le début des symptômes
ET au moins 48h après disparition de la fièvre
ET au moins 48h après disparition de la dyspnée.

Pendant encore 14 jours, port du masque chirurgical lors de la reprise des activités professionnelles.

Levée du confinement : personnel de santé

- Soignants sans risque de forme grave :

Au moins 8 jours après le début des symptômes
ET au moins 48h après disparition de la fièvre
ET au moins 48h après disparition de la dyspnée.

Pendant encore 7 jours, port du masque chirurgical lors de la reprise des activités professionnelles.

- Soignants avec risque de forme grave :

Au moins 10 jours après le début des symptômes
ET au moins 48h après disparition de la fièvre
ET au moins 48h après disparition de la dyspnée.

Pendant encore 7 jours, port du masque chirurgical lors de la reprise des activités professionnelles (14 jours pour les patients immunodéprimés).

- Soignants ayant développé une forme grave de Covid-19 :

Au cas par cas en lien avec le médecin du service de santé au travail : critère virologique.

Conseils pour un confinement efficace

L’objectif principal est de ne pas contaminer les autres membres du foyer :

  • Eviter les contacts avec les autres occupants du domicile. Dans le cas contraire il est recommandé de se laver les mains fréquemment, de ne pas toucher d’objets communs et de laver quotidiennement les surfaces fréquemment touchées (poignées, téléphones mobiles, etc.).
  • Rester dans une pièce spécifique séparée. Aérée régulièrement. Si possible, une salle de bain et des toilettes spécifiques sont à privilégier.
  • Limiter au maximum les déplacements.
  • Visites déconseillées sauf si indispensables comme les aidants à domiciles.
  • Livraisons à domicile : laisser le colis sur le palier.
  • Rendez-vous médicaux : prévenir en amont le personnel soignant, et porter un masque.

Informer et s’informer

Horaires d'ouverture

Biopyrénées adapte au quotidien l’ouverture de ses laboratoires : modification exceptionnelle des horaires de fermeture COVID-19.

Élargir ses horizons

Responding to Covid-19 — A Once-in-a-Century Pandemic, Bill Gates, 28 février 2020

Coronavirus: Why You Must Act Now, Tomas Pueyo, 10 mars 2020

Coronavirus: The Hammer and the Dance, Tomas Pueyo, 19 mars 2020

Recommandations
ou actualités médicales

regroupées par les biologistes de Biopyrénées.