Les amorces choisies sont dans des régions conservées. Elles ne peuvent pas être prises en défaut même si le virus évoluait (ce qui n’est pas le cas pour l’instant). Cependant, ces tests ont leur propres limites liées à la quantité de virus présent dans le prélèvement et à l’excrétion variable du virus au niveau des voies aériennes supérieures selon les formes cliniques et l’évolution de la maladie.
Formes simples : le virus est toujours présent au niveau du rhinopharynx, en très grande quantité au stade initial de la maladie (> 5 log de virus). Cette phase correspond à la phase virale de l’infection. Cette excrétion dure en moyenne 6-7 jours avec un inoculum élevé puis il y a une chute de l’excrétion.
Formes compliquées : inoculum rhinopharyngés et profonds élevés d’emblée et restent élevées.
Formes simples qui se compliquent : les signes respiratoires sont exacerbés avec des lésions immuno-pathologiques sans présence du virus. Si les patients sont vu dans les formes qui se dégradent à J7-8, il est possible que la détection virale soit prise en défaut du fait de l’histoire naturelle de la maladie. Le scanner thoracique est plus sensible.
1. Sans prescription médicale, sans même présenter de symptômes. Afin de faciliter plus encore l’accès au dépistage, le ministre de la Santé Olivier Véran a signé un arrêté le 24 juillet permettant à toute personne volontaire, avec ou sans symptôme, de se faire dépister sans prescription. Ce dispositif ne nécessite aucune avance de frais : les tests sont intégralement pris en charge par l’assurance maladie.
2. Aux personnes identifiées comme ayant été en contact, avec un risque élevé de transmission, avec une personne testée positivement :
- Au sein du foyer :
- Immédiatement pour toutes les personnes contacts à risque
- Hors du foyer :
- Personnes symptomatiques : immédiatement pour toutes les personnes contacts
- Personnes asymptomatiques : à J+7 de la date du dernier contact avec le cas
3. A certains publics dans le cadre de campagnes spécifiques de dépistage : personnes vulnérables (infection respiratoire aiguë), résidents des structures d’hébergement collectif (EHPAD, établissement médico-sociaux, établissement pénitentiaires…) et personnels exerçant dans ces structures en cas de premier cas confirmé au sein de la structure compte tenu des risques de propagation du virus dans des environnements fermés.
4. Pré-opératoire (voir les recommandations de la SFAR paragraphe Synthèse prescription des examens biologiques).
5. La réalisation de tests systématiques est maintenue pour :
- Le suivi de l’excrétion virale chez les patients graves en réanimation afin de guider le traitement.
- Les donneurs d’organes, tissus ou cellules souches hématopoïétiques.
Le résultat du test RT-PCR doit être communiqué par le laboratoire de biologie médicale dans les 24 heures au patient et au médecin prescripteur :
- Un résultat positif confirme la Covid-19.
- Un résultat négatif n’exclut pas d’emblée une Covid-19 étant donné que jusqu’à 29 % des patients pourraient avoir un premier résultat faux négatif.
- Si le résultat est négatif et en cas de forte suspicion, un deuxième test RT-PCR devra être réalisé si possible entre J2 et J7.
- Un résultat positif prévaut sur un résultat négatif, ceci est valable pour tout type de test.
Persistance d’un test RT-PCR positif à distance ?
Il est possible que le virus persiste dans le tractus nasopharyngé pendant 6 à 8 semaines. En l’état actuel des connaissances, ne pas refaire de test RT-PCR si un test est revenu positif pour juger de la guérison. La fin de la contagiosité ne doit pas être affirmée par un test PCR négatif.
Le criblage systématique des tests positifs permettant une surveillance plus réactive des variants préoccupants (VOC) connus. En cas de diagnostic positif d’un premier test RT-PCR, un test RT-PCR de criblage est réalisé permettant de détecter les principales mutations caractérisant les VOC connus à ce jour et d’évaluer leur diffusion sur l’ensemble du territoire. Ces tests de criblage sont analysés par Santé publique France pour évaluer en temps réel leur circulation sur le territoire.
N501Y
Cette mutation est présente dans plusieurs lignées comprenant B.1.345, B.1.17 et P.1. Cette mutation change l’asparagine acide aminée (n) à la tyrosine (y) à la position 501 dans le domaine récepteur-grippant protéine de pointe de virus la’, qui peut faciliter le virus dans le grippage aux cellules plus fortement.
E484K ou « EEK »
Cette mutation de protéine de pointe a été trouvée dans plusieurs lignées et peut faciliter le virus en évitant quelques types d’anticorps. Dans elle, il y a un échange d’acide glutamique avec de la lysine à la position 484.
E484Q
Cette mutation de protéine de pointe est également subie une mutation à la position 484, excepté que l’acide glutamique est substitué avec de la glutamine. Cette mutation est pensée pour augmenter l’évasion immunisée et le grippement ACE2.
L452R
La mutation de protéine de pointe de L452R est apparue dans plusieurs lignées. Dans cette mutation, il y a une leucine au remplacement d’arginine à l’acide aminé 452. La mutation est pensée pour augmenter l’évasion immunisée et le grippement ACE2.
On a observé cette mutation les États-Unis et en Europe en 2020, avant l’augmentation dans la prévalence en janvier 2021, car elle est notamment présente dans la variante de CAL.20C qui est devenue répandue en Californie, en particulier à Los Angeles. Elle est également notamment présente dans la variante B.1.617.
Notamment, les études de laboratoire ont constaté que les traitements d’anticorps monoclonal spécifique peuvent ne pas être comme efficaces en traitant COVID-19 provoqué par des variantes avec les mutations de L452R ou d’E484K.
DEL69/70, K417N, S371L-S373P et/ou Q493R
Depuis le 29/11/2021, une nouvelle variable « D » a été créée afin de rapporter les résultats sur les mutations DEL69/70 ou N501Y ou K417N. Des tests rétrospectifs ont été réalisées sur des prélèvements depuis le 01/11/2021 pour la recherche de ces trois mutations. Puis, depuis le 20/12/2021, la variable « D » rapporte les résultats sur les mutations DEL69/70 et/ou K417N, et/ou S371L–S373P et/ou Q493R.