COVID-19
Le personnel de santé est en première ligne pour prendre en charge les patients susceptibles d’être atteints par le coronavirus.
Dans cette page, les biologistes médicaux de Biopyrénées et du groupe Inovie mettent à disposition des informations vérifiées (crée le 22 mars 2020 ; dernière mise à jour le 10 janvier 2022).
Sur le plan médiatique, les essais cliniques prennent une place de plus en plus importante dans la gestion de cette crise sanitaire. Ils doivent permettent d’évaluer et de valider de façon scientifique et rigoureuse l’ensemble stratégies thérapeutiques. Mais comme le montre les critiques autour des études du Pr Raoult, la qualité méthodologique de ces papiers est capitale. En Chine, 434 essais ont été conduits en 52 jours : 8,5% (19 sur 221 essais cliniques) suit les critères élémentaires de design.
Société Française de Microbiologie ; Wang et al. J Med Virol. 2020 ; Amrane et al. TMAID 2020
La maladie : Covid-19 ou Coronavirus Disease 2019 (maladie à coronavirus) = dénomination OMS
Le virus : SARS-CoV-2 ou Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère) = dénomination du Coronavirus Study Group of the International Committe on Taxonomy of Viruses
Nidovirales
Coronaviridae
Coronavirinae
Betacoronavirus
Société Française de Microbiologie
Deux types différents de SRAS-CoV-2 ont été identifiés, le type L (représentant 70% des souches) et le type S (représentant 30%). Les conséquences cliniques de ces typages sont inconnues.
Bad News Wrapped in Protein : Inside the Coronavirus Genome, The New York Times
Jonathan Corum and
Afin de bien comprendre comment évaluer, prévenir et traiter le COVID-19, il est indispensable de connaître les mécanismes de développement du SARS-CoV-2 et les divers phénomènes associés à leur persistance ou leur progression. Ici sont rassemblées quelques notions essentielles à la compréhension de la physiopathologie. Beaucoup de questions restent en suspens.
L’infection d’une cellule cible par le SARS-CoV-2 se déroule en 6 étapes :
Les cellules cibles, co-exprimant à la fois ACE2 et TMPRSS2, ont été retrouvées dans différents modèles humains et animaux sur les cellules caliciformes des voies aériennes supérieures, sur les pneumocytes de type 2 des alvéoles pulmonaires et sur les entérocytes (iléon, jéjunum, côlon).
Le tropisme du virus SARS-CoV-2 est majoritairement respiratoire, digestif et neurologique.
Bin Ju et al. Potent human neutralizing antibodies elicited by SARS-CoV-2 infection, 26 mars 2020
Chez les personnes infectés, le virus SARS-CoV-2 induit la fabrication d’anticorps spécifiques. Des études préliminaires suggèrent que certains de ces anticorps sont protecteurs.
Un modèle de pseudovirus a permis de montrer une activité neutralisante des anticorps monoclonaux des patients guéris. Dans une autre étude des macaques, infectés par le SRAS-CoV-2, n’ont pas été réinfectés après guérison.
Chez l’homme, des équipes du CHU de Strasbourg et de l’Institut Pasteur ont réalisé une enquête auprès du personnel hospitalier des deux sites des Hôpitaux Universitaires Strasbourg. Grâce à la participation de 160 personnes, atteintes de formes mineures de la maladie Covid-19, les chercheurs ont pu constater que près de la totalité des malades ont développé des anticorps dans les 15 jours suivant le début de l’infection. Par ailleurs, chez 98% d’entre eux, des anticorps neutralisants ont été détectés après 28 jours. Cela tend à prouver que, même pour les formes mineures de la maladie, les personnes atteintes développent des anticorps qui pourraient leur conférer une immunité pendant plusieurs semaines suite à l’infection.
La cicatrice sérologique est inconstante : 30% des patients guéris présentaient des concentrations d’anticorps neutralisants très faibles.
Par analogie avec les autres coronavirus connus, il est probable que l’immunité soit courte et dure 3 à 6 mois.
Un virus mute et c’est tout à fait normal… Quand il pénètre dans une cellule, un virus se réplique : il se copie lui-même pour se propager. À chaque réplication, des “erreurs” de copie se produisent dans son génome. La grande majorité des mutations des virus sont neutres, et le reste plus souvent bénéfiques pour l’Homme que l’inverse. En effet, dans la majorité des épidémies, les virus évoluent vers moins de dangerosité mais plus de diffusion.
Les virus à ARN (matériel génétique proche de l’ADN), comme le SARS-CoV-2, mutent plus vite que les virus à ADN car leurs erreurs d’encodage sont plus fréquentes. Toutefois, les coronavirus mutent moins vite que d’autres virus à ARN : jusqu’à présent par exemple, le SARS-CoV-2 mute deux fois moins vite que la grippe et quatre fois moins vite que le VIH.
La nouvelle mutation du coronavirus, apparue en Angleterre en décembre 2020, semble plus contagieuse que la précédente. Deux des mutations observées sont cruciales car elles affectent la protéine Spike, grâce à laquelle le virus se fixe aux récepteurs ACE-2 des cellules humaines.
D’après une modélisation de l’institut Pasteur, 6% de la population française aurait été contaminée par le SARS-CoV-2 au décours de la première vague épidémique. La proportion est plus importante en Ile-de-France (12,3%) et dans le Grand Est (11,8%).
Deux publications récentes font état des deux premiers cas confirmés de réinfection par le SARS-CoV-2 :
D’autres cas de réinfection viennent aussi d’être identifiés en Europe (Pays-Bas, Belgique …).
CDC ; INVS 27 février 2020 ; Guan et al. Clinical Characteristics of Coronavirus Disease 2019 in China NEJM 20202
Les caractéristiques du COVID-19 en font un virus à fort potentiel épidémique avec un impact important sur notre système de santé :
Sur le plan médical, on distingue deux groupes de coronavirus qui touchent l’être humain :
– les coronavirus saisonniers peu pathogènes (on en dénombre quatre actuellement : 220E, OC43, NL63 et HKU1) responsables de “rhumes”.
– les coronavirus hautement pathogènes associés à des épidémies mortelles, dont on ne connaît que trois représentants pour l’instant, le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV) en 2003, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) en 2012 et le SARS-CoV-2 en 2020.
Carte mondiale de l’épidémie, Organisation Mondiale de la Santé
Carte mondiale de l’épidémie, Johns Hopkins University
Carte de l’épidémie en France, Johns Hopkins University
Carte et données, Gouvernement Français
Nombre de cas confirmé, Google
Projet open source suivant la propagation
du Covid-19 à partir des données génomiques
Utilisation de la géolocalisation des patients en Corée du Sud
Guide méthodologique COVID-19, 20 février 2020
La stratégie de réponse est définie en fonction de la cinétique épidémique :
Au stade 1, il s’agit avant toute chose d’empêcher le virus d’entrer sur le territoire national. L’objectif est d’isoler les individus infectés ou revenant d’une zone à risque comme la ville de Wuhan, en Chine.
Puisqu’il est impossible de contrôler sanitairement tous les voyageurs, le stade 2 a été déclenché le 28 février.
Le stade 2 consiste à freiner la propagation du virus par des mesures d’endiguement. Les foyers de contamination ont été identifiés, dans lesquels des mesures ont été mises en place, comme la fermeture des écoles.
Tout repose sur le plan ORSAN REB élaboré et mise en oeuvre par chaque ARS dont les objectifs opérationnels sont :
La stratégie d’endiguement nécessite la mobilisation du système de santé pour dépister les patients cas suspects, assurer la prise en charge des patients classés « cas possibles et confirmés » en particulier pour les établissements de santé habilités Covid-19 (volet REB du plan de gestion des tensions hospitalières et des situations sanitaires exceptionnelles). Elle repose sur la prise en charge de tous les patients classés « cas possibles » en établissements de santé habilités Covid-19. Cependant l’information large de tous les acteurs de soins, y compris les professionnels de santé de ville et les établissements médico-sociaux, est nécessaire pour permettre l’identification éventuelle de cas suspects via un contact avec n’importe quel type de professionnel de santé ou du secteur médico-social et anticiper l’éventuel stade 3 nécessitant une stratégie d’atténuation.
Cette phase est essentiellement destinée à laisser aux établissements de santé le temps de se préparer pour faire face à l’épidémie lors du passage au stade 3.
Au stade 3 ou stade épidémique (circulation active du virus), la stratégie sanitaire est différente et passe d’une logique de détection et de prise en charge individuelle à une logique d’action collective. La stratégie d’endiguement du stade 1 et 2 de l’épidémie (destiné à freiner la propagation du virus) laisse place à une stratégie d’atténuation de la maladie.
Toutes les composantes du système de santé sont mobilisées (médecine de ville, établissements de santé et établissements médico-sociaux). Dès lors, l’ensemble de ces acteurs doit pouvoir agir en mobilisant l’ensemble des ressources qu’ils sont en capacité de déployer dans la mesure de leurs rôles respectifs. Dans l’hypothèse d’un stade épidémique avérée, l’ensemble des établissements sanitaires (en sus des établissements identifiés Covid-19) doivent pouvoir participer au diagnostic et à la prise en charge des patients Covid-19, de même que les établissements médico-sociaux doivent monter en charge : être en capacité de repérer les patients Covid-19 et mettre en oeuvre des mesures d’isolement dans leur établissement si nécessaire.
Au stade 4, on repasse en-dessous du seuil épidémique défini par l’InVS : retour à une situation normale, évaluation des conséquences de la vague pandémique, retour d’expérience de la conduite de crise, préparation pour une éventuelle vague nouvelle.
A ce stade, le bilan final n’est pas connu avec certitude. Seules les statistiques de mortalité, établies à partir des certificats de décès, permettront d’évaluer la surmortalité liée au virus.
Nous sommes en phase 3.
Le point épidémiologique de l’ARS Nouvelle-Aquitaine.
Le point épidémiologique de l’ARS Occitanie.
Santé Publique France INVS février 2020 ; Chen, Guo et al. Lancet 2020
La source zoonotique de la contamination semble se préciser avec probablement la chauve-souris comme réservoir primaire et transmission à l’homme par l’intermédiaire du pangolin, mammifère asiatique écailleux de la famille des fourmiliers.
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Origine du prélèvements |
RT-PCR positive |
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Liquide broncho-alvéolaire |
93% |
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Expectorations |
72% |
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Écouvillonnage nasal |
63% |
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Écouvillonnage laryngé |
32% |
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Selles |
29% |
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Sang |
1% |
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Urine |
0% |
Cependant, la détection de l’ARN viral n’indique pas nécessairement la présence d’un virus transmissible.
Le virus persiste jusqu’à 3 heures sur des surfaces inertes sèches et jusqu’à 6 jours en milieux humides.
Les coronavirus sont sensibles aux désinfectants usuels virucides tels que l’éthanol (alcool à 62-71%), le peroxyde d’hydrogène (eau oxygénée à 0,5%) ou l’hypochlorite de sodium (eau de Javel à 0,1% : 9,6° à diluer au 1/5 (respect de la concentration et du temps de contact).
Hygiène des mains : le lavage fréquent des mains avec du savon et de l’eau est le moyen le plus efficace pour éviter les transmissions (temps 20 à 30 secondes). Les produits hydro-alcooliques (SHA) ont un effet rémanent.
Port de masque : masque chirurgical pour tout soignant ; masque FFP2 exclusivement au personnel soignant qui réaliserait des gestes invasifs respiratoires (prélèvement sphère nasopharyngé, kinésithérapie respiratoire, aspiration endotrachéale). Il semble que l’on peut stériliser les masques FFP2 en les mettant 30 minutes dans un four à 70°C.
Le lavage des vêtements se fait 30 minutes à 60°C.
> Les masques chirurgicaux sont des dispositifs médicaux (norme NF EN 14683). Ils sont destinés à éviter la projection vers l’entourage des gouttelettes émises par celui qui porte le masque. Ils protègent également celui qui le porte contre les projections de gouttelettes émises par une personne en vis-à-vis. En revanche, ils ne protègent pas contre l’inhalation de très petites particules en suspension dans l’air. On distingue trois types de masques :
> Les masques FFP sont des appareils de protection respiratoire (norme NF EN 149). Ils sont destinés à protéger celui qui le porte à la fois contre l’inhalation de gouttelettes et des particules en suspension dans l’air, qui pourraient contenir des agents infectieux. Le port de ce type de masque est plus contraignant (inconfort thermique, résistance respiratoire) que celui d’un masque chirurgical. Il existe trois catégories de masques FFP, selon leur efficacité (estimée en fonction de l’efficacité du filtre et de la fuite au visage). Ainsi, on distingue :
> Les masques à un usage non sanitaire sont destinés à compléter les gestes barrières et de distanciation sociale. Ces masques répondent à des normes sanitaires spécifiques pour filtrer les gouttelettes infectieuses. Deux catégories de masque ont ainsi été définies :
Wang et al. J Med Viral. 2020 ; Shi et al. LID 2020 ; HCSP 5 mars 2020
Toute personne qui a de la fièvre, qui tousse et qui a des difficultés à respirer doit consulter un médecin.
Véritable fièvre ? La température doit être prise à distance de tout effort physique (20 min de repos), chez une personne normalement couverte et en dehors de toute atmosphère très chaude.
– Les voies axillaire ou buccale sont habituellement utilisées : la température mesurée doit être majorée de 0,5°C pour obtenir la température centrale.
– La voie tympanique peut être mise en défaut en cas d’obstruction du conduit auditif externe (bouchon de cérumen).
(légère ou modérée si pneumonie)
(insuffisance respiratoire)
(défaillance d’organe) avec mortalité >50%
Durée médiane d’apparition des principaux symptômes, des complications et de l’excrétion virale chez des patients hospitalisés atteint de Covid-19. ICU = unité de soins intensifs. ARDS = syndrome de détresse respiratoire aiguë.
Fei Zhou et al., Clinical course and risk factors for mortality of adult inpatients with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective cohort study, Lancet 2020
HAS, Réponses rapides dans le cadre de la Covid-19 – Prise en charge de premier recours des patients suspectés de Covid-19, 5 novembre 2020
Les examens complémentaires (analyses biologiques, imagerie…) apportent au médecin des informations dans le but d’élaborer un diagnostic. Ces informations alimentent le raisonnement médical et ont pour finalité d’aider la décision médicale. Ces examens peuvent être prescrits pour confronter une hypothèse diagnostiques ou pour éliminer une hypothèse alternative. L’utilité de l’information apportée par un examen complémentaire va dépendre de la qualité de l’information apportée par l’examen (c’est à dire la qualité diagnostique de l’examen) et de la pertinence clinique de l’information recherchée (c’est à dire de l’utilité de cette information via-à-vis du raisonnement médical).
La sensibilité et la spécificité sont des indices intrinsèques d’un test diagnostique. Elles caractérisent la qualité informationnelle de l’examen quelle que soit la population à laquelle on l’applique :
Les valeur prédictive positive et valeur prédictive négative sont des indices informationnels extrinsèques. Elles varient en fonction de la prévalence de la maladie. On les utilise à l’étape de l’interprétation des résultats, car elles expriment la probabilité post-test de la maladie pour un patient donné.
Il n’existe aucun signe biologique pour différencier le coronavirus d’une autre virose
Les examens biologiques seront demandés dans le cadre d’une orientation diagnostique différentielle ou d’un bilan de décompensation d’une pathologie préexistante.
Les critères biologiques, associés à une infection au coronavirus, peuvent être :
Le diagnostic virologique repose sur 2 approches :
Les termes de “tests virologiques” sont parfois utilisés pour les désigner.
Revue du praticien, novembre 2010 ; COVID-19 : prise en charge en ambulatoire, Ministère de la Solidarité et de la Santé, 21 mars 2020
En France, les prélèvements à réaliser pour le diagnostic initial de COVID-19 par RT-PCR sont les suivants :
La PCR peut être négative si le prélèvement est de mauvaise qualité (matériel acellulaire) et dans les premiers jours de la maladie : dans une série de 258 patients avec >=2 prélèvements, 5% des RT-PCR se positivaient dans les 4-8 jours
Quel prélèvement faut-il favoriser ?
IDSA Infections Diseases Society of America apporte une réponse :
Les recommandations internationales (CDC, IDRA, eCDC) et la SFM relatif à la pertinence du prélèvement OP se prononcent pour maintenir le prélèvement NP comme le prélèvement de référence.
En revanche, le prélèvement NP peut être raisonnablement substitué par un prélèvement OP dans les situations suivantes :
Pour le dépistage de masse, le positionnement du crachat salivaire est une alternative intéressante:
Le prélèvement salivaire peut être réalisé de manière assistée ou en auto-prélèvement au laboratoire de biologie médicale, au domicile ou sur un site de dépistage. S’il est difficile pour le patient de cracher (par exemple pour les très jeunes enfants), la salive peut être prélevée sous la langue à l’aide d’une pipette. Le prélèvement doit être réalisé 30 minutes après la dernière prise de boisson, d’aliment, de cigarette / e-cigarette, d’un brossage des dents ou d’un rinçage bucco-dentaire. Il doit être impérativement fait sans effort de toux ni de raclement de gorge. Et l’échantillon recueilli doit être conservé dans un flacon sec et stérile à température ambiante.
Pour les personnes qui peuvent saliver, le recueil dans un flacon sec et stérile est privilégié. L’embouchure du flacon doit être assez large pour recueillir facilement la salive. Le recueil non-supervisé par auto-prélèvement de salive, pour les personnes capables de saliver, est techniquement possible sous réserve que le patient reçoive au préalable une information détaillée par un professionnel de santé habilité (incluant notamment : précautions, modalités et volume minimum de recueil ; fermeture-décontamination-identification-emballage du dispositif de prélèvement ; modalités de conservation) et le matériel adapté qui est délivré par le laboratoire prenant en charge l’analyse.
Pour les personnes ayant des difficultés pour saliver ou pour comprendre les consignes, le liquide salivaire est prélevé sous la langue à l’aide d’une « Pastette » puis transféré dans un contenant adapté. Cela concerne en particulier les enfants de moins de 3 ans qui ne savent pas cracher et souvent les enfants de moins de 5 ans qui ont très fréquemment des difficultés à cracher.
Biopyrénées et les laboratoires du groupe Inovie mettent en place un système de Drives pour les prélèvements COVID-19.
Ces « Drives Labos » permettent, aux patients suspectés d’être atteints du COVID-19, de se faire dépister tout en restant confinés confortablement dans leur voiture. Le patient doit, de préférence, venir seul et équipé d’un masque de protection pour limiter la propagation du virus.
La qualité du prélèvement ayant une incidence directe sur la qualité du résultat, les Biologistes Médicaux garantissent la bonne pratique des prélèvements nasopharyngés.
Biopyrénées COVID-19 : informations importantes à lire pour réaliser un prélèvement.
Tenue recommandée pour le préleveur :
Patient :
Le diagnostic de coronavirus utilise une technique de biologie moléculaire appelée RT-PCR qui permet de faire une PCR (Polymerase Chain Reaction) à partir d’un échantillon d’ARN. L’objectif est de dupliquer un grand nombre de séquence ARN connue.
La technique se divise en trois étapes :
Un thermocycleur permet d’automatiser la réaction PCR en programmant des cycles consécutifs de montée et de baisse de température. Cet enchaînement d’étapes qui constitue un cycle d’amplification est reproduit successivement de 30 à 40 fois.
Dans un test de PCR en temps réel, une réaction positive est détectée par accumulation d’un signale fluorescent. Le Ct (seuil de cycle) est défini comme le nombre de cycles requis pour que le signal fluorescent dépasse le niveau de fond. Les niveaux de Ct sont inversement proportionnels à la quantité d’acide nucléique cible dans l’échantillon.
La RT-PCR a une sensibilité autour de 71% pour le premier prélèvement.
En cas de forte suspicion, une PCR négative n’exclue pas un Covid-19. Continuer l’isolement et un deuxième prélèvement quelques jours plus tard doit être réalisé.
Directement effectués sur un prélèvement (urine, selles…), les tests de biologie moléculaire permettent d’obtenir des résultats en quelques heures. Les équipes de Biopyrénées utilisent quotidiennement cette technologie pour détecter des pathogènes (bactéries et virus) tels que la grippe/VRS, les pathogènes recherchés dans les coprocultures standards, les virus des selles, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrohae, Trichomonas vaginalis et les mycoplasmes dont mycoplasma genitalium (nouvelle IST émergente).
Un arrêté du JO du 8 mars permet au laboratoire de ville de réaliser des tests de diagnostic. Il est recommandé que ces réactifs comportent au moins deux cibles, selon l’avis de la HAS, de la détection du génome du coronavirus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification.
Dans le cadre du diagnostique du coronavirus dans le sud-Aquitaine, Biopyrénées utilise les technologies BD (BD Max) depuis le 14 mars 2020, Roche depuis le lundi 6 avril 2020 (un extracteur MagNA Pure 96 et un thermocycleur Lightcycler Z480) et ID Solutions depuis le 22 août 2020. Ces automates permettent actuellement de s’affranchir de la pénurie de consommables et de réactifs et de réaliser plus de 1500 tests / jour.
Les réactifs de RT-PCR sont marqués CE et sont pris en charge par l’assurance maladie :
1. Sans prescription médicale, sans même présenter de symptômes. Afin de faciliter plus encore l’accès au dépistage, le ministre de la Santé Olivier Véran a signé un arrêté le 24 juillet permettant à toute personne volontaire, avec ou sans symptôme, de se faire dépister sans prescription. Ce dispositif ne nécessite aucune avance de frais : les tests sont intégralement pris en charge par l’assurance maladie.
2. Aux personnes identifiées comme ayant été en contact, avec un risque élevé de transmission, avec une personne testée positivement :
3. A certains publics dans le cadre de campagnes spécifiques de dépistage : personnes vulnérables (infection respiratoire aiguë), résidents des structures d’hébergement collectif (EHPAD, établissement médico-sociaux, établissement pénitentiaires…) et personnels exerçant dans ces structures en cas de premier cas confirmé au sein de la structure compte tenu des risques de propagation du virus dans des environnements fermés.
4. Pré-opératoire (voir les recommandations de la SFAR paragraphe Synthèse prescription des examens biologiques).
5. La réalisation de tests systématiques est maintenue pour :
Santé Publique France classe les variants évalués en trois catégories :
Variant pour lequel il a été démontré en comparant avec un/plusieurs virus de référence :
Variant caractérisé par un changement phénotypique par rapport à un virus de référence ou des mutations qui conduisent à des changements en acides aminés associés à des implications phénotypiques confirmées ou suspectées ET :
Absence d’éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d’un impact en santé publique en France, malgré la présence de mutations retrouvées chez un ou plusieurs variants d’intérêt/à suivre.
Le criblage systématique des tests positifs permettant une surveillance plus réactive des variants préoccupants (VOC) connus. En cas de diagnostic positif d’un premier test RT-PCR, un test RT-PCR de criblage est réalisé permettant de détecter les principales mutations caractérisant les VOC connus à ce jour et d’évaluer leur diffusion sur l’ensemble du territoire. Ces tests de criblage sont analysés par Santé publique France pour évaluer en temps réel leur circulation sur le territoire.
Le séquençage de l’ADN consiste à déterminer l’ordre d’enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné.
Cette technique repose sur l’utilisation de di-désoxynucléotides, qui stoppent la réaction de synthèse. Le fragment à séquencer est dénaturé et une seule amorce est hybridée sur l’ADN matrice. Une polymérase synthétise le brin complémentaire à l’aide de nucléotides présents dans le mélange. L’incorporation aléatoire d’un di-désoxynucléotide stoppe la synthèse du fragment. Le produit obtenu correspond donc à un mélange de fragments de tailles différentes : à chaque base de la matrice d’origine correspond un ensemble de fragments de même taille. La visualisation des fragments après électrophorèse permet de déduire la séquence recherchée.
L’indication actuelle pour le séquençage est de le réaliser :
(i) pour les patients de retour de l’étranger pour lesquels un criblage variant par kit PCR ne peut être réalisé,
(ii) pour des situations correspondant à des clusters avec suspicion de variants, et
(iii) pour des zones ou une augmentation forte / inexpliquée du taux d’incidence se produit.
COVID-19 : la HAS positionne les tests antigéniques dans trois situations, HAS, octobre 2020
Les tests antigéniques détectent la présence de protéines virales (antigènes) du SARS-CoV-2. La plupart d’entre eux sont des tests immunologiques à flux latéral (LFI), qui sont généralement réalisés en 30 minutes.
Contrairement aux tests d’amplification des acides nucléiques, il n’y a pas d’amplification de la cible qui est détectée, ce qui rend les tests antigéniques moins sensibles. En outre, des résultats faux positifs (indiquant qu’une personne est infectée lorsqu’elle ne l’est pas) peuvent être obtenus si les anticorps présents sur la bandelette de test reconnaissent aussi des antigènes de virus autres que le SARS-CoV-2, tels que d’autres coronavirus humains. La sensibilité des différents tests antigéniques comparés à la rRT-PCR sur des échantillons des voies respiratoires supérieures (écouvillons nasopharyngés) semble très variable, mais on observe invariablement une spécificité élevée.
Les tests antigéniques permettent de réduire le nombre de tests moléculaires à effectuer et de faciliter l’identification et la prise en charge rapides des cas de COVID-19. La façon dont la détection d’antigène devrait être intégrée dans l’algorithme de dépistage dépend de la sensibilité et de la spécificité du test antigénique et de la prévalence de l’infection à SARS-CoV-2 dans la population visée par le test. Des charges virales élevées sont associées à une meilleure performance des tests antigéniques ; par conséquent, la performance des tests devrait être optimale au moment de l’apparition des symptômes et pendant la phase initiale d’une infection à SARS-CoV-2.
Le prélèvement naso-pharyngé est identique aux tests de biologie moléculaire.
A l’inverse des tests par biologie moléculaire, il n’est pas possible de réaliser des prélèvements oro-pharyngés ou salivaires.
Covid-19 : quelle place pour les tests antigéniques nasaux dans la stratégie de dépistage ?, HAS, mars 2021
L’arrivée de nouvelles modalités de tests a permis d’enrichir au fur et à mesure la palette des outils disponibles pour détecter le virus responsable de la Covid-19. Ces tests dits “rapides” sont moins invasifs que les tests sur prélèvement nasopharyngé et représentent une offre complémentaire pour des besoins spécifiques.
Ces premières données rapportent des sensibilités cliniques de l’ordre de 80 à 95 % chez les patients symptomatiques et de l’ordre de 50 à 60% chez les personnes asymptomatiques pour les TDR/TROD. Ces performances sont possiblement extrapolables aux autotests, mais la HAS souligne que le suivi des performances de ces tests dans les conditions réelles d’utilisation est essentiel.
Le prélèvement nasal ne nécessite pas d’être réalisé aussi profondément que le prélèvement nasopharyngé. Pour autant, les tests dont la HAS recommande aujourd’hui l’utilisation sont des tests sur prélèvement nasal dit “profond”, par opposition aux tests sur prélèvement nasal antérieur. Le prélèvement nasal profond se réalise à une profondeur de 3 à 4 cm, avec un écouvillon spécifique, plus épais que l’écouvillon des tests sur prélèvement nasopharyngé. Une fois introduit dans le vestibule narinaire, la personne devra lui faire faire 5 rotations avant de le retirer.
1. Préparation
Se laver les mains avec de l’eau et du savon ou avec du gel hydroalcoolique.
Sortir tous les éléments de la boîte du test et les poser sur une surface plane bien nettoyée. Identifier chaque élément du kit de test.
2. Réalisation du test
Réalisation de l’autotest par l’usager après lecture des conditions d’utilisations fournies par le fabricant.
(A) Il faut introduire l’écouvillon verticalement dans une narine sur 2 à 3 cm sans forcer (B), puis le basculer doucement horizontalement et l’introduire un peu jusqu’à rencontrer une légère résistance. (C) Puis réaliser un mouvement de rotation à l’intérieur de la narine. Pour certains tests, le prélèvement d’une seconde narine est nécessaire. Si tel est le cas, il faut procéder de la même façon dans l’autre narine avec le même écouvillon. Puis suivre les indications d’emploi pour l’extraction et la lecture du résultat du test sur la cassette.
(+) Le résultat est POSITIF si deux bandes colorées apparaissent au niveau des zones (C) et (T).
(-) Le résultat du test est NÉGATIF si une bande colorée apparait unique–ment dans la zone contrôle (C).
(X) Si la ligne contrôle (C) n’apparait pas, le résultat est INVALIDE. Il faut refaire un autotest. En cas de doute sur le résultat, consulter son pharmacien.
Jeter les articles du kit dans un sac plastique pour éviter toute contamination. Fermer le sac et le placer dans un deuxième sac plastique. Jeter le tout dans sa poubelle habituelle.Se laver les mains après la manipulation.
La HAS recommande l’utilisation des autotests antigéniques chez les personnes asymptomatiques de plus de 15 ans dans les deux situations suivantes :
Place des tests sérologiques et des tests sérologiques rapides (TDR, TROD, autotests) dans la stratégie de prise en charge de la maladie COVID-19, HAS, mai 2020
Le diagnostic sérologique consiste à rechercher des anticorps (Ac) synthétisés par les lymphocytes B de l’hôte en réponse à une infection virale à SARS-CoV-2. La réponse immunitaire est toujours graduelle :
Les techniques sérologiques sont basées sur le principe de la spécificité de la réaction antigène – anticorps, et utilisent des antigènes viraux de référence sous différentes formes (virus entier purifié, protéine virale native ou recombinante). Leur mise en œuvre repose sur des artifices permettant de visualiser la formation des complexes immuns.
Ces anticorps sont non seulement le signe d’une infection présente, mais aussi une mémoire des infections passées. Un tel test permet de connaître le nombre de personnes qui ont été infectées par le Covid-19, sans pour autant développer de symptômes sévères ou visibles.
La HAS exclut l’usage de ces tests pour un dépistage général car aucun ne donne de réponse sur le statut immunitaire des personnes (pas de passeport immunitaire). Ils ne répondent qu’à la question : le patient est-il malade ou a-t-il été malade en compléments des tests virologiques.
Tout l’enjeu porte sur la ou les meilleures protéines à détecter afin d’éviter les réactions croisées avec les autres coronavirus et que le test soit spécifique de l’infection à COVID-19. Pour encadrer leur utilisation, l’HAS a élaboré un cahier des charges définissant les modalités d’évaluation des performances des tests sérologiques détectant les anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2 ainsi que des recommandations sur leurs indications :
Le prélèvement à réaliser pour le diagnostic initial COVID-19 par sérologie est du sang en tube sec ou tube gélosé : le sang est centrifugé et des aliquots de sérum sont utilisés pour réaliser les sérologies prescrites.
Les tests ELISA sont automatisables et permettent la recherche soit des IgG, soit des IgM spécifiques d’un virus donné.
Plusieurs méthodes d’ELISA existent. La méthode, la plus fréquente dite indirect, comporte quatre étapes principales :
Fixation de l’antigène : l’antigène connu, spécifique à l’anticorps recherché, est incubé sur une plaque. L’antigène va se fixer de manière électrostatique au fond des puits. Ils sont ensuite lavés pour enlever les antigènes non fixés.
Fixation de l’anticorps à doser : on incube l’échantillon à doser (sérum contenant l’anticorps). Les anticorps spécifiques vont se fixer aux antigènes. Un lavage des puits est nécessaire pour enlever les anticorps non fixés.
Fixation de l’anticorps de détection : des anticorps secondaires couplés à une peroxydase sont ensuite incubés. C’est un anti IgG qui va donc reconnaître l’anticorps primaire. Un lavage des puits est nécessaire pour enlever les anticorps secondaires non fixés.
Révélation : un substrat spécifique à l’enzyme est incubé. Si la réaction est positive (présence de l’anticorps recherché), une coloration apparait. L’intensité de la coloration est proportionnel à la quantité d’enzyme présente et donc à la concentration d’anticorps recherchés.
Seuls les tests ELISA peuvent être qualitatifs ou semi-quantitatifs, les tests unitaires étant uniquement qualitatifs.
Les tests rapides peuvent être classés comme suit :
On parle de tests de diagnostic rapide (TDR) lorsqu’ils sont utilisés par un laboratoire de biologie médicale (LBM) comme défini par l’article L.6211-1 du Code de la santé publique. Conformément à l’article L.6211-2, cet examen de biologie médicale (EBM) se déroule en trois phases: pré-analytique, analytique et post-analytique. Cette dernière phase comprend «la validation, l’interprétation contextuelle du résultat ainsi que la communication appropriée du résultat au prescripteur et, dans les conditions fixées à l’article L. 1111-2, au patient, dans un délai compatible avec l’état de l’art. La réalisation au sein d’un LBM garantit également la traçabilité des résultats, que ce soit à l’échelon individuel ou populationnel ;
En laboratoire de biologie médicale, à performance diagnostique équivalente, il est préconisé de réaliser préférentiellement un test automatisable (ELISA) plutôt qu’un TDR compte tenu du caractère semi-quantitatif des tests automatisables et de l’absence à ce jour d’évaluation formelle des performances cliniques sur sang total des TDR.
Pour les tests de diagnostic rapide (TDR), les indications sont les mêmes que celles des tests automatisables (ELISA) à savoir :
On parle de tests rapides d’orientation diagnostique (TROD) lorsqu’ils sont réalisés en dehors d’un LBM «par un professionnel de santé ou par du personnel ayant reçu une formation adaptée et relevant de structures de prévention et associatives ou du service de santé des armées». Ces tests ne sont pas des examens de biologie médicale (EBM). En effet, d’après l’article L.6211-3 du Code de la santé publique, «ne constituent pas un examen de biologie médicale un test, un recueil et un traitement de signaux biologiques, à visée de dépistage, d’orientation diagnostique ou d’adaptation thérapeutique immédiate». Ces tests sont réalisés sous la responsabilité de ceux qui le réalisent, sans obligation de compte-rendu de résultats. La traçabilité individuelle ou populationnelle n’est donc pas garantie. Les TROD sont soumis à la publication d’un arrêté ministériel pour être réalisés. Les TROD sont marqués CE conformément à la directive 98/79/CE, soit en automarquage, soit certifiés par un organisme notifié selon le paramètre biologique considéré. Pour le SARS-CoV-2,le marquage CE est octroyé par automarquage par le fabricant;
Le recours aux TROD doit être considéré avec prudence vis-à-vis du recours aux tests automatisables (ELISA) et aux TDR, compte tenu:
Les indications sont les mêmes que celles des TDR à l’exception des deux indications relatives aux patients symptomatiques graves hospitalisés et avec les quatre nuances suivantes:
En cas de résultat positif, le résultat du TROD devra toujours être confirmé par un test sérologique réalisé en laboratoire de biologie médicale.
On parle d’autotest pour des tests rapides de dépistage pour lesquels le prélèvement, la lecture et l’interprétation des résultats sont réalisés par l’individu lui-même, dans un environnement domestique. Il n’y a pas de traçabilité des résultats obtenus par autotests. Ces derniers ne sont pas des EBM et sont vendus en officine après obtention du marquage CE octroyé par un organisme notifié.
La HAS considère leur utilisation dans le contexte actuel de COVID-19 comme encore prématuré à ce jour compte tenu notamment :
La stratégie nationale de dépistage repose sur l’objectif énoncé par le Président de la République de dépistage virologique à compter du 11 mai 2020 afin qu’elles puissent s’isoler :
C’est ainsi que les chaînes de transmission du virus pourront être interrompues et que l’épidémie pourra rester sous contrôle.
Finalité du test : diagnostic initial ou de rattrapage.
Population cible : patients hospitalisés, patients suivis en ville ou en structure d’hébergement.
1. < 7 jours de l’apparition des symptômes :
Un test RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé est prescrit si le patient est vu en consultation entre J1 et J7. Si le résultat du test RT-PCR ne peut être obtenu dans un délai de 48 heures et si le patient symptomatique est vu en consultation entre J1 et J4, un test antigénique sur prélèvement nasopharyngé est réalisé. Si le résultat du test antigénique est négatif, il faut retester par un test RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé seulement chez les personnes de plus de 65 ans et/ou avec facteur de risque.
2. de 7 à 14 jours de l’apparition des symptômes :
La démarche diagnostique repose sur les signes cliniques. Étant donné que la charge virale diminue à partir de J8 au niveau nasopharyngé, il y a un risque élevé de résultat faux négatif pour des tests réalisés à partir de J8. Un résultat négatif par test RT-PCR ne sera pas concluant.
3. > 14 jours de l’apparition des symptômes :
Le test RT-PCR n’est pas recommandé. Après J15, une sérologie par tests automatisables ELISA (IgG + IgM ou Ig totales) est à réaliser dans un laboratoire de biologie médicale dans les indications suivantes :
Finalité du test : santé publique.
Population cible : professionnels soignants et personnels d’hébergements collectifs.
Femmes enceintes: La conduite à tenir est la même qu’en population générale.
Enfants: La conduite à tenir est la même que pour les adultes en prenant en compte la particularité de la technique de prélèvement pour le test diagnostique chez les jeunes enfants (de la maternelle au CM2). Note du Conseil Scientifique COVID-19 du 24 avril 2020.
Interprétation des tests diagnostiques du SRAS-Cov-2 au cours du temps, JAMA, 6 mai 2020
−en France métropolitaine, une co-circulation du SARS-CoV-2 responsable de la COVID-19 et de certains virus responsables d’infections respiratoires hivernales a débuté. Parmi ces virus hivernaux, les virus influenza A et B responsables de la grippe sont particulièrement surveillés compte tenu des risques de grippe sévère et de décès chez les patients à risque;
−les signes cliniques de la grippe et de la COVID-19 sont très proches et aucun symptôme ou tableau clinique n’est réellement spécifique de l’une ou de l’autre; il est alors très difficile de poser un diagnostic différentiel de ces deux infections sur le seul examen clinique, alors que des cas de co-infections ont été décrits;
−les personnes à risque de formes sévères de l’une ou l’autre de ces deux infections virales sont globalement les mêmes (personnes âgées, patients avec des maladies chroniques…);
−les possibles conséquences de la co-infection des virus Influenza A/B et SARS-CoV-2 sur la mortalité ;
−différents examens de recherche directe du virus SARS-CoV-2 sont d’ores et déjà disponibles et pris en charge par l’Assurance maladie, dans des conditions fixées par arrêtés du ministre des solidarités et de la santé, pris après avis de la Haute Autorité de santé;
−la recherche des génomes des différents virus a pour but (i) de diminuer le taux d’admission en hospitalisation pour les patients aux urgences, (ii) d’organiser des mesures d’isolement séparé pour les patients hospitalisés ou hébergés au sein d’établissements médico-sociaux et porteurs des virus de la grippe et/ou du SARS-CoV-2 et (iii) de mettre en place une prise en charge optimale diagnostique
Le Collège de la Haute Autorité de santé estime que le développement du dépistage systématisé est souhaitable autant que possible de manière générale, tant pour la protection individuelle des patients que pour éviter le risque de diffusion de l’épidémie.
Le Collège préconise:
Algorithme chirurgie programmée, SFAR
Algorithme chirurgie en urgence, SFAR
Afin de clarifier la prise en charge actuelle des jeunes enfants malades en collectivité (crèches, écoles maternelles et élémentaires), les pédiatres (infectiologues, urgentistes, généralistes et ambulatoires) proposent un algorithme dont l’objectif est d’aider à définir les indications de la PCR-Sars-CoV-2.
Sociétés Savantes de Pédiatrie pour les indications de la PCR Covid-19 chez les enfants
À l’heure actuelle, seuls les tests virologiques RT-PCR sur prélèvement naso-pharyngés sont fiables pour confirmer le diagnostic de COVID-19. La réalisation de ces prélèvements sur prescription médicale est douloureuse, complexe logistiquement (équipements de protection et parcours des données patient) et doit être réalisée par des professionnels formés.
En conséquence, à ce stade, aucune organisation par les employeurs de prélèvements en vue d’un dépistage virologique ne saurait s’inscrire dans la stratégie nationale de dépistage.
Ai et al. Correlation of Chest CT and RT-PCR Testing in Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in China: A Report of 1014 Radiology 2020 ; Vesselle et al., mars 2020
Case courtesy of Dr Bahman Rasuli,
Radiopaedia.org, rID: 74576
Case courtesy of Dr Bahman Rasuli,
Radiopaedia.org, rID: 74560
Case courtesy of Dr Domenico Nicoletti,
Radiopaedia.org, rID: 74724
Le scanner permet de redresser le diagnostic chez 33% des patients avec RT-PCR négative.
Le scanner a une sensibilité de 97% et une spécificité de 25%.
Le scanner a une VPP de 65% et une VPN de 83%.
Le scanner thoracique à des fins de dépistage n’est pas recommandé chez des patients sans signes de gravité pour le diagnostic du COVID-19. Il est recommandé en cas de symptômes respiratoires avérés relevant d’une prise en charge hospitalière, chez un patient RT-PCR+ ou suspect, pour évaluer le degré de sévérité de l’atteinte pulmonaire et avoir un examen de référence.
Les anomalies en lien avec le coronavirus sont typiquement des plages en verre de dépoli multifocal de répartition périphérique, sous pleural, et bilatérale.
Il n’y a en règle générale pas de nodules, d’adénopathies ou d’épanchement pleural.
L’évolution peut se faire vers l’apparition de condensations alvéolaires voir, dans les cas les plus graves vers un SDRA.
50% des patients ont un scanner normal jusqu’à J3 du début des symptômes (anomalies max à J9 et J13).
La radiographie thoracique est très peu sensible et n’a aucune indication dans ce contexte. Si une imagerie est indiquée, réaliser un scanner.
Stratégie de contact-tracing post-confinement et aux modalités de sa mise en oeuvre, Ministère de la Solidarité et de la Santé, 6 mai 2020 ; Stratégie et modalités d'isolement, Avis n°9 du Conseil scientifique COVID-19, 3 septembre 2020 ; HAS, Réponses rapides dans le cadre de la Covid-19 – Prise en charge de premier recours des patients suspectés de Covid-19, 5 novembre 2020
Face à l’infection, il existe des gestes pour se protéger, pour faire barrière au coronavirus :
Les cas positifs aurons les choix entre :
Pour toutes ces situations, le Conseil scientifique recommande un isolement de 7 jours. Cet isolement s’applique:
-7 jours après le début des symptômes pour les cas confirmés, sans attendre les résultats du test
-7 jours après un prélèvement positif pour les cas asymptomatiques
-7 jours après un contact avec un cas confirmé pour les personne-contacts suivi d’un test diagnostique réalisé au 7ème jour d’isolement, isolement qui sera poursuivi si le résultat du test est positif
La durée d’isolement est allongée à 10 jours pour les porteurs d’une variante d’intérêt 20H/501Y.V2 ou 20J/501Y.V3.
Afin de disposer de mesures adaptées aux risques mais aussi simples et facilement compréhensibles par tous, il a été décidé une harmonisation des durées d’isolement et de quarantaine, quel que soit le virus du SARS-CoV2 considéré.
L’isolement est désormais d’une durée de 7 jours (pleins) après la date du début des signes ou la date du prélèvement du test positif.
Toutefois, au bout de 5 jours, la personne positive peut sortir d’isolement à deux conditions :
Si le test réalisé est positif ou si la personne ne réalise pas de test, son isolement est maintenu à 7 jours. Elle ne réalise pas un second test à J7.
L’isolement est de 10 jours (pleins) après la date du début des signes ou la date du prélèvement du test positif. Toutefois, au bout de 7 jours, la personne positive peut sortir d’isolement à deux conditions :
Si le test est positif ou si la personne ne réalise pas de test, l’isolement est de 10 jours.
En raison de l’émergence et de la diffusion de nouveaux variants caractérisés par une transmissibilité plus élevée, des modifications ont été apportées à la définition d’un contact à risque par rapport à la version du 16/11/2020 :
– les masques grand public en tissu de catégorie 2 ou de masque de fabrication artisanale ne sont plus considérés comme des mesures de protection efficaces, en raison de leur pouvoir filtrant inférieur aux masques à usage médical ou en tissu de catégorie 1 ;
– la distance physique séparant un cas confirmé d’une personne-contact en dessous de laquelle le contact est considéré comme à risque, passe de 1 à 2 mètres.
Toute personne, symptomatique ou non, avec un résultat biologique confirmant l’infection par le SARS-CoV-2, par amplification moléculaire (RT-PCR, RT-LAMP), test antigénique (TAG) naso-pharyngé ou sérologie (dans le cadre d’un diagnostic de rattrapage, conformément aux recommandations de la HAS).
En cas de résultat positif par un TAG, une RT-PCR de diagnostic doit être réalisée dans les 24h suivant le TAG (RT-PCR de diagnostic simple ou RT-PCR de diagnostic simple couplée à une RT-PCR de criblage). Si le résultat de diagnostic obtenu par cette RT-PCR et celui du TAG sont discordants, c’est celui de la RT-PCR qui doit être retenu.
Un TAG nasal (« auto-test ») positif ne doit pas être considéré comme une confirmation du diagnostic, et doit être suivi dans les 24h d’un test RT-PCR pour confirmer ou infirmer l’infection.
Santé Publique France, 30/08/2021
Toute personne présentant des signes cliniques et des signes visibles en tomo-densitométrie thoracique évocateurs de COVID-19.
Santé Publique France, 30/08/2021
Toute personne, ayant ou non été en contact à risque (voir définition ci-dessous) avec un cas confirmé dans les 14 jours précédant l’apparition des symptômes, présentant des signes cliniques évocateurs de COVID-19 : infection respiratoire aiguë avec une fièvre ou une sensation de fièvre, ou toute autre manifestation clinique suivante, de survenue brutale, selon l’avis du HCSP relatif aux signes cliniques d’orientation diagnostique du COVID-19 :
(1) Définition d’un contact :
En l’absence de mesures de protection efficaces pendant toute la durée du contact :
Sont considérés comme des mesures de protection efficaces :
– Séparation physique isolant la personne-contact du cas confirmé ou probable en créant deux espaces indépendants (vitre, Hygiaphone®);
– Masque chirurgical, ou FFP2, ou en tissu « grand public filtration supérieure à 90% » (correspondant à la catégorie 1 (AFNOR)), porté par le cas confirmé ou probable OU la personne-contact.
Ne sont pas considérés comme mesures de protection efficaces 4 :
– Masques en tissu grand public de catégorie 2 ;
– Masques en tissu « maison » ou de fabrication artisanale ne répondant pas aux normes AFNOR ;
– Visières et masques en plastique transparent portés seuls ;
– Plaque de plexiglas posée sur un comptoir, rideaux en plastique transparent séparant clients et commerçants.
Ces définitions de personnes-contacts à risque ne s’appliquent pas à :
– L’évaluation des personnes-contacts à risque d’un professionnel de santé hospitalier survenus dans un contexte de soins, pour lequel une évaluation spécifique doit être réalisée par le médecin du travail et l’équipe opérationnelle d’hygiène ;
– L’évaluation des personnes-contacts à risque dans le milieu scolaire. Pour plus d’information, consulter le protocole sanitaire de l’Education Nationale et la conduite à tenir en cas de cas confirmé(s) parmi les élèves ainsi que les avis relatifs au milieu scolaire du HCSP.
Santé Publique France, 30/08/2021
En l’absence de mesures de protection efficaces pendant toute la durée du contact :
Sont considérés comme des mesures de protection efficaces :
– Séparation physique isolant la personne-contact du cas confirmé ou probable en créant deux espaces indépendants (vitre, Hygiaphone®);
– Masque chirurgical, ou FFP2, ou en tissu « grand public filtration supérieure à 90% » (correspondant à la catégorie 1 (AFNOR)), porté par le cas confirmé ou probable OU la personne-contact.
Ne sont pas considérés comme mesures de protection efficaces 4 :
– Masques en tissu grand public de catégorie 2 ;
– Masques en tissu « maison » ou de fabrication artisanale ne répondant pas aux normes AFNOR ;
– Visières et masques en plastique transparent portés seuls ;
– Plaque de plexiglas posée sur un comptoir, rideaux en plastique transparent séparant clients et commerçants.
Ces définitions de personnes-contacts à risque ne s’appliquent pas à :
– L’évaluation des personnes-contacts à risque d’un professionnel de santé hospitalier survenus dans un contexte de soins, pour lequel une évaluation spécifique doit être réalisée par le médecin du travail et l’équipe opérationnelle d’hygiène ;
– L’évaluation des personnes-contacts à risque dans le milieu scolaire. Pour plus d’information, consulter le protocole sanitaire de l’Education Nationale et la conduite à tenir en cas de cas confirmé(s) parmi les élèves ainsi que les avis relatifs au milieu scolaire du HCSP.
Santé Publique France, 30/08/2021
Toute personne, symptomatique ou non, qui :
Tout cas possible de réinfection remplissant au moins un des critères suivants* :
Tout cas possible ou probable de réinfection remplissant l’un des deux critères biologiques suivants :
Santé Publique France, 16/03/2021
1. En cas de signes de gravité (difficultés respiratoires) :
Les indications d’hospitalisation en établissement de santé avec hébergement ou en HAD doivent être jugées au cas par cas :
– Oxymétrie de pouls (SpO2) < 95% en air ambiant en absence d’infection respiratoire chronique
– Tachypnée (fréquence respiratoire > 24/min au repos)
– Pression artérielle systolique < 100 mmHg en absence de prise d’hypertenseur
– Altération de l’état général brutal chez le sujet âgé.
Les indications d’appel au SAMU centre 15 sont les suivantes :
– Oxymétrie de pouls (SpO2) < 90% en air ambiant
– Tachypnée (fréquence respiratoire > 30/min au repos)
– Pression artérielle systolique < 90 mmHg
– Troubles de la vigilance : altération de la conscience, confusion, somnolence.
2. Patients sans signe de gravité :
Ces formes présumé pauci symptomatique et pneumonie sans signe de gravité chez des patients sans facteurs de risque de forme grave sont prises en charge en médecine de ville avec recours à des solutions de suivi par des applications numérique de type téléconsultation. La consultation doit être le plus souvent évitée.
Toutefois, dans certaines situations, elle pourra être insuffisante pour poser l’ensemble du diagnostic et les conditions de prise en charge associées et devra donc être prolongée par une consultation présentielle. C’est au médecin qu’il revient d’apprécier à tout moment la possibilité de poursuivre la téléconsultation en cours ou d’organiser une consultation physique, notamment quand une exploration plus fine du système respiratoire est requise.
Cette stratégie de détection des cas, d’identification des personnes contacts et d’isolement et de quatorzaine des cas et des contacts à risque repose sur une organisation en 3 niveaux mobilisant:
Quel que soit le diagnostic, la prise en charge globale d’un patient est identique pour les patients en attente des résultats du test RT-PCR, les patients ayant un test RT-PCR positif, et ceux à forte suspicion de COVID-19 avec un test RT-PCR négatif.
Les personnes présentant des symptômes cliniques évocateurs du COVID-19 constituent le point d’entrée essentiel de la stratégie de contact-tracing. Plusieurs mesures s’imposent dès l’apparition des symptômes:
La conduite à tenir par la suite dépend du résultat du test :
Si le test antigénique est négatif, retester avec un test RT-PCR entre J2 et J7 si le patient est âgé de plus de 65 ans et/ou à risque de développer une forme grave de Covid-19.
Si le test RT-PCR est négatif et si suspicion forte de COVID-19 : refaire un test RT-PCR entre J2 et J7 ou à défaut prescrire un test sérologique à partir de J14.
Raisons pour lesquelles un résultat faux négatif peut survenir lors d’un test RT-PCR:
– Mauvaise technique du prélèvement (l’écouvillonnage n’a pas été assez pro-fond).
– Le test a été réalisé trop tard et le virus ne peut plus être isolé à partir d’un prélèvement nasopharyngé (risque élevé de résultat négatif pour des tests réalisés à partir de J8).
Si le test de détection antigénique ou le test RT-PCR sont positifs, les mesures suivantes sont engagées:
-Pour l’ensemble des contacts à risque (foyer et hors foyer), un test antigénique devra être réalisé immédiatement, dès la prise en charge du contact, chez afin de pouvoir déclencher sans attendre le contact-tracing en cas de positivité. Un résultat négatif ne lève pas la mesure de quarantaine de la personne contact (une attention particulière devra être portée à l’explication de l’importance de la poursuite de la quarantaine). Les enfants de moins de 6 ans ne sont pas concernés par cette mesure. En cas de positivité, la conduite à tenir pour les cas confirmés détaillée ci-dessus s’applique.
-La durée de la quarantaine pour les contacts à risque reste à 7 jours après le dernier contact avec le cas confirmé ou probable qu’il s’agisse du virus sauvage ou des variantes d’intérêt 20I/501Y.V1, 20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3.
–Recommandations pour le respect des mesures barrière au domicile (port du masque en présence d’un tiers dans la même pièce, lavage régulier des mains, auto-surveillance de la température et de l’apparition de symptômes) ;
-Toutes les personnes contacts à risque sont invitées à informer les personnes avec qui elles ont été en contact à risque depuis leur dernière exposition à risque avec le cas (contact warning de seconde génération).
-Organisation d’un test RT-PCR à J+7 de la date du dernier contact avec le cas :
Tous les membres du foyer d’un cas confirmé ou probable TDM+ de COVID-19 sont considérés comme des personnes contacts à risque, les mesures de protection efficaces ne pouvant être garanties en permanence au domicile. Les résultats des tests réalisés pour ces personnes dès la prise en charge du cas possible ou dès la confirmation du cas permettent de :
La stratégie de prise en charge des personnes contacts à risque hors du foyer du cas confirmé ou probable TDM+ diffère légèrement de celle des personnes contacts du foyer, du fait de leur hébergement différencié de celui du cas. Les personnes contacts à risque hors du foyer, identifiées par interrogatoire du cas, sont contactées par les agents en charge du contact-tracing de niveau 2 et si le niveau «à risque» du contact est confirmé.
Pour tous les cas de contamination ou de suspicion de contamination, la durée de l’isolement doit être égal à 10 jours pleins (10 jours (qu’il s’agisse du virus sauvage ou des variantes d’intérêt 20I/501Y.V1, 20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3). Durant la semaine qui suit la levée de l’isolement, le risque résiduel peut être parfaitement maitrisé par le port rigoureux du masque chirurgical, et le suivi scrupuleux des mesures d’hygiène et de la distanciation physique.
1. Patients symptomatiques
Il n’existe pas de traitement ayant démontré à ce jour une efficacité sur la réduction de complications ou la durée des symptômes avec un niveau de preuve suffisant. Le traitement de la Covid-19 est symptomatique, et adapté selon les signes cliniques présentés.
A ce jour, aucun traitement spécifique n’a été identifié pour ce nouveau coronavirus. La physiopathologie de la maladie est encore mal connue. Les traitements actuels en cours d’évaluation s’orientent dans deux directions :
1. Diminuer la charge virale : en début de la maladie, ces traitements permettraient de favoriser la guérison et de diminuer la contagiosité. Le fait que les pneumopathies surviennent tardivement avec des PCR souvent négative, laisse craindre qu’ils puissent être inefficaces pour traiter les phases plus tardives.
2. Diminuer la réponse immunitaire : le délai d’apparition d’une semaine, entre le début des symptômes et les pneumopathies graves, laisse supposer que c’est au moment où la réponse immunitaire adaptative (humorale et cellulaire) apparaît que les patients s’aggravent. Pour les formes graves, corticoïdes, interférons et plasmaphérèse auraient leur place pour diminuer la réponse immunitaire.
Multiplication virale du SRAS-Cov-2 et potentielles cibles médicamenteuses,
Sanders and al. Pharmacologic Treatments for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), JAMA April 13, 2020
Plutôt que de fabriquer de nouvelles molécules, les chercheurs cherchent d’abord à réutiliser des médicaments déjà approuvés dans d’autres maladies. Les principaux traitements, en cours d’évaluation dans le monde, sont les suivants :
Un essai clinique européen destiné à évaluer quatre traitements expérimentaux contre le COVID-19 a démarré le 22 mars 2020 : soins standards seuls ; soins standards + remdesivir ; soins standards + lopinavir, ritonavir ; soins standards + lopinavir, ritonavir, interféon beta ; soins standards + hydrochlroquine. Un autre essai randomisé contrôlé international appelé Solidarity mis en place l’organisation mondiale de la santé doit évaluer lui aussi ces 4 stratégies.
Le but est d’exposer le système immunitaire à un antigène qui ne causera pas de maladie mais sera capable de provoquer une réponse immunitaire.
Les différents types de vaccins :
Quelques réponses aux questions les plus fréquentes sur la vaccination contre la Covid-19 :
Les vaccins à ARN peuvent-ils modifier nos gènes ?
Non. Lors de la synthèse protéique, l’information circule dans le sens ADN→ARN→protéine. Il n’y pas dans notre organisme d’enzyme permettant d’inverser ce sens. Ainsi, les vaccins ARNm ne peuvent pas modifier nos gènes (qui eux sont sous forme d’ADN).
Et les vaccins à ADN: peuvent-ils modifier nos gènes ?
Non. Dans les vaccins à ADN, l’acide nucléique est sous une forme circulaire fermée(plasmide)qui ne peut pas s’intégrer à l’ADN chromosomique. Par ailleurs, le vaccin ne contient pas l’enzyme (intégrase) qui permettraitcette intégration.
Quels sont les avantages des vaccins à acide nucléique ?
Ils sont très faciles et rapides à produire. La synthèse est faite en laboratoire sans avoir besoin de manipuler le virus. De plus, une fois le vaccin injecté, la protéine d’intérêt est produite dans nos cellules de façon naturelle; elle prend donc la conformation (la forme) qu’elle a habituellement et induit une réponse immunitaire complète (anticorps et lymphocytaire T). C’est un avantage par rapport aux vaccins inactivés ou sous-unitaires, et qui induisent surtout une réponse immunitaire de type anticorps.
Quel recul a-t-on sur la technologie des vaccins à acide nucléique ?
Il n’existait jusqu’à aujourd’hui aucun vaccin à ARNm homologué. Cependant, les chercheurs y travaillent depuis plus de 20 ans. Cette technologie a fait l’objet d’améliorations continues, qui ont largement contribué à sa sûreté. Des vaccins à ARNm ont été testés chez l’être humain contre le virus Zika, les virus de la grippe et de la rage, et le cytomégalovirus, avec de l’ordre de 600 participants inclus dans ces essais. C’est également le cas pour les vaccins à ADN qui ont montré des résultats prometteurs chez l’animal et dont les essais cliniques, chez l’humain, avaient déjà commencé avant le développement des vaccins à ADN contre le SARS-CoV-2. Quatre vaccins à ADN ont par ailleurs reçu les autorisations règlementaires nécessaires à leur exploitation commerciale pour protéger plusieurs espèces animales contre des maladies virales ou traiter le mélanome du chien.
Quelle est l’efficacité des vaccins à ARNm de Pfizer-BioNTech et de Moderna ?
Les preuves d’efficacité de ces vaccins proviennent de deux vastes essais cliniques de phase 3 randomisés, en double aveugle et avec un groupe placebo, c’est-à-dire procurant le plus haut niveau de preuve scientifique. Ces deux essais (l’un de 43000 participants environ, l’autre de 30000 participants environs) montrent une efficacité de 94%. Concrètement, pour le vaccin Pfizer-BioNTech, les résultats ont porté sur 170 cas deCovid-19symptomatiques: 8 cas sont survenus dans le groupe des volontaires vaccinés contre162 cas dans le groupe placebo;pour le vaccin Moderna, sur 196 cas de Covid-19symptomatiques, 11sont survenus dans le groupe des volontaires vaccinés contre185 cas dans le groupe placebo. Cette efficacité ne variait pas dans différentes les catégories d’âge et de sexe,et chez les personnes souffrant de problèmes médicaux sous-jacents,ainsi que chez les participants ayant eu une infection antérieure par le SARS-CoV-2; d’autres résultats permettront de préciser encore davantage si cette efficacité varie dans différents groupes de personnes.
Quels sont les effets secondaires les plus fréquents des vaccins à ARNm ?
La grande majorité des effets secondaires observés lors des essais cliniques se manifestent le lendemain de la vaccination et durent habituellement moins de 3 jours. Ils sont classiques et relativement attendus et fréquents : rougeur au point d’injection, fatigue, maux de tête, douleurs musculaires, frissons ou fièvre. C’est ce que l’on appelle la «réactogénicité». Les effets généraux sont plus fréquents après la 2èmedose de vaccin et chez les personnes plus jeunes. Ils sont le plus souvent légers à modérés et durent en moyenne 2 à 3 jours. Comme pour toute autre vaccination, les personnes vaccinées doivent être averties de la possibilité de survenue de tels effets. La prise de paracétamol est possible, mais elle n’est pour le moment pas recommandée de manière préventive. Notons que, dans le groupe placebo, 23 % des sujets ayant reçu le placebo (une solution d’eau salée)ont rapporté des maux de tête (contre 59 % dans le groupe vacciné) et 23 % ont rapporté une fatigue (contre 65 %dans le groupe vacciné) dans les 7 jours suivant la 2èmedose dans l’essai clinique de Moderna. Notons enfin la survenue d’adénopathie(s) axillaire(s) plus fréquente(s) dans le groupe des volontaires vaccinés (0,3 et 1,1 % dans les essais de Pfizer-BioNTech et Moderna respectivement) que parmi ceux ayant reçu le placebo.
Les mutations impactent-elles l’efficacité des vaccins ?
Ce n’est pas le cas avec une année de recul.La protéine S (spicule) qui permet l’entrée du virus dans les cellules humaines peut comme les autres protéines virales être affectée par des mutations.Si les mutations touchent sa capacité à être reconnue par le système immunitaire, l’efficacité des vaccins actuellement développés pourrait être touchée. Des systèmes de surveillance internationaux sont en place pour repérer si de telles mutations se produisaient.
Devra-t-on se faire vacciner tous les ans comme pour la grippe ?
Il est possible que la Covid-19devienne une maladie saisonnière comme la grippe, ce qui pourrait justifier l’obtention d’une immunité à long terme. Si le vaccin ne protège pas plus d’une année ou que le virus acquiert sur plusieurs années des mutations lui permettant de ne plus être reconnu par une personne qui a déjà fait une COVID ou qui a été vaccinée (comme le virus de la grippe), il faudra se vacciner régulièrement avec un vaccin adapté aux nouveaux variants qui pourraient circuler. Cependant, aucune mutation détectée à ce jour n’a affecté la protéine S au point d’altérer la capacité du corps humain à reconnaître le coronavirus.
Le vaccin de Pfizer Biontech vs Moderna vs AstraZeneca contre la Covid-19 :
Vaccin ARN codant pour la protéine Spike.
Autorisé pour… 16 ans et plus
Présentation : flacon multidose (6 à 7 doses de 0,3mL), dispersion blanche à diluer (ajout de 1,8ml de chlorure de sodium)
Intervalle d’injection : RCP (2 doses espacées de 3 semaines) ; HAS (2 doses espacées de 6 semaines).
Administration : IM, de préférence dans le muscle deltoïde.
Conservation avant ouverture : -70 à -80°C (6 mois), 2 à 8°C (5 jours) et à température ambiante (2h).
Conservation après ouverture : entre 2 à 30°C (6h).
Vaccin testé sur 43 538 volontaires (phase 3).
Ils ont reçu 2 injections.
Parmi les 43 538 volontaires, 94 ont été infectés par la Covid-19 dont :
Vaccin ARN codant pour la protéine Spike.
Autorisé pour… 18 ans et plus
Présentation : flacon multidose (10 doses de 05mL), dispersion blanche prête à l’emploi.
Intervalle d’injection : RCP (2 doses espacées de 4 semaines) ; HAS (2 doses espacées de 6 semaines).
Administration : IM, de préférence dans le muscle deltoïde.
Conservation avant ouverture : -20°C (6mois), 2 à 8°C (1 mois) et à température ambiante (12h).
Conservation après ouverture : entre 2 à 25°C (6h).
Vaccin testé sur 30 000 volontaires (phase 3).
Ils ont reçu 2 injections.
Parmi les 30 000 volontaires, 90 ont été infectés par la Covid-19 dont :
Ils ont reçu 2 injections à 4 semaines d’intervalle.
Vecteur à protéines virales.
Autorisé pour… 18 ans et plus
Présentation : flacon multidose (10 doses de 0,5mL), suspension incolore à légèrement brune prête à l’emploi.
Intervalle d’injection : RCP (2 doses espacées de 4 à 12 semaines) ; HAS (2 doses espacées de 12 semaines).
Administration : IM, de préférence dans le muscle deltoïde.
Conservation avant ouverture : 2 à 8°C (6 mois) à l’abri de la lumière.
Conservation après ouverture : <30°C (6h) ou 2 à 8°C (48h).
Vaccin testé sur 23 000 volontaires (phase 3).
Ils ont reçu 2 injections.
Parmi les 23 000 volontaires, 131 ont été infectés par la Covid-19 dont :
Vecteur à protéines virales.
Autorisé pour… 18 ans et plus
Présentation : flacon multidose (5 doses de 0,5mL), suspension incolore à légèrement jaune prête à l’emploi.
Intervalle d’injection : RCP (1 dose unique).
Administration : IM, de préférence dans le muscle deltoïde.
Conservation avant ouverture : -25 à -15°C (2ans) et 2 à 8°C (3 mois).
Conservation après ouverture : <25°C (3h) et 2 à 8°C (6h).
COVID-19 : prise en charge en ambulatoire, Élargissement de la prise en charge des cas COVID-19 à l’ambulatoire, Ministère de la Solidarité et de la Santé, 21 mars 2020 ; Stratégie de contact-tracing post-confinement et aux modalités de sa mise en oeuvre, Ministère de la Solidarité et de la Santé, 6 mai 2020
Le rôle de coordination du médecin traitant est essentiel. Il prescrit les éventuels examens complémentaires, les actes infirmiers et autres prises en charge thérapeutiques nécessaires selon les besoins du patient et selon ses capacités fonctionnelles, en coordination avec les différentes acteurs (infirmier, kinésithérapeute, diététicien, psychologue, orthophoniste, etc.).
Le suivi doit être attentif pendant les deux premières semaines d’évolution, correspondant à la période pendant laquelle une aggravation rapide est susceptible de survenir. Un suivi plus rapproché ou plus prolongé peut parfois être nécessaire, dont la fréquence est à adapter selon l’évolution du patient. Cette surveillance peut être réalisée par le médecin équipé d’un oxymètre de pouls, par un(e) infirmier(e) de ville équipé(e) oxymètre de pouls, ou selon l’organisation territoriale des soins et les ressources en professionnels de santé.
La surveillance des paramètres physiologiques au repos et à l’effort, en particulier respiratoires, est nécessaire: fréquence respiratoire; saturation en oxygène; fréquence cardiaque et température.En cas d’aggravation le patient devra contacter le médecin traitant.
Place de la téléconsultation pour l’évaluation clinique: le médecin jugera s’il a besoin de voir le patient ou s’il peut le suivre par téléconsultation. La téléconsultation a une place possible dans la surveillance comme un outil parmi d’autres mais ne peut remplacer une évaluation clinique en présentiel.
Place des examens complémentaires dans le suivi: Dans les formes non sévères, il n’y a pas lieu de réaliser d’examens complémentaires biologiques ou radiologiques. Les examens biologiques sont demandés dans le cadre du diagnostic différentiel ou d’un bilan de décompensation d’une pathologie préexistante.
Auto-surveillance des symptômes, sans programmation ultérieure de consultation. Contact médical (téléconsultation à privilégier, à défaut physique) entre J6 et J8 pour surveillance et renouvellement de l’arrêt. Suivi renforcé à domicile par IDE possible pour sujets à risques ne pouvant assumer une auto-surveillance. HAD pour surveillance renforcée (>70 ans avec risques de complication ou complexité psychosociale).L’objectif principal est de ne pas contaminer les autres membres du foyer :
Sont plus particulièrement concernés, les patients qui répondent aux 3 critères suivants:
Il convient dans un premier temps d’éliminer des diagnostics sans lien avec la Covid-19. Puis il convient de rechercher:
Pendant la crise Biopyrénées adapte au quotidien l’ouverture de ses laboratoires : horaires d’ouverture des laboratoires Biopyrénées.
Biopyrénées COVID-19 : informations importantes à lire pour réaliser un prélèvement.
