Coronavirus

COVID-19

Le personnel de santé est en première ligne pour prendre en charge les patients susceptibles d’être atteints par le coronavirus.

Dans cette page, les biologistes médicaux de Biopyrénées et du groupe Inovie mettent à disposition des informations vérifiées (crée le 22 mars 2020 ; dernière mise à jour le 17 septembre 2021).

Sur le plan médiatique, les essais cliniques prennent une place de plus en plus importante dans la gestion de cette crise sanitaire. Ils doivent permettent d’évaluer et de valider de façon scientifique et rigoureuse l’ensemble stratégies thérapeutiques. Mais comme le montre les critiques autour des études du Pr Raoult, la qualité méthodologique de ces papiers est capitale. En Chine, 434 essais ont été conduits en 52 jours : 8,5% (19 sur 221 essais cliniques) suit les critères élémentaires de design.

Le virus

Société Française de Microbiologie ; Wang et al. J Med Virol. 2020 ; Amrane et al. TMAID 2020

Définitions

La maladie : Covid-19 ou Coronavirus Disease 2019 (maladie à coronavirus) = dénomination OMS

Le virus : SARS-CoV-2 ou Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère) = dénomination du Coronavirus Study Group of the International Committe on Taxonomy of Viruses

Ordre

Nidovirales

Famille

Coronaviridae

Sous-famille

Coronavirinae

Genre

Betacoronavirus

Structure

Société Française de Microbiologie

  • Taille : 100-150 nm
  • Génome : ARN simple brin de polarité positive extrêmement long (30 kb) ; plus grand des virus à ARN.
  • Virus enveloppé d’une capsule de protéines en forme de couronne qui leur vaut leur nom.
  • Les coronavirus ont en commun des protéines de structure désignées par une lettre indiquant leur localisation :
      • Protéine S (protubérances) : joue un rôle majeur lors de l’entrée virale. C’est une protéine de fusion organisée en trimères : la partie globulaire, ou S1,  permet la liaison du virus à son récepteur ; la tige, ou S2, assure la fusion des membranes virales et cellulaires.
      • Protéine E (enveloppe) : joue un rôle dans la sécrétion des virions.
      • Protéine M (membrane) : joue un rôle majeur dans l’assemblage du virion.
      • Protéine N (nucléocapside) : protéine qui encapside le génome viral pour former la nucléocapside hélicoïdale.
  • La protéine HE (hémagglutinine estérase) est caractéristique et spécifique du sous-groupe A du genre Betacoronavirus.

Deux types différents de SRAS-CoV-2 ont été identifiés, le type L (représentant 70% des souches) et le type S (représentant 30%). Les conséquences cliniques de ces typages sont inconnues.

Bad News Wrapped in Protein : Inside the Coronavirus Genome, The New York Times
Jonathan Corum and 

Multiplication virale

Afin de bien comprendre comment évaluer, prévenir et traiter le COVID-19, il est indispensable de connaître les mécanismes de développement du SARS-CoV-2 et les divers phénomènes associés à leur persistance ou leur progression. Ici sont rassemblées quelques notions essentielles à la compréhension de la physiopathologie. Beaucoup de questions restent en suspens.

L’infection d’une cellule cible par le SARS-CoV-2 se déroule en 6 étapes :

  1. Attachement de la surface virale du SARS-CoV-2 à une cellule hôte : la protéine S est clivée en 2 sous-unité S1 et S2. S1 se fixe à la cellule cible par l’intermédiaire de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2). Après fixation, la sous-unité S2 est clivée avec une enzyme appelée Type II transmembrane serine protease (TMPRSS2) de la cellule cible.
  2. Pénétration : le SARS-CoV-2 pénètre par fusion de l’enveloppe virale et de la membrane cytoplasmique en une membrane unique.
  3. Décapsidation : les structures virales sont dégradées pour libérer le génome viral.
  4. Réplication : 2 polypeptides, pp1a et pp1ab, sont synthétisés à partir des gènes ORF1a et ORF1b. Leur clivage aboutit à des protéines non structurales nsp. Associées, ces 17 protéines non structurales forment  un complexe de réplication et de transcription.
    Deux protéines non structurales : la protéine nsp2 pourrait expliquer pourquoi ce virus est plus contagieux que le SRAS et la protéine nsp3 suggère un mécanisme potentiel différenciant le SARS-CoV-2 du SRAS.
  5. Encapsidation : assemblage des protéines et des acides nucléiques dans le reticulum endoplasmique et l’appareil de Golgi.
  6. Libération des nouveaux virions par exocytose.

Les cellules cibles, co-exprimant à la fois ACE2 et TMPRSS2, ont été retrouvées dans différents modèles humains et animaux sur les cellules caliciformes des voies aériennes supérieures, sur les pneumocytes de type 2 des alvéoles pulmonaires et sur les entérocytes (iléon, jéjunum, côlon).

Le tropisme du virus SARS-CoV-2 est majoritairement respiratoire, digestif et neurologique.

L’immunité acquise

Bin Ju et al. Potent human neutralizing antibodies elicited by SARS-CoV-2 infection, 26 mars 2020

Chez les personnes infectés, le virus SARS-CoV-2 induit la fabrication d’anticorps spécifiques. Des études préliminaires suggèrent que certains de ces anticorps sont protecteurs.

Un modèle de pseudovirus a permis de montrer une activité neutralisante des anticorps monoclonaux des patients guéris. Dans une autre étude des macaques, infectés par le SRAS-CoV-2, n’ont pas été réinfectés après guérison

Chez l’homme, des équipes du CHU de Strasbourg et de l’Institut Pasteur ont réalisé une enquête auprès du personnel hospitalier des deux sites des Hôpitaux Universitaires Strasbourg. Grâce à la participation de 160 personnes, atteintes de formes mineures de la maladie Covid-19, les chercheurs ont pu constater que près de la totalité des malades ont développé des anticorps dans les 15 jours suivant le début de l’infection. Par ailleurs, chez 98% d’entre eux, des anticorps neutralisants ont été détectés après 28 jours. Cela tend à prouver que, même pour les formes mineures de la maladie, les personnes atteintes développent des anticorps qui pourraient leur conférer une immunité pendant plusieurs semaines suite à l’infection.

La cicatrice sérologique est inconstante : 30% des patients guéris présentaient des concentrations d’anticorps neutralisants très faibles. 

Par analogie avec les autres coronavirus connus, il est probable que l’immunité soit courte et dure 3 à 6 mois.

Mutation du virus ?

Un virus mute et c’est tout à fait normal… Quand il pénètre dans une cellule, un virus se réplique : il se copie lui-même pour se propager. À chaque réplication, des “erreurs” de copie se produisent dans son génome. La grande majorité des mutations des virus sont neutres, et le reste plus souvent bénéfiques pour l’Homme que l’inverse. En effet, dans la majorité des épidémies, les virus évoluent vers moins de dangerosité mais plus de diffusion.

Les virus à ARN (matériel génétique proche de l’ADN), comme le SARS-CoV-2, mutent plus vite que les virus à ADN car leurs erreurs d’encodage sont plus fréquentes. Toutefois, les coronavirus mutent moins vite que d’autres virus à ARN : jusqu’à présent par exemple, le SARS-CoV-2 mute deux fois moins vite que la grippe et quatre fois moins vite que le VIH.

La nouvelle mutation du coronavirus, apparue en Angleterre en décembre 2020, semble plus contagieuse que la précédente. Deux des mutations observées sont cruciales car elles affectent la protéine Spike, grâce à laquelle le virus se fixe aux récepteurs ACE-2 des cellules humaines.

Immunité de la population

D’après une modélisation de l’institut Pasteur, 6% de la population française aurait été contaminée par le SARS-CoV-2 au décours de la première vague épidémique. La proportion est plus importante en Ile-de-France (12,3%) et dans le Grand Est (11,8%).

Réinfection par le SARS-CoV-2 prouvée ?

Deux publications récentes font état des deux premiers cas confirmés de réinfection par le SARS-CoV-2 :

Cas N°1 Hong Kong

  • 1re infection COVID-19 4 mois et demi (142 jours) auparavant provoquant toux, odynophagie, fièvre et céphalées nécessitant 3 jours d’hospitalisation
  • 2e infection par le SARS-CoV-2 détectée par un test salivaire réalisé à l’aéroport de Hong-kong au retour d’un séjour en Espagne et au Royaume-Uni. Patient asymptomatique, C-reactive protein (CRP) augmentée. Sérologie SARS-CoV-2 négative après 2 jours d’hospitalisation et apparition d’IgG anti-SARS-CoV-2 après 5 jours d’hospitalisation.

Cas N°2 Reno, Nevada, USA

  • 1re infection chez un homme de 25 ans vivant à Reno (Nevada, USA) : dépisté positif le 18 avril 2020 avec des symptômes persistants depuis 3 semaines (début 25 mars) tels que  odynophagie, toux, céphalées, nausées et diarrhée.
  • Nouvelle infection symptomatique après 48 jours (28 mai) avec fièvre, céphalées, vertiges, toux, nausées et diarrhée. Après un épisode d’hypoxémie (5 juin) le patient est hospitalisé et dépisté positif pour le SARS-CoV-2 et présente des douleurs musculaires, de la toux et une gêne respiratoire. La radiographie thoracique montre la présence d’anomalies pulmonaires diffuses (développement de nouvelles opacités bilatérales interstitielles).

D’autres cas de réinfection viennent aussi d’être identifiés en Europe (Pays-Bas, Belgique …).

L’épidémiologie

CDC ; INVS 27 février 2020 ; Guan et al. Clinical Characteristics of Coronavirus Disease 2019 in China NEJM 20202

Caractéristiques du SARS-CoV-19

Les caractéristiques du COVID-19 en font un virus à fort potentiel épidémique avec un impact important sur notre système de santé :

  • Ratio de reproduction R0 > 2,2 à 3,28 : nombre moyen de personnes qu’une personne contagieuse peut infecter. Ce chiffre place cette pathologie au même niveau de contagiosité que le SRAS de 2003 ou la grippe espagnole de 1918. En prenant un R0 moyen de 2,5, il faudrait que 60 à 70% de la population soit immunisée pour que l’épidémie soit stoppée.
  • Intervalle inter-générationnel court 4 à 7 jours : mesure la durée typique s’écoulant entre la survenue de la maladie chez un cas et la survenue de la maladie chez les personnes qu’il va infecter.
  • Taux d’attaque >10% : Nb de cas / Population exposée. Il est nettement supérieur à grippe saisonnière sur une population naïve. Ce taux est plus faible chez les enfants.
  • Transmission pré-symptomatique 24-48h.
  • Incubation 2-12j : le délai d’incubation (période entre la contamination et l’apparition des premiers symptômes, s’ils apparaissent) de la Covid-19 est de 3 à 5 jours en général, mais peut s’étendre jusqu’à 14 jours.
  • Durée de contagiosité 48h avant et 10j après : commence 48h avant l’apparition des symptômes et persiste jusqu’à une dizaine de jours après le début des symptômes. L’infectiosité est faible au delà de 7 jours après le début des signes cliniques.
  • Durée moyenne d’hospitalisation 11 jours +/- 4
  • Taux de létalité 1-2% des cas diagnostiqués : Nb de décès / Nb de cas. Ce taux est probablement plus basse (0,3-0,5%) en population générale.
  • Mortalité =
    • 0% chez les moins de 9 ans,
    • 8% chez les patients âgés de 70-79 ans,
    • 14,8% chez les patients 80 ans.

Quelques repères

  • 30 décembre 2019 : des cas de pneumonies inconnus sont décrits à Wuhan, Chine.
  • 7 janvier 2020 : découverte d’un nouveau coronavirus (SARS-COV2). Ce nouveau virus est responsable d’une maladie infectieuse respiratoire appelée COVID-19.
  • 11 janvier 2020 : premier cas mortel déclaré.
  • 3 janvier 2020 : premier cas déclaré, hors de Chine, en Thaïlande.
  • 20 janvier 2020 : premier cas d’infection de personnel soignant prenant en charge des patients atteint de COVID-19.
  • 24 janvier 2020 : la détection du virus, confirmée en France.
  • 1 mars 2020 : l’OMS déclare la pandémie de COVID-19, première déclenchée par un coronavirus.
  • 14 mars 2020 : la France entre en stade 3 d’épidémie active sur le territoire. La distanciation sociale est renforcée.
  • 16 mars 2020 : l’OMS dénombre autant de cas en Chine qu’hors de Chine.
  • 17 mars 2020 : le Président de la République Française impose le confinement sur l’ensemble du territoire.
  • 20 mars 2020 : tous les pays de l’Union européenne sont désormais touchés.
  • 2 avril 2020 : le nombre de personnes contaminées dans le monde dépasse le cap du million.
  • 8 avril 2020 : dans la nuit du mardi 7 au mercredi 8 avril, début du dé-confinement à Wuhan, Chine.
  • 20 avril 2020 : le seuil symbolique de 20 000 décès en France est dépassé.
  • 11 mai : déconfinement progressif de la France.
  • 25 juillet 2020 : toutes personnes peut bénéficier d’un test PCR entièrement remboursé, sans avoir besoin d’une ordonnance et sans avoir à se justifier de la démarche ou présenter des symptômes.
  • 11 septembre 2020 : en France, la durée de l’isolement doit être égal à 7 jours pleins.
  • 29 octobre au 15 décembre 2020 : deuxième confinement.
  • 15 décembre 2020 au 30 juin 2021 : couvre feu généralisé.

Sur le plan médical, on distingue deux groupes de coronavirus qui touchent l’être humain :

– les coronavirus saisonniers peu pathogènes (on en dénombre quatre actuellement : 220E, OC43, NL63 et HKU1) responsables de “rhumes”.

– les coronavirus hautement pathogènes associés à des épidémies mortelles, dont on ne connaît que trois représentants pour l’instant, le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV) en 2003, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) en 2012 et le SARS-CoV-2 en 2020.

Les phases d’une épidémie

Guide méthodologique COVID-19, 20 février 2020

La stratégie de réponse est définie en fonction de la cinétique épidémique :

Au stade 1, il s’agit avant toute chose d’empêcher le virus d’entrer sur le territoire national. L’objectif est d’isoler les individus infectés ou revenant d’une zone à risque comme la ville de Wuhan, en Chine.

Puisqu’il est impossible de contrôler sanitairement tous les voyageurs, le stade 2 a été déclenché le 28 février.

Le stade 2 consiste à freiner la propagation du virus par des mesures d’endiguement. Les foyers de contamination ont été identifiés, dans lesquels des mesures ont été mises en place, comme la fermeture des écoles.

Tout repose sur le plan ORSAN REB élaboré et mise en oeuvre par chaque ARS dont les objectifs opérationnels sont :

  • Assurer la prise en charge des patients atteints d’infection liée à un agent infectieux connu ou émergent notamment ceux présentant un risque épidémique ;
  • Endiguer la propagation de l’agent infectieux en mettant en oeuvre les mesures de biosécurité requises par le patient et par la prise en charge des personnes contacts en cas de maladie à transmission interhumaine ou co-exposées.

La stratégie d’endiguement nécessite la mobilisation du système de santé pour dépister les patients cas suspects, assurer la prise en charge des patients classés « cas possibles et confirmés » en particulier pour les établissements de santé habilités Covid-19 (volet REB du plan de gestion des tensions hospitalières et des situations sanitaires exceptionnelles). Elle repose sur la prise en charge de tous les patients classés « cas possibles » en établissements de santé habilités Covid-19. Cependant l’information large de tous les acteurs de soins, y compris les professionnels de santé de ville et les établissements médico-sociaux, est nécessaire pour permettre l’identification éventuelle de cas suspects via un contact avec n’importe quel type de professionnel de santé ou du secteur médico-social et anticiper l’éventuel stade 3 nécessitant une stratégie d’atténuation.

Cette phase est essentiellement destinée à laisser aux établissements de santé le temps de se préparer pour faire face à l’épidémie lors du passage au stade 3.

Au stade 3 ou stade épidémique (circulation active du virus), la stratégie sanitaire est différente et passe d’une logique de détection et de prise en charge individuelle à une logique d’action collective. La stratégie d’endiguement du stade 1 et 2 de l’épidémie (destiné à freiner la propagation du virus) laisse place à une stratégie d’atténuation de la maladie.

Toutes les composantes du système de santé sont mobilisées (médecine de ville, établissements de santé et établissements médico-sociaux). Dès lors, l’ensemble de ces acteurs doit pouvoir agir en mobilisant l’ensemble des ressources qu’ils sont en capacité de déployer dans la mesure de leurs rôles respectifs. Dans l’hypothèse d’un stade épidémique avérée, l’ensemble des établissements sanitaires (en sus des établissements identifiés Covid-19) doivent pouvoir participer au diagnostic et à la prise en charge des patients Covid-19, de même que les établissements médico-sociaux doivent monter en charge : être en capacité de repérer les patients Covid-19 et mettre en oeuvre des mesures d’isolement dans leur établissement si nécessaire.

Au stade 4, on repasse en-dessous du seuil épidémique défini par l’InVS : retour à une situation normale, évaluation des conséquences de la vague pandémique, retour d’expérience de la conduite de crise, préparation pour une éventuelle vague nouvelle.

A ce stade, le bilan final n’est pas connu avec certitude. Seules les statistiques de mortalité, établies à partir des certificats de décès, permettront d’évaluer la surmortalité liée au virus.

Et dans le Béarn, la Bigorre et les Landes…

Nous sommes en phase 3.

Le point épidémiologique de l’ARS Nouvelle-Aquitaine.
Le point épidémiologique de l’ARS Occitanie.

Les hypothèses de transmission

Santé Publique France INVS février 2020 ; Chen, Guo et al. Lancet 2020

La source zoonotique de la contamination semble se préciser avec probablement la chauve-souris comme réservoir primaire et transmission à l’homme par l’intermédiaire du pangolin, mammifère asiatique écailleux de la famille des fourmiliers.

  • Les cas symptomatiques de Covid-19 sont à l’origine de la majorité des cas de transmission. La transmission inter-humaine débute au moins 24-48h avant début des symptômes.
  • La transmission de personne à personne se fait :
    • A partir d’aérosols principalement (<5µm de diamètre) et des grosses gouttelettes respiratoires infectieuses (>5µm de diamètre) contenant le virus et qui adhèrent aux muqueuses des yeux, du nez ou de la bouche. Les interventions médicales générant des aérosols (intubation trachéale, la ventilation non effractive, la trachéotomie, la réanimation cardiorespiratoire, la ventilation manuelle avant intubation et la bronchoscopie) peuvent produire des aérosols pouvant être inhalés et se propager plus loin dans l’air que les gouttelettes respiratoires.
    • Plus rarement, par contact indirect, à partir des surfaces inertes contaminé par le virus puis en se touchant les yeux, le nez et la bouche : tout dépend de la souche virale, de la quantité de virus, du type de surface, du milieu de mise en suspension, du mode de dépôts, de la température et de l’humidité.
    • A partir des excrétions digestives (vomissements, selles) : par voie fécale-orale et par contact avec des liquides corporels. L’ARN du Covid-19 a été détecté dans les selles de certains patients infectés, mais aucune récupération du virus vivant n’a été obtenue à ce jour.
  • Une transmission zoonotique est possible. L’expérience antérieure avec d’autres coronavirus (MERS-CoV et SRAS-CoV) et le lien entre les premiers cas en Chine et un marché d’animaux vivants indiquent qu’il pourrait y avoir une transmission zoonotique associée à la Covid-19. A l’heure actuelle, un chien à Hong Kong et un chat en Belgique ont été déclarés porteurs.
  • A ce jour, aucune transmission verticale documentée n’a été publiée (in utero ou en per partum). Comme toute infection , la menace est en priorité un accouchement prématuré. Par ailleurs, il n’y a aucune preuve de transmission par le lait. Le risque semble avant tout lié à une transmission par voie aérienne. Si la mère présente des symptômes, pas de contre-indication mais prendre toutes les précautions (dont lavage des mains avant de toucher l’enfant, port du masque pendant l’allaitement).
  • L’enfant, et en particulier l’enfant < 10 ans, ne contribue pas significativement à la transmission de SARS-CoV2: très faible taux d’attaque secondaire à partir des enfants; rareté des clusters à point de départ pédiatrique. Il est très probable que l’enfant exposé à un cas contaminant s’infecte moins qu’un adulte.
  • Une durée d’exposition plus longue et l’exposition à une maladie plus grave accompagnée d’une toux sont susceptibles d’augmenter le risque d’exposition au virus.
  • La durée de l’excrétion virale est encore très variable d’une étude à une autre :
    • Wuhan : médiane 20j, max 37j
    • Singapour : médiane 12j, max 20j et PCR positive chez 44% des patients après guérison clinique
  • La détection du virus dans les prélèvements respiratoires (dont le liquide pleural) et dans les selles (détection virale fréquente même sans diarrhée) peut être élevée. Le virus n’a pas été retrouvé dans les urines. Le tableau ci-dessous montre le pourcentage d’échantillons positifs par RT-PCR en fonction du niveau de prélèvement :

 

Origine du prélèvements

RT-PCR positive

Liquide broncho-alvéolaire

93%

Expectorations

72%

Écouvillonnage nasal

63%

Écouvillonnage laryngé

32%

Selles

29%

Sang

1%

Urine

0%

 

Cependant, la détection de l’ARN viral n’indique pas nécessairement la présence d’un virus transmissible.

Le virus persiste jusqu’à 3 heures sur des surfaces inertes sèches et jusqu’à 6 jours en milieux humides.

Les coronavirus sont sensibles aux désinfectants usuels virucides tels que l’éthanol (alcool à 62-71%), le peroxyde d’hydrogène (eau oxygénée à 0,5%) ou l’hypochlorite de sodium (eau de Javel à 0,1% : 9,6° à diluer au 1/5 (respect de la concentration et du temps de contact).

Hygiène des mains : le lavage fréquent des mains avec du savon et de l’eau est le moyen le plus efficace pour éviter les transmissions (temps 20 à 30 secondes). Les produits hydro-alcooliques (SHA) ont un effet rémanent.

Port de masque : masque chirurgical pour tout soignant ; masque FFP2 exclusivement au personnel soignant qui réaliserait des gestes invasifs respiratoires (prélèvement sphère nasopharyngé, kinésithérapie respiratoire, aspiration endotrachéale). Il semble que l’on peut stériliser les masques FFP2 en les mettant 30 minutes dans un four à 70°C.

Le lavage des vêtements se fait 30 minutes à 60°C.

Trois catégories de masques

> Les masques chirurgicaux sont des dispositifs médicaux (norme NF EN 14683). Ils sont destinés à éviter la projection vers l’entourage des gouttelettes émises par celui qui porte le masque. Ils protègent également celui qui le porte contre les projections de gouttelettes émises par une personne en vis-à-vis. En revanche, ils ne protègent pas contre l’inhalation de très petites particules en suspension dans l’air. On distingue trois types de masques :

  • Type I : efficacité de filtration bactérienne > 95 %.
  • Type II : efficacité de filtration bactérienne > 98 %.
  • Type IIR : efficacité de filtration bactérienne > 98 % et résistant aux éclaboussures.

> Les masques FFP sont des appareils de protection respiratoire (norme NF EN 149). Ils sont destinés à protéger celui qui le porte à la fois contre l’inhalation de gouttelettes et des particules en suspension dans l’air, qui pourraient contenir des agents infectieux. Le port de ce type de masque est plus contraignant (inconfort thermique, résistance respiratoire) que celui d’un masque chirurgical. Il existe trois catégories de masques FFP, selon leur efficacité (estimée en fonction de l’efficacité du filtre et de la fuite au visage). Ainsi, on distingue :

  • Les masques FFP1 filtrant au moins 80 % des aérosols (fuite totale vers l’intérieur < 22 %).
  • Les masques FFP2 filtrant au moins 94 % des aérosols (fuite totale vers l’intérieur< 8 %).
  • Les masques FFP3 filtrant au moins 99 % des aérosols (fuite totale vers l’intérieur < 2 %).

> Les masques à un usage non sanitaire sont destinés à compléter les gestes barrières et de distanciation sociale. Ces masques répondent à des normes sanitaires spécifiques pour filtrer les gouttelettes infectieuses. Deux catégories de masque ont ainsi été définies :

  • des masques à usage des professionnels en contact avec le public (ils filtrent au moins 90 % particules de 3 microns) destinés à être proposés à des populations amenées à rencontrer un grand nombre de personnes lors de leurs activités (caissiers, forces de l’ordre…) ;
  • des masques de protection à visée collective (ils filtrent au moins 70 % des particules de 3 microns) destinés à l’usage d’individus ayant des contacts occasionnels avec d’autres personnes dans le cadre professionnel.

Les signes cliniques

Wang et al. J Med Viral. 2020 ; Shi et al. LID 2020 ; HCSP 5 mars 2020

Toute personne qui a de la fièvre, qui tousse et qui a des difficultés à respirer doit consulter un médecin.

  • Incubation moyenne 5-6 jours (de 2 à 12 jours)
  • Age médian 50 ans, 40% de femmes
  • La majorité des adultes est asymptomatique (30-60% des cas)
  • L’installation des symptômes se fait progressivement contrairement à la grippe de début brutal.
  • Signes cliniques peu spécifiques :
    • des signes généraux : fièvre >38°C (60% de patients apyrétiques lors de la prise en charge initiale) et signes d’accompagnement de la fièvre (asthénie, frissons, courbatures, céphalées, myalgies, irritabilité),
    • des signes respiratoires : toux sèche apparaissent secondairement souvent 1 à 3 jours après les premiers symptômes, rhinorrhée, obstruction nasale
    • des troubles digestifs (anorexie, nausées, diarrhées). Ces symptômes sont généralement bénins et apparaissent de manière progressive.

Véritable fièvre ? La température doit être prise à distance de tout effort physique (20 min de repos), chez une personne normalement couverte et en dehors de toute atmosphère très chaude.

– Les voies axillaire ou buccale sont habituellement utilisées : la température mesurée doit être majorée de 0,5°C pour obtenir la température centrale.

– La voie tympanique peut être mise en défaut en cas d’obstruction du conduit auditif externe (bouchon de cérumen).

  • D’après les retours de nombreux professionnels, d’autres signes cliniques pourraient éveiller la suspicion diagnostique :
    • des signes neurologiques : si l’agueusie et l’anosmie brutale sont fréquentes à partir du 6-7ème jour (patients souvent sans rhinorrhée et sans obstruction nasale qui ont une perte de goût et d’odorat d’apparition brutale), d’autres manifestations sont exceptionnelles comme une ophtalmoplégie ou un syndrome de Guillain-Barré. Un syndrome confusionnel, des troubles mnésiques ont également été rapportésen particulier chez les sujets âgés ainsi que des accidents vasculaires cérébraux ischémiques liés à l’activité thrombogène du SARS-CoV-2. Des douleurs constrictives, erratiques et durables sont probablement d’origine neurologique.
    • des signes cutanées : des pseudo-engelures, parfois douloureuses ont été décrites depuis le début de l’épidémie. Plus fréquentes chez l’enfant et l’adulte jeune, leur évolution est habituellement favorable en une semaine, mais elles peuvent récidiver. La dyshidrose, des vésicules, une urticaire, un exanthème, des pétéchies et un livedo sont plus rares.
    • des signes cardiaques (oppression thoracique non douloureuse, arythmie ventriculaire).
    • des atteintes endocriniennes et métaboliques sont probablement liées à la large distribution organique de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2), récepteur du SARS-CoV-2 : testicule, ovaire, hypothalamus, hypophyse, thyroïde et pancréas. Contribuant à l’état de profonde fatigue et corrélé à la sévérité de la maladie, on peut observer un déficit de la production de testostérone. L’hypokaliémie fréquemment rapportée résulterait de la fixation du virus sur l’ACE2 et de la synthèse accrue d’aldostérone. La lymphopénie observée dans certaines formes graves de Covid-19 ne permet pas d’exclure des situations d’hypocortisolisme, déjà documentées au cours du SARS. Des cas de thyroïdite subaigüe ont été rapportés. Une hypocalcémie peut être observée, de même qu’une hyperglycémie favorisée par la majoration de l’insulinorésistance et une atteinte directe de la glande pancréatique avec une élévation des taux d’amylase et de lipase.
  • A l’examen physique : Crépitants unilatéraux puis bilatéraux signant une pneumonie.
  • La plupart (environ 80 %) des personnes guérissent sans traitement.
  • Environ une personne sur six contractant la maladie présente des symptômes plus graves, notamment une dyspnée, une détresse respiratoire pouvant aller jusqu’au syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA). Il s’écoule entre 6 à 10 jours entre l’apparition des symptômes et l’admission à l’hôpital.

Formes cliniques en fonction du terrain

  • Dans la population générale : asthénie inexpliquée, myalgies inexpliquées ; céphalées en dehors de pathologie migraineuse connue ; anosmie totale brutale (réversible) ou hyposmie sans rhinite associée ; agueusie ou  dysgueusie.
  • Chez le sujet âgé > 80 ans : altération de l’état général ; changements brutal de l’état de santé par rapport à l’état habituel (confusions, chutes répétées…) ; émission de plusieurs selles diarrhéiques inhabituelles ; un fébricule avec variations de température d’un moment à l’autre avec oscillations entre hyper et hypothermie ; décompensation d’une pathologie antérieure.
  • Chez les enfants : les infections symptomatiques sont rares. Lorsque les symptômes sont présents (tous les signes sus-cités en population générale ; altération de l’état général, diarrhée, fièvre isolée chez l’enfant de moins de 3 mois), ils sont rarement graves. Des tableaux cliniques évocateurs de la maladie de Kawasaki ont été décrits chez l’enfant avec des signes digestifs initiaux, dont de fortes douleurs abdominales, puis un choc cardiogénique avec une fraction d’éjection effondrée, regroupés sous le nom de syndrome inflammatoire multisystémique pédiatrique (PIMS). Les signes cutanés sont présents, avec un érythème puis une desquamation. L’âge des enfants touchés, de 9 à 17 ans, est plus élevé que dans la forme habituelle de la maladie de Kawasaki.
  • En situation d’urgence ou de réanimation : troubles du rythme cardiaque récents, atteintes myocardiques aiguës; événement thromboembolique grave

Formes bénignes

(légère ou modérée si pneumonie)

Formes sévères

(insuffisance respiratoire)

Formes critiques

(défaillance d’organe) avec mortalité >50%

Durée médiane d’apparition des principaux symptômes, des complications et de l’excrétion virale chez des patients hospitalisés atteint de Covid-19. ICU = unité de soins intensifs. ARDS = syndrome de détresse respiratoire aiguë.

Fei Zhou et al., Clinical course and risk factors for mortality of adult inpatients with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective cohort study, Lancet 2020

Les examens complémentaires

HAS, Réponses rapides dans le cadre de la Covid-19 – Prise en charge de premier recours des patients suspectés de Covid-19, 5 novembre 2020

Les examens complémentaires (analyses biologiques, imagerie…) apportent au médecin des informations dans le but d’élaborer un diagnostic. Ces informations alimentent le raisonnement médical et ont pour finalité d’aider la décision médicale. Ces examens peuvent être prescrits pour confronter une hypothèse diagnostiques ou pour éliminer une hypothèse alternative. L’utilité de l’information apportée par un examen complémentaire va dépendre de la qualité de l’information apportée par l’examen (c’est à dire la qualité diagnostique de l’examen) et de la pertinence clinique de l’information recherchée (c’est à dire de l’utilité de cette information via-à-vis du raisonnement médical).

Quelques définitions

La sensibilité et la spécificité sont des indices intrinsèques d’un test diagnostique. Elles caractérisent la qualité informationnelle de l’examen quelle que soit la population à laquelle on l’applique :

  • La sensibilité clinique (ou Se) correspond à la probabilité d’avoir un test d’être positif quand le patient est malade Pr(T+/M+). Cet indice mesure la capacité de l’examen à bien classer les malades. Elle s’exprime en pourcentage. Elle est inversement proportionnelle au nombre de « faux négatifs ». La sensibilité est le concept clef du dépistage.
  • La spécificité clinique (ou Sp) correspond à la probabilité d’avoir un test négatif quand le patient n’a pas la maladie Pr(T-/M-). Cet indice exprime la capacité de l’examen à identifier les non-malades. Elle s’exprime en pourcentage. Une spécificité médiocre implique de nombreux « faux positifs ». La spécificité est la clé de la confirmation du diagnostic.

Les valeur prédictive positive et valeur prédictive négative sont des indices informationnels extrinsèques. Elles varient en fonction de la prévalence de la maladie. On les utilise à l’étape de l’interprétation des résultats, car elles expriment la probabilité post-test de la maladie pour un patient donné.

  • La valeur prédictive positive (ou VPP) correspond à la probabilité de maladie lorsque le test est positif.
  • La valeur prédictive négative (ou VPN) correspond à la probabilité d’être indemne de la maladie lorsque le test est négatif.

Les examens biologiques

Il n’existe aucun signe biologique pour différencier le coronavirus d’une autre virose

Les examens biologiques seront demandés dans le cadre d’une orientation diagnostique différentielle ou d’un bilan de décompensation d’une pathologie préexistante.

Les critères biologiques, associés à une infection au coronavirus, peuvent être :

  • Leucopénie avec lymphopénie quasi systématiquement (84%)
  • Thrombopénie modérée (40%)
  • Augmentation des marqueurs de l’inflammation : CRP souvent normale mais qui augmente proportionnellement à la gravité (60%) ; Procalcitonine >0,5 ng/ml (5%)
  • Cytolyse hépatique (15%)
  • LDH >250 (40%)
  • TP abaissé
  • D-Dimères augmentés (50%)
  • Troponine T et BNP ou NT-proBNP élevés

Le diagnostic virologique repose sur 2 approches :

  1. le diagnostic direct, décelant dans les produits biologiques la présence du virus ou de ses composants, antigènes ou génomes viraux ;
  2. le diagnostic indirect, décelant l’apparition dans le sang d‟une réponse immunitaire sous forme d’anticorps spécifiques du virus.

Les termes de “tests virologiques” sont parfois utilisés pour les désigner.

  • Détectent la présence du génome viral du SARS-­Cov-­2 dans l’organisme.
  • Permettent un diagnostic lors de la phase aiguë du COVID-­19.
  • Répondent à la question -­s’ils sont faits en temps utile (2 à 3 jours avant et 7 jours après le début des symptômes)-­ “le patient est-­il oui ou non atteint par le COVID-­19 ?
  • Sont réalisés sur des prélèvements nasopharyngés ou des prélèvements des voies respiratoires basses. Des tests RT-­PCR sur prélèvements salivaires ont également été décrits mais leurs performances ne sont pas encore suffisamment évaluées à ce jour pour être recommandés.
  • Détectent la présence du virus ou de fragments de virus SARS-­CoV-­2.
  • Comme les tests par RT-­PCR, ils permettent le diagnostic précoce des maladies dès la phase aiguë.
  • Répondent à la question “le patient est-­il oui ou non atteint du COVID-­19 ?”.
  • Ces tests peuvent être réalisés sur des prélèvements nasopharyngés ou des prélèvements des voies respiratoires basses.
  • Il s’agit de tests antigéniques dont le prélèvement et la lecture du résultat peuvent être réalisés seul, d’après les indications fournies par un professionnel et après lecture des conditions d’utilisation et du « guide d’utilisation » fournis lors de l’achat.
  • Le mode de prélèvement autorisé aujourd’hui est l’auto-prélèvement nasal, qui est moins profond que le prélèvement nasopharyngé pratiqué pour les tests PCR et antigéniques classiques. Le résultat est déterminé en quinze à vingt minutes, selon la notice du fabricant.
  • Détectent des anticorps spécifiques produits par l’organisme et dirigés contre le virus SARS-­CoV-­2.
  • Peuvent être utilisés à partir d’une semaine après l’apparition des symptômes et de façon optimale chez tous les patients au 14ème jour.
  • Répondent pour le moment à la question “le patient a-­t-­il déjà rencontré le virus et a-­t-­il fabriqué des anticorps ?
  • Sont réalisés sur des prélèvements sanguins (prise de sang ou goutte de sang prélevée au bout du doigt).

1. Diagnostic direct : la biologie moléculaire

Revue du praticien, novembre 2010 ; COVID-19 : prise en charge en ambulatoire, Ministère de la Solidarité et de la Santé, 21 mars 2020

Le prélèvement

En France, les prélèvements à réaliser pour le diagnostic initial de COVID-19 par RT-PCR sont les suivants :

  • Un prélèvement systématique des voies respiratoires hautes (naso-pharyngé ou NP / écouvillons Virocult® ou autres écouvillons équivalents ; crachats ; salive). Si un écouvillon oropharyngé ou OP est prélevé, il doit être mélangé avec l’écouvillon nasopharyngé.
  • Un prélèvement des voies respiratoires basses (liquide de lavage broncho-alvéolaire ; aspiration trachéo-bronchique en cas d’atteinte parenchymateuse).

La PCR peut être négative si le prélèvement est de mauvaise qualité (matériel acellulaire) et dans les premiers jours de la maladie : dans une série de 258 patients avec >=2 prélèvements, 5% des RT-PCR se positivaient dans les 4-8 jours

Quel prélèvement faut-il favoriser ?

IDSA Infections Diseases Society of America apporte une réponse :

Les recommandations internationales (CDC, IDRA, eCDC) et la SFM relatif à la pertinence du prélèvement OP se prononcent pour maintenir le prélèvement NP comme le prélèvement de référence.

En revanche, le prélèvement NP peut être raisonnablement substitué par un prélèvement OP dans les situations suivantes :

  • Diagnostic précoce (< 7 jours) chez le patient symptomatique ;
  • Diagnostic chez le patient présentant une contre-indication médicale au prélèvement NP ;
  • Alternative au prélèvement NP en cas de refus et notamment dans le cas de prélèvements NP itératifs ;
  • Chez l’enfant de > 6 ans.

Pour le dépistage de masse, le positionnement du crachat salivaire est une alternative intéressante:

  • en seconde intention chez les patients symptomatiques non hospitalisés jusqu’à 7 jours après apparition des symptômes si le prélèvement nasopharyngé est difficile ou impossible (déviation de la cloison nasale, patients très jeunes, patients présentant des troubles psychiatriques…) ;
  • en seconde intention chez les personnes contact pour qui un prélèvement nasopharyngé n’est pas envisageable ;
  • en première intention dans le cadre de dépistages ciblés à large échelle en particulier s’ils sont répétés régulièrement : au sein d’écoles, d’universités, pour le personnel des établissements de santé, des EHPAD…

Le prélèvement salivaire peut être réalisé de manière assistée ou en auto-prélèvement au laboratoire de biologie médicale, au domicile ou sur un site de dépistage. S’il est difficile pour le patient de cracher (par exemple pour les très jeunes enfants), la salive peut être prélevée sous la langue à l’aide d’une pipette. Le prélèvement doit être réalisé 30 minutes après la dernière prise de boisson, d’aliment, de cigarette / e-cigarette, d’un brossage des dents ou d’un rinçage bucco-dentaire. Il doit être impérativement fait sans effort de toux ni de raclement de gorge. Et l’échantillon recueilli doit être conservé dans un flacon sec et stérile à température ambiante.

Pour les personnes qui peuvent saliver, le recueil dans un flacon sec et stérile est privilégié. L’embouchure du flacon doit être assez large pour recueillir facilement la salive. Le recueil non-supervisé par auto-prélèvement de salive, pour les personnes capables de saliver, est techniquement possible sous réserve que le patient reçoive au préalable une information détaillée par un professionnel de santé habilité (incluant notamment : précautions, modalités et volume minimum de recueil ; fermeture-décontamination-identification-emballage du dispositif de prélèvement ; modalités de conservation) et le matériel adapté qui est délivré par le laboratoire prenant en charge l’analyse.

Pour les personnes ayant des difficultés pour saliver ou pour comprendre les consignes, le liquide salivaire est prélevé sous la langue à l’aide d’une « Pastette » puis transféré dans un contenant adapté. Cela concerne en particulier les enfants de moins de 3 ans qui ne savent pas cracher et souvent les enfants de moins de 5 ans qui ont très fréquemment des difficultés à cracher.

Le drive

Biopyrénées et les laboratoires du groupe Inovie mettent en place un système de Drives pour les prélèvements COVID-19.

Ces « Drives Labos » permettent, aux patients suspectés d’être atteints du COVID-19, de se faire dépister tout en restant confinés confortablement dans leur voiture. Le patient doit, de préférence, venir seul et équipé d’un masque de protection pour limiter la propagation du virus.

La qualité du prélèvement ayant une incidence directe sur la qualité du résultat, les Biologistes Médicaux garantissent la bonne pratique des prélèvements nasopharyngés.

Biopyrénées COVID-19 : informations importantes à lire pour réaliser un prélèvement.

Se protéger

Tenue recommandée pour le préleveur :

  • Port d’un masque de protection type (APR) FFP2 en vérifiant l’étanchéité au visage (réalisation d’un fit check) ;
  • Sur-blouse à usage unique à manches longues ;
  • Port systématique de lunettes de protection ;
  • Port d’une protection complète de la chevelure (charlotte, calot couvrant…) ;
  • Port de gants à usage unique.

Patient :

  • Demander au patient de revêtir un masque chirurgical.
  • Rappelez les gestes simples barrières :
    • Se laver les mains très régulièrement
    • Tousser ou éternuer dans son coude ou dans un mouchoir
    • Saluer sans se serrer la main, arrêter les embrassades
    • Utiliser des mouchoirs à usage unique et les jeter
    • Eviter les rassemblements, limiter les déplacements et les contacts

Le SARS-CoV-2 est un agent biologique du groupe 2 nécessitant un triple emballage. Un emballage triple assure trois couches successives destinées à protéger la matière pendant le transit. Les trois couches sont :

  • Un ou plusieurs récipients primaires étanches.
  • Un emballage secondaire étanche. Le récipient primaire ou l’emballage secondaire doit être capable de résister à une pression interne de 95 kPa.
  • Un troisième emballage extérieur rigide résistant à une chute de 1,2m.

La RT-PCR

Le diagnostic de coronavirus utilise une technique de biologie moléculaire appelée RT-PCR qui permet de faire une PCR (Polymerase Chain Reaction) à partir d’un échantillon d’ARN. L’objectif est de dupliquer un grand nombre de séquence ARN connue.

La technique se divise en trois étapes :

  • A partir d’un prélèvement, l’ARN génomique est tout d’abord extrait, souvent par adsorption des acides nucléiques (chargés négativement) sur des particules de silices chargées positivement, puis  purifié pour éliminer les substances indésirables.
  • L’ARN obtenu est ensuite rétro-transcrit grâce à une enzyme (la transcriptase inverse) qui permet la synthèse de l’ADN complémentaire.
  • ADN complémentaire est enfin utilisé pour réaliser une PCR. Une réaction de PCR se déroule par répétitions successives des 3 étapes suivantes :
    1. Dénaturation thermique de l’ADN permettant de rompre les liaisons d’hydrogène et libérer les deux brins d’ADN.
    2. Hybridation de la matrice avec des amorces : en abaissant la température (50-70 °C), des amorces présentent constituées de cours fragments d’ADN viennent s’hybrider sur les brins d’ADN.
    3. Élongation : une enzyme, appelée Taq polymérase, complète la synthèse du brin d’ADN à partir de l’amorce en y incorporant les désoxyribonucléiques complémentaires de la séquence.

Un thermocycleur permet d’automatiser la réaction PCR en programmant des cycles consécutifs de montée et de baisse de température. Cet enchaînement d’étapes qui constitue un cycle d’amplification est reproduit successivement de 30 à 40 fois.

Dans un test de PCR en temps réel, une réaction positive est détectée par accumulation d’un signale fluorescent. Le Ct (seuil de cycle) est défini comme le nombre de cycles requis pour que le signal fluorescent dépasse le niveau de fond. Les niveaux de Ct sont inversement proportionnels à la quantité d’acide nucléique cible dans l’échantillon.

La RT-PCR a une sensibilité autour de 71% pour le premier prélèvement.

En cas de forte suspicion, une PCR négative n’exclue pas un Covid-19. Continuer l’isolement et un deuxième prélèvement quelques jours plus tard doit être réalisé.

Choix de Biopyrénées

Directement effectués sur un prélèvement (urine, selles…), les tests de biologie moléculaire permettent d’obtenir des résultats en quelques heures. Les équipes de Biopyrénées utilisent quotidiennement cette technologie pour détecter des pathogènes (bactéries et virus) tels que la grippe/VRS, les pathogènes recherchés dans les coprocultures standards, les virus des selles, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrohae, Trichomonas vaginalis et les mycoplasmes dont mycoplasma genitalium (nouvelle IST émergente).

Un arrêté du JO du 8 mars permet au laboratoire de ville de réaliser des tests de diagnostic. Il est recommandé que ces réactifs comportent au moins deux cibles, selon l’avis de la HAS, de la détection du génome du coronavirus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification.

Dans le cadre du diagnostique du coronavirus dans le sud-Aquitaine, Biopyrénées utilise les technologies BD (BD Max) depuis le 14 mars 2020, Roche depuis le lundi 6 avril 2020 (un extracteur MagNA Pure 96 et un thermocycleur Lightcycler Z480) et ID Solutions depuis le 22 août 2020. Ces automates permettent actuellement de s’affranchir de la pénurie de consommables et de réactifs et de réaliser plus de 1500 tests / jour.

Les réactifs de RT-PCR sont marqués CE et sont pris en charge par l’assurance maladie :

  • Bosphore Novel Coronavirus de Anatolia Geneworks, distribué en France par Launch Diagnostics. Il recherche 2 cibles : le gène E (région de screening permettant de détecter les béta-coronavirus groupe B) et le gène Orf1ab (région spécifique du COVID-19)
  • IDNCOV2q de ID Solutions. Il recherche les gènes N1 et N2.
  • Triplex d’ID Solutions : gènes N1 et Orf1.
  • Pentaplex d’ID Solutions : gènes N et RdRP et les mutations L452R et/ou E484Q ou E484K.
  • Fast Essential Triplex d’ID Solutions : gènes N / RdRP1 et S / RdRP2

Les amorces choisies sont dans des régions conservées. Elles ne peuvent pas être prises en défaut même si le virus évoluait (ce qui n’est pas le cas pour l’instant). Cependant, ces tests ont leur propres limites liées à la quantité de virus présent dans le prélèvement et à l’excrétion variable du virus au niveau des voies aériennes supérieures selon les formes cliniques et l’évolution de la maladie.

Formes simples : le virus est toujours présent au niveau du rhinopharynx, en très grande quantité au stade initial de la maladie (> 5 log de virus). Cette phase correspond à la phase virale de l’infection. Cette excrétion dure en moyenne 6-7 jours avec un inoculum élevé puis il y a une chute de l’excrétion.

Formes compliquées : inoculum rhinopharyngés et profonds élevés d’emblée et restent élevées.

Formes simples qui se compliquent : les signes respiratoires sont exacerbés avec des lésions immuno-pathologiques sans présence du virus. Si les patients sont vu dans les formes qui se dégradent à J7-8, il est possible que la détection virale soit prise en défaut du fait de l’histoire naturelle de la maladie. Le scanner thoracique est plus sensible.

Les indications

1. Sans prescription médicale, sans même présenter de symptômes. Afin de faciliter plus encore l’accès au dépistage, le ministre de la Santé Olivier Véran a signé un arrêté le 24 juillet permettant à toute personne volontaire, avec ou sans symptôme, de se faire dépister sans prescription. Ce dispositif ne nécessite aucune avance de frais : les tests sont intégralement pris en charge par l’assurance maladie.

2. Aux personnes identifiées comme ayant été en contact, avec un risque élevé de transmission, avec une personne testée positivement :

  • Au sein du foyer :
    • Immédiatement pour toutes les personnes contacts à risque
  • Hors du foyer :
    • Personnes symptomatiques : immédiatement pour toutes les personnes contacts
    • Personnes asymptomatiques : à J+7 de la date du dernier contact avec le cas

3. A certains publics dans le cadre de campagnes spécifiques de dépistage : personnes vulnérables (infection respiratoire aiguë), résidents des structures d’hébergement collectif (EHPAD, établissement médico-sociaux, établissement pénitentiaires…) et personnels exerçant dans ces structures en cas de premier cas confirmé au sein de la structure compte tenu des risques de propagation du virus dans des environnements fermés.

4. Pré-opératoire (voir les recommandations de la SFAR paragraphe Synthèse prescription des examens biologiques).

5. La réalisation de tests systématiques est maintenue pour :

  • Le suivi de l’excrétion virale chez les patients graves en réanimation afin de guider le traitement.
  • Les donneurs d’organes, tissus ou cellules souches hématopoïétiques.

Le résultat du test RT-PCR doit être communiqué par le laboratoire de biologie médicale dans les 24 heures au patient et au médecin prescripteur :

  • Un résultat positif confirme la Covid-19.
  • Un résultat négatif n’exclut pas d’emblée une Covid-19 étant donné que jusqu’à 29 % des patients pourraient avoir un premier résultat faux négatif.
  • Si le résultat est négatif et en cas de forte suspicion, un deuxième test RT-PCR devra être réalisé si possible entre J2 et J7.
  • Un résultat positif prévaut sur un résultat négatif, ceci est valable pour tout type de test.

 

Persistance d’un test RT-PCR positif à distance ?

Il est possible que le virus persiste dans le tractus nasopharyngé pendant 6 à 8 semaines. En l’état actuel des connaissances, ne pas refaire de test RT-PCR si un test est revenu positif pour juger de la guérison. La fin de la contagiosité ne doit pas être affirmée par un test PCR négatif.

Le criblage

Santé Publique France classe les variants évalués en trois catégories :

Variant pour lequel il a été démontré en comparant avec un/plusieurs virus de référence :

  • une augmentation de la transmissibilité ou un impact défavorable sur l’épidémiologie du COVID-19 ;
  • une augmentation de la gravité ou un changement de présentation clinique ;
  • une diminution de l’efficacité des mesures de contrôle mises en place (mesures de prévention, tests diagnostiques, vaccins, molécules thérapeutiques) OU
  • classement en VOC par l’OMS

Variant caractérisé par un changement phénotypique par rapport à un virus de référence ou des mutations qui conduisent à des changements en acides aminés associés à des implications phénotypiques confirmées ou suspectées ET :

  • responsable d’une transmission communautaire ou multiples cas confirmés ou clusters, ou a été détecté dans de multiples pays OU
  • classement en VOI par l’OMS

Absence d’éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d’un impact en santé publique en France, malgré la présence de mutations retrouvées chez un ou plusieurs variants d’intérêt/à suivre.

Le criblage systématique des tests positifs permettant une surveillance plus réactive des variants préoccupants (VOC) connus. En cas de diagnostic positif d’un premier test RT-PCR, un test RT-PCR de criblage est réalisé permettant de détecter les principales mutations caractérisant les VOC connus à ce jour et d’évaluer leur diffusion sur l’ensemble du territoire. Ces tests de criblage sont analysés par Santé publique France pour évaluer en temps réel leur circulation sur le territoire.

N501Y

Cette mutation est présente dans plusieurs lignées comprenant B.1.345, B.1.17 et P.1. Cette mutation change l’asparagine acide aminée (n) à la tyrosine (y) à la position 501 dans le domaine récepteur-grippant protéine de pointe de virus la’, qui peut faciliter le virus dans le grippage aux cellules plus fortement.

E484K ou « EEK »

Cette mutation de protéine de pointe a été trouvée dans plusieurs lignées et peut faciliter le virus en évitant quelques types d’anticorps. Dans elle, il y a un échange d’acide glutamique avec de la lysine à la position 484.

E484Q

Cette mutation de protéine de pointe est également subie une mutation à la position 484, excepté que l’acide glutamique est substitué avec de la glutamine. Cette mutation est pensée pour augmenter l’évasion immunisée et le grippement ACE2.

L452R

La mutation de protéine de pointe de L452R est apparue dans plusieurs lignées. Dans cette mutation, il y a une leucine au remplacement d’arginine à l’acide aminé 452. La mutation est pensée pour augmenter l’évasion immunisée et le grippement ACE2.

On a observé cette mutation les États-Unis et en Europe en 2020, avant l’augmentation dans la prévalence en janvier 2021, car elle est notamment présente dans la variante de CAL.20C qui est devenue répandue en Californie, en particulier à Los Angeles. Elle est également notamment présente dans la variante B.1.617.

Notamment, les études de laboratoire ont constaté que les traitements d’anticorps monoclonal spécifique peuvent ne pas être comme efficaces en traitant COVID-19 provoqué par des variantes avec les mutations de L452R ou d’E484K.

Le séquençage

Le séquençage de l’ADN consiste à déterminer l’ordre d’enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné.

Cette technique repose sur l’utilisation de di-désoxynucléotides, qui stoppent la réaction de synthèse. Le fragment à séquencer est dénaturé et une seule amorce est hybridée sur l’ADN matrice. Une polymérase synthétise le brin complémentaire à l’aide de nucléotides présents dans le mélange. L’incorporation aléatoire d’un di-désoxynucléotide stoppe la synthèse du fragment. Le produit obtenu correspond donc à un mélange de fragments de tailles différentes : à chaque base de la matrice d’origine correspond un ensemble de fragments de même taille. La visualisation des fragments après électrophorèse permet de déduire la séquence recherchée.

L’indication actuelle pour le séquençage est de le réaliser :

(i) pour les patients de retour de l’étranger pour lesquels un criblage variant par kit PCR ne peut être réalisé,

(ii) pour des situations correspondant à des clusters avec suspicion de variants, et

(iii) pour des zones ou une augmentation forte / inexpliquée du taux d’incidence se produit.

2. Diagnostic direct : les tests antigéniques

COVID-19 : la HAS positionne les tests antigéniques dans trois situations, HAS, octobre 2020

Les tests antigéniques détectent la présence de protéines virales (antigènes) du SARS-CoV-2. La plupart d’entre eux sont des tests immunologiques à flux latéral (LFI), qui sont généralement réalisés en 30 minutes.

Contrairement aux tests d’amplification des acides nucléiques, il n’y a pas d’amplification de la cible qui est détectée, ce qui rend les tests antigéniques moins sensibles. En outre, des résultats faux positifs (indiquant qu’une personne est infectée lorsqu’elle ne l’est pas) peuvent être obtenus si les anticorps présents sur la bandelette de test reconnaissent aussi des antigènes de virus autres que le SARS-CoV-2, tels que d’autres coronavirus humains. La sensibilité des différents tests antigéniques comparés à la rRT-PCR sur des échantillons des voies respiratoires supérieures (écouvillons nasopharyngés) semble très variable, mais on observe invariablement une spécificité élevée.

Les tests antigéniques permettent de réduire le nombre de tests moléculaires à effectuer et de faciliter l’identification et la prise en charge rapides des cas de COVID-19. La façon dont la détection d’antigène devrait être intégrée dans l’algorithme de dépistage dépend de la sensibilité et de la spécificité du test antigénique et de la prévalence de l’infection à SARS-CoV-2 dans la population visée par le test. Des charges virales élevées sont associées à une meilleure performance des tests antigéniques ; par conséquent, la performance des tests devrait être optimale au moment de l’apparition des symptômes et pendant la phase initiale d’une infection à SARS-CoV-2.

Le prélèvement

Le prélèvement naso-pharyngé est identique aux tests de biologie moléculaire.

A l’inverse des tests par biologie moléculaire, il n’est pas possible de réaliser des prélèvements oro-pharyngés ou salivaires.

Les indications TDR et TROD

  1. Pour les patients qui ont des symptômes
    Dès lors que le résultat du test RT-PCR ne peut être obtenu dans un délai de 48h, la HAS recommande de réaliser un test antigénique dans les 4 premiers jours après l’apparition des symptômes. La HAS restreint de 7 à 4 jours la fenêtre d’utilisation des tests antigéniques par rapport à son premier avis du 24 septembre car c’est la période durant laquelle ils sont les plus performants. Compte tenu de l’excellente spécificité de ces tests, elle considère qu’il n’est pas nécessaire de confirmer par un test RT-PCR les tests antigéniques positifs.
    Pour les patients à risque de développer une forme grave de la maladie (patients de plus de 65 ans ou présentant au moins un facteur de risque), la HAS préconise de confirmer par RT-PCR les résultats négatifs obtenus par test antigénique. L’enjeu est de s’assurer de ne pas rater de cas d’infection chez ces patients. En outre, la HAS recommande que ces personnes consultent un médecin dès l’apparition des symptômes afin de mettre en place une surveillance renforcée et une prise en charge optimale.
  2. Pour les personnes sans symptôme qui ne sont pas des personnes-contacts
    La HAS reconnait l’intérêt de l’utilisation des tests antigéniques dans le cadre d’opérations de dépistage à large échelle ciblant des populations au sein desquelles le risque d’infection est plus important qu’en population générale. Cela peut recouvrir des populations qui vivent, étudient ou travaillent dans des lieux confinés qui favorisent la transmission du virus à un grand nombre de personnes (universités, abattoirs, …). L’objectif est de débusquer les clusters.
  3. Pour les personnes-contacts sans symptôme identifiées isolément ou au sein d’un cluster
    En l’état actuel des connaissances, la HAS ne dispose pas encore des données nécessaires pour recommander l’utilisation de tests antigéniques pour les personnes-contacts (sans symptôme) et qui sont identifiées isolément ou au sein d’un cluster. Le test virologique RT-PCR reste le test à utiliser dans cette situation. La HAS est en attente des résultats de plusieurs études en cours qui devraient apporter prochainement des réponses à ces questions.

3. Diagnostic direct : les autotests antigéniques

Covid-19 : quelle place pour les tests antigéniques nasaux dans la stratégie de dépistage ?, HAS, mars 2021

L’arrivée de nouvelles modalités de tests a permis d’enrichir au fur et à mesure la palette des outils disponibles pour détecter le virus responsable de la Covid-19. Ces tests dits “rapides” sont moins invasifs que les tests sur prélèvement nasopharyngé et représentent une offre complémentaire pour des besoins spécifiques.

Ces premières données rapportent des sensibilités cliniques de l’ordre de 80 à 95 % chez les patients symptomatiques et de l’ordre de 50 à 60% chez les personnes asymptomatiques pour les TDR/TROD. Ces performances sont possiblement extrapolables aux autotests, mais la HAS souligne que le suivi des performances de ces tests dans les conditions réelles d’utilisation est essentiel.

Le prélèvement

Le prélèvement nasal ne nécessite pas d’être réalisé aussi profondément que le prélèvement nasopharyngé. Pour autant, les tests dont la HAS recommande aujourd’hui l’utilisation sont des tests sur prélèvement nasal dit “profond”, par opposition aux tests sur prélèvement nasal antérieur. Le prélèvement nasal profond se réalise à une profondeur de 3 à 4 cm, avec un écouvillon spécifique, plus épais que l’écouvillon des tests sur prélèvement nasopharyngé. Une fois introduit dans le vestibule narinaire, la personne devra lui faire faire 5 rotations avant de le retirer.

1. Préparation

Se laver les mains avec de l’eau et du savon ou avec du gel hydroalcoolique.

Sortir tous les éléments de la boîte du test et les poser sur une surface plane bien nettoyée. Identifier chaque élément du kit de test.

2. Réalisation du test

Réalisation de l’autotest par l’usager après lecture des conditions d’utilisations fournies par le fabricant.

(A) Il faut introduire l’écouvillon verticalement dans une narine sur 2 à 3 cm sans forcer (B), puis le basculer doucement horizontalement et l’introduire un peu jusqu’à rencontrer une légère résistance. (C) Puis réaliser un mouvement de rotation à l’intérieur de la narine. Pour certains tests, le prélèvement d’une seconde narine est nécessaire. Si tel est le cas, il faut procéder de la même façon dans l’autre narine avec le même écouvillon. Puis suivre les indications d’emploi pour l’extraction et la lecture du sultat du test sur la cassette.

Que faire après le test ?

(+) Le résultat est POSITIF si deux bandes colorées apparaissent au niveau des zones (C) et (T).

(-) Le résultat du test est NÉGATIF si une bande colorée apparait uniquement dans la zone contrôle (C).

(X) Si la ligne contrôle (C) n’apparait pas, le résultat est INVALIDE. Il faut refaire un autotest. En cas de doute sur le résultat, consulter son pharmacien.

Jeter les articles du kit dans un sac plastique pour éviter toute contamination. Fermer le sac et le placer dans un deuxième sac plastique. Jeter le tout dans sa poubelle habituelle.Se laver les mains après la manipulation.

Les indications

La HAS recommande l’utilisation des autotests antigéniques chez les personnes asymptomatiques de plus de 15 ans dans les deux situations suivantes :

  1. Indication médicale, dans le cadre d’un dépistage itératif ciblé à large échelle en alternative aux TDR/TROD antigéniques sur prélèvement nasopharyngé ou nasal. Le choix entre TROD et autotest dépend du mode d’organisation du dépistage et de la volonté et de l’aptitude de chacun à réaliser l’un ou l’autre test.
  2. Indication dans le cadre d’une utilisation restreinte à la sphère privée (par exemple, avant une rencontre avec des proches…). Le test devra idéalement être réalisé le jour même ou à défaut la veille de la visite.

4. Diagnostic indirect : la sérologie

Place des tests sérologiques et des tests sérologiques rapides (TDR, TROD, autotests) dans la stratégie de prise en charge de la maladie COVID-19, HAS, mai 2020


Le diagnostic sérologique consiste à rechercher des anticorps (Ac) synthétisés par les lymphocytes B de l’hôte en réponse à une infection virale à SARS-CoV-2. La réponse immunitaire est toujours graduelle :

  • Réponse rapide peu spécifique = les IgM : c’est la première ligne de défense de l’organisme qui produit des anticorps peu spécifiques de leurs cibles. Cette classe d’anticorps est produite lorsqu’un antigène particulier (tel qu’un antigène de micro-organisme infectieux) est rencontré pour la première fois. La réponse ainsi générée est appelée la réponse immunitaire primaire. L’IgM se lie ensuite à l’antigène, activant le système du complément, ce qui facilite l’ingestion du micro-organisme.
  • Réponse plus lente mais spécifique = les IgG : l’organisme apprend à reconnaître le virus. Les IgM laissent place à des anticorps spécifiques du virus. Habituellement ces anticorps signent la guérison et sont responsables de l’immunité.

Les techniques sérologiques sont basées sur le principe de la spécificité de la réaction antigène – anticorps, et utilisent des antigènes viraux de référence sous différentes formes (virus entier purifié, protéine virale native ou recombinante). Leur mise en œuvre repose sur des artifices permettant de visualiser la formation des complexes immuns.

Ces anticorps sont non seulement le signe d’une infection présente, mais aussi une mémoire des infections passées. Un tel test permet de connaître le nombre de personnes qui ont été infectées par le Covid-19, sans pour autant développer de symptômes sévères ou visibles.

La HAS exclut l’usage de ces tests pour un dépistage général car aucun ne donne de réponse sur le statut immunitaire des personnes (pas de passeport immunitaire). Ils ne répondent qu’à la question :  le patient est-il malade ou a-t-il été malade en compléments des tests virologiques.

Les limites actuelles

Tout l’enjeu porte sur la ou les meilleures protéines à détecter afin d’éviter les réactions croisées avec les autres coronavirus et que le test soit spécifique de l’infection à COVID-19. Pour encadrer leur utilisation, l’HAS a élaboré un cahier des charges définissant les modalités d’évaluation des performances des tests sérologiques détectant les anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2 ainsi que des recommandations sur leurs indications :

  • Les tests sérologiques ne sont pas recommandés dans le cadre du diagnostic précoce de l’infection COVID-19 lors de la première semaine suivant l’apparition des symptômes.
  • Les tests sérologiques permettent uniquement de déterminer si une personne a produit des anticorps en réponse à une infection par le virus SARS-CoV-2.
  • Les tests sérologiques ne permettent pas de statuer sur la contagiosité de la personne.
  • Les personnes ayant été en contact avec le virus, qui ont éliminé le virus et qui ne présentent plus de symptômes sont considérées comme guéries, comme pour toute infection virale aiguë.
  • Toutefois, la présence d’anticorps n’est pas synonyme de protection immunitaire (=immunité). En effet, si la présence d’anticorps neutralisant a pu être observée chez certains patients, il n’existe pas encore de corrélat de protection. Une protection certaine à moyen terme, durable ou définitive n’est pas garantie.
  • La survenue de réinfection ou de réactivation du virus n’est donc pas à exclure, comme c’est le cas pour d’autres coronavirus. Si le risque de développer des formes graves en cas de réinfection serait très faible, une personne présentant des anticorps serait susceptible de se réinfecter et donc de contaminer son entourage.
  • La HAS considère que les valeurs seuils minimales sont estimées à 98% pour la spécificité clinique et à 90% ou 95% selon l’usage du test pour la sensibilité clinique.

Le prélèvement

Le prélèvement à réaliser pour le diagnostic initial COVID-19 par sérologie est du sang en tube sec ou tube gélosé : le sang est centrifugé et des aliquots de sérum sont utilisés pour réaliser les sérologies prescrites.

2A. Les tests ELISA

Les tests ELISA sont automatisables et permettent la recherche soit des IgG, soit des IgM spécifiques d’un virus donné.

Plusieurs méthodes d’ELISA existent. La méthode, la plus fréquente dite indirect, comporte quatre étapes principales :

  1. Fixation de l’antigène : l’antigène connu, spécifique à l’anticorps recherché, est incubé sur une plaque. L’antigène va se fixer de manière électrostatique au fond des puits. Ils sont ensuite lavés pour enlever les antigènes non fixés.

  2. Fixation de l’anticorps à doser : on incube l’échantillon à doser (sérum contenant l’anticorps). Les anticorps spécifiques vont se fixer aux antigènes. Un lavage des puits est nécessaire pour enlever les anticorps non fixés.

  3. Fixation de l’anticorps de détection : des anticorps secondaires couplés à une peroxydase sont ensuite incubés.  C’est un anti IgG qui va donc reconnaître l’anticorps primaire. Un lavage des puits est nécessaire pour enlever les anticorps secondaires non fixés.

  4. Révélation : un substrat spécifique à l’enzyme est incubé. Si la réaction est positive (présence de l’anticorps recherché), une coloration apparait. L’intensité de la coloration est proportionnel à la quantité d’enzyme présente et donc à la concentration d’anticorps recherchés.

Seuls les tests ELISA peuvent être qualitatifs ou semi-quantitatifs, les tests unitaires étant uniquement qualitatifs.

Les indications

  1. Enquêtes séro-épidémiologiques dans le cadre de la surveillance épidémiologique
  2. En complément d’une RT-PCR pour compléter ou confirmer un diagnostic :
    • Diagnostic initial de patients symptomatiques graves hospitalisés, si tableau clinique ou scanographique évocateur et RT-PCR négative;
    • Diagnostic de rattrapage de patients symptomatiques graves hospitalisés mais n’ayant pas été en mesure de réaliser un test RT-PCR dans les sept jours suivant l’apparition des symptômes;
    • Diagnostic initial de patients symptomatiques sans signes de gravité suivis en ville si tableau clinique évocateur et test RT-PCR négatif;
    • Diagnostic de rattrapage chez des patients symptomatiques avec suspicion clinique sans signes de gravité mais n’ayant pas été en mesure de réaliser un test RT-PCR dans les sept jours suivant l’apparition des symptômes;
    • Diagnostic étiologique à distance chez des patients symptomatiques sans signes de gravité diagnostiqué cliniquement mais n’ayant pas fait l’objet d’une RT-PCR et ce depuis la mise en place de la phase 2;
    • Détection d’anticorps chez les professionnels soignants non symptomatiques lors de dépistage et détection de personne-contact par RT-PCR selon recommandations en vigueur après une RT-PCR négative, uniquement à titre individuel sur prescription médicale;
    • La détection d’anticorps chez les personnels d’hébergement collectif non symptomatiques lors de dépistage et détection de personne-contact par RT-PCR selon recommandations en vigueur après une RT-PCR négative, uniquement à titre individuel sur prescription sur prescription médicale.

Non-indications de la sérologie

Étant donnée l’absence de connaissances détaillées sur les variations des titres d’anticorps au cours de l’infection Covid-19 et compte tenu de l’absence à ce jour de prises en charge thérapeutiques/préventives (médicaments ou vaccination) disponibles pour la Covid-19, il n’y a pas lieu, à ce jour, de réaliser des tests sérologiques dans les cas suivants :

  • confirmation d’un diagnostic biologique RT-PCR positif ;
  • diagnostic initial des personnes-contacts d’un patient confirmé ou suspecté avant J20 de l’exposition ;
  • suivi de l’infection Covid-19 ;
  • dépistage systématique des résidents d’hébergements collectifs non symptomatiques, notamment sociaux et médicosociaux ;
  • dépistage systématique des patients à risque de forme grave de Covid-19 ;
  • dépistage systématique des groupes socioprofessionnels confinés ou non confinés (à l’exception des professionnels de santé et des personnels des établissements médico-sociaux) ;
  • dépistage systématique des patients en vue d’une hospitalisation

2B. Et les tests rapides ?

Les tests rapides peuvent être classés comme suit :

Les tests de diagnostic rapide (TDR)

On parle de tests de diagnostic rapide (TDR) lorsqu’ils sont utilisés par un laboratoire de biologie médicale (LBM) comme défini par l’article L.6211-1 du Code de la santé publique. Conformément à l’article L.6211-2, cet examen de biologie médicale (EBM) se déroule en trois phases: pré-analytique, analytique et post-analytique. Cette dernière phase comprend «la validation, l’interprétation contextuelle du résultat ainsi que la communication appropriée du résultat au prescripteur et, dans les conditions fixées à l’article L. 1111-2, au patient, dans un délai compatible avec l’état de l’art. La réalisation au sein d’un LBM garantit également la traçabilité des résultats, que ce soit à l’échelon individuel ou populationnel ;

En laboratoire de biologie médicale, à performance diagnostique équivalente, il est préconisé de réaliser préférentiellement un test automatisable (ELISA) plutôt qu’un TDR compte tenu du caractère semi-quantitatif des tests automatisables et de l’absence à ce jour d’évaluation formelle des performances cliniques sur sang total des TDR.

Les indications

Pour les tests de diagnostic rapide (TDR), les indications sont les mêmes que celles des tests automatisables (ELISA) à savoir :

  • enquêtes séro-épidémiologiques dans le cadre de la surveillance épidémiologique;
  • diagnostic initial de patients symptomatiques graves hospitalisés, si tableau clinique ou scanographique évocateur et RT-PCR négative;
  • diagnostic de rattrapage de patients symptomatiques graves hospitalisés mais n’ayant pas été en mesure de réaliser un test RT-PCR avant sept jours;
  • diagnostic initial de patients symptomatiques sans signe de gravité suivis en ville si tableau clinique évocateur et test RT-PCR négatif;
  • diagnostic de rattrapage chez des patients symptomatiques avec suspicion clinique sans signe de gravité mais n’ayant pas été en mesure de réaliser un test RT-PCR avant sept jours;
  • diagnostic étiologique à distance chez des patients symptomatiques sans signe de gravité diagnostiqués cliniquement mais n’ayant pas fait l’objet d’une RT-PCR et ce depuis la mise en place de la phase 2 (à partir de la semaine 10 2020);
  • détection d’anticorps chez les professionnels soignants non symptomatiques lors de dépistage et détection de personne-contact par RT-PCR selon recommandations en vigueur après une RT-PCR négative, uniquement à titre individuel sur prescription médicale;
  • détection d’anticorps chez les personnels d’hébergements collectifs non symptomatiques lors de dépistage et détection de personne-contact par RT-PCR selon recommandations en vigueur après une RT-PCR négative, uniquement à titre individuel sur prescription médicale.

Les tests rapides d'orientation diagnostique (TROD)

On parle de tests rapides d’orientation diagnostique (TROD) lorsqu’ils sont réalisés en dehors d’un LBM «par un professionnel de santé ou par du personnel ayant reçu une formation adaptée et relevant de structures de prévention et associatives ou du service de santé des armées». Ces tests ne sont pas des examens de biologie médicale (EBM). En effet, d’après l’article L.6211-3 du Code de la santé publique, «ne constituent pas un examen de biologie médicale un test, un recueil et un traitement de signaux biologiques, à visée de dépistage, d’orientation diagnostique ou d’adaptation thérapeutique immédiate». Ces tests sont réalisés sous la responsabilité de ceux qui le réalisent, sans obligation de compte-rendu de résultats. La traçabilité individuelle ou populationnelle n’est donc pas garantie. Les TROD sont soumis à la publication d’un arrêté ministériel pour être réalisés. Les TROD sont marqués CE conformément à la directive 98/79/CE, soit en automarquage, soit certifiés par un organisme notifié selon le paramètre biologique considéré. Pour le SARS-CoV-2,le marquage CE est octroyé par automarquage par le fabricant;

Le recours aux TROD doit être considéré avec prudence vis-à-vis du recours aux tests automatisables (ELISA) et aux TDR, compte tenu:

  • de l’absence à ce jour d’évaluation formelle des performances cliniques sur sang total des TROD;
  • du manque de données à ce jour sur les performances des TROD en conditions réelles d’utilisation;
  • de l’absence de garantie de traçabilité des résultats;
  • de la nécessité d’une confirmation de l’orientation diagnostique par un test réalisé en LBM.

Les indications

Les indications sont les mêmes que celles des TDR à l’exception des deux indications relatives aux patients symptomatiques graves hospitalisés et avec les quatre nuances suivantes:

  • il s’agit ici d’orientation diagnostique et non du diagnostic, contrairement aux TDR;
  • pour les patients symptomatiques sans facteur de gravité, le recours aux TROD n’est indiqué que pour les populations ayant des difficultés d’accès à un laboratoire de biologie médicale;
  • l’orientation diagnostique de rattrapage par TROD est également indiquée pour les personnels soignants et les personnels d’hébergements collectifs symptomatiques sans signe de gravité;
  • la traçabilité des résultats au sein des enquêtes séro-épidémiologiques doit être assurée dans le cadre du protocole de l’enquête.

En cas de résultat positif, le résultat du TROD devra toujours être confirmé par un test sérologique réalisé en laboratoire de biologie médicale.

Les autotests

On parle d’autotest pour des tests rapides de dépistage pour lesquels le prélèvement, la lecture et l’interprétation des résultats sont réalisés par l’individu lui-même, dans un environnement domestique. Il n’y a pas de traçabilité des résultats obtenus par autotests. Ces derniers ne sont pas des EBM et sont vendus en officine après obtention du marquage CE octroyé par un organisme notifié.

Les indications

La HAS considère leur utilisation dans le contexte actuel de COVID-19 comme encore prématuré à ce jour compte tenu notamment :

  • de la difficulté d’interprétation de ces autotests par les utilisateurs;
  • de l’absence à ce jour d’évaluation formelle des performances cliniques de ces autotests;
  • de l’absence à ce jour de données sur les performances des autotests en conditions réelles d’utilisation.

Conseils sur l’utilisation des tests immunodiagnostiques en l’état actuel des connaissances, Organisation Mondiale de la Santé, mercredi 8 avril 2020 :

At present, based on current evidence, WHO recommends the use of these new point-of-care immunodiagnostic tests only in research settings. They should not be used in any other setting, including for clinical decision-making, until evidence supporting use for specific indications is available.

5. Synthèse : la prescription des examens biologiques

La stratégie nationale de dépistage repose sur l’objectif énoncé par le Président de la République de dépistage virologique à compter du 11 mai 2020 afin qu’elles puissent s’isoler :

  • de toutes les personnes présentant des symptômes du Covid-19;
  • de toutes les personnes qui ont été en contact rapproché avec une personne infectée.

C’est ainsi que les chaînes de transmission du virus pourront être interrompues et que l’épidémie pourra rester sous contrôle.

Patients symptomatiques

Finalité du test : diagnostic initial ou de rattrapage.

Population cible : patients hospitalisés, patients suivis en ville ou en structure d’hébergement.

1. < 7 jours de l’apparition des symptômes :

Un test RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé est prescrit si le patient est vu en consultation entre J1 et J7. Si le résultat du test RT-PCR ne peut être obtenu dans un délai de 48 heures et si le patient symptomatique est vu en consultation entre J1 et J4, un test antigénique sur prélèvement nasopharyngé est réalisé. Si le résultat du test antigénique est négatif, il faut retester par un test RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé seulement chez les personnes de plus de 65 ans et/ou avec facteur de risque.

2. de 7 à 14 jours de l’apparition des symptômes :

La démarche diagnostique repose sur les signes cliniques. Étant donné que la charge virale diminue à partir de J8 au niveau nasopharyngé, il y a un risque élevé de résultat faux négatif pour des tests réalisés à partir de J8. Un résultat négatif par test RT-PCR ne sera pas concluant.

3. > 14 jours de l’apparition des symptômes :

Le test RT-PCR n’est pas recommandé. Après J15, une sérologie par tests automatisables ELISA (IgG + IgM ou Ig totales) est à réaliser dans un laboratoire de biologie médicale dans les indications suivantes :

  • Diagnostic initial de patients symptomatiques sans signes de gravité suivis en ville si tableau clinique évocateur et test RT-PCR négatif.
  • Diagnostic de rattrapage chez des patients symptomatiques ayant reçu un diagnostic clinique par un médecin, mais n’ayant pas été en mesure de réaliser un test RT-PCR dans l’intervalle des sept jours suivant l’apparition des symptômes.

Patients asymptomatiques

Finalité du test : santé publique.

Population cible : professionnels soignants et personnels d’hébergements collectifs.

  1. Si le patient consulte entre J1 et J10 à partir de la date d’exposition : Prescription d’un test RT-PCR à faire à partir de J3 et dès que possible avant J10.
  2. Si le patient consulte après J10 à partir de la date d’exposition : Prescription d’un test sérologique à réaliser à partir de J20, ne pas prescrire de test RT-PCR.

Femmes enceintes: La conduite à tenir est la même qu’en population générale.

Enfants: La conduite à tenir est la même que pour les adultes en prenant en compte la particularité de la technique de prélèvement pour le test diagnostique chez les jeunes enfants (de la maternelle au CM2). Note du Conseil Scientifique COVID-19 du 24 avril 2020.

Recherche directe des virus de la grippe concomitamment à la recherche du SARS-CoV-2 ?

−en France métropolitaine, une co-circulation du SARS-CoV-2 responsable de la COVID-19 et de certains virus responsables d’infections respiratoires hivernales a débuté. Parmi ces virus hivernaux, les virus influenza A et B responsables de la grippe sont particulièrement surveillés compte tenu des risques de grippe sévère et de décès chez les patients à risque;

−les signes cliniques de la grippe et de la COVID-19 sont très proches et aucun symptôme ou tableau clinique n’est réellement spécifique de l’une ou de l’autre; il est alors très difficile de poser un diagnostic différentiel de ces deux infections sur le seul examen clinique, alors que des cas de co-infections ont été décrits;

−les personnes à risque de formes sévères de l’une ou l’autre de ces deux infections virales sont globalement les mêmes (personnes âgées, patients avec des maladies chroniques…);

−les possibles conséquences de la co-infection des virus Influenza A/B et SARS-CoV-2 sur la mortalité ;

−différents examens de recherche directe du virus SARS-CoV-2 sont d’ores et déjà disponibles et pris en charge par l’Assurance maladie, dans des conditions fixées par arrêtés du ministre des solidarités et de la santé, pris après avis de la Haute Autorité de santé;

−la recherche des génomes des différents virus a pour but (i) de diminuer le taux d’admission en hospitalisation pour les patients aux urgences, (ii) d’organiser des mesures d’isolement séparé pour les patients hospitalisés ou hébergés au sein d’établissements médico-sociaux et porteurs des virus de la grippe et/ou du SARS-CoV-2 et (iii) de mettre en place une prise en charge optimale diagnostique

Dépistage du virus SARS-CoV-2 chez les patients admis en établissement de santé

Le Collège de la Haute Autorité de santé estime que le développement du dépistage systématisé est souhaitable autant que possible de manière générale, tant pour la protection individuelle des patients que pour éviter le risque de diffusion de l’épidémie.

Le Collège préconise:

  • que toute personne admise dans un établissement de santé pour une hospitalisation programmée bénéficie d’un interrogatoire détaillé pour identifier son statut par rapport au SARS-CoV 2.
  • au minimum, que les patients à risque de forme grave de COVID-19, les patients pour lesquels est programmée une chirurgie avec ouverture ou exposition des voies aériennes (chirurgie ORL, thoracique, de la base du crâne, bronchoscopie, ou tout autre situationà risque), une chirurgie générant des aérosols ou une chirurgie majeure à risque opératoire ou postopératoire, puissent se voir proposer un test diagnostique par RT-PCR dans les 24h à 48h avant l’hospitalisation.
  • au mieux, que les patients puissent se voir proposer un dépistage par RT-PCR avant toute hospitalisation programmée.

Dépistage pré-opératoire du COVID-19 ?

Le dépistage du COVID-19 recommandé par la SPILF et la SFAR avant une intervention médicale ou chirurgicale, chez des patients sans symptôme évocateur, repose sur les règles suivantes :

  • Si une PCR est proposée, elle doit être réalisée au plus près de l’intervention programmée (pas plus de 24-48h avant)
  • Le scanner thoracique n’a aucune indication dans ces situations (dépistage chez un patient asymptomatique)
  • Même en cas de négativité de la PCR, le risque de COVID n’est pas totalement exclu, ce qui impose :
    1. de maintenir le respect des mesures barrières tout au long de l’intervention et au décours;
    2. de reconsidérer le diagnostic en cas d’évolution ultérieure compatible avec un COVID.

Algorithme chirurgie programmée, SFAR

Algorithme chirurgie en urgence, SFAR

Chez les enfant en collectivité ?

Afin de clarifier la prise en charge actuelle des jeunes enfants malades en collectivité (crèches, écoles maternelles et élémentaires), les pédiatres (infectiologues, urgentistes, généralistes et ambulatoires) proposent un algorithme dont l’objectif est d’aider à définir les indications de la PCR-Sars-CoV-2.

Sociétés Savantes de Pédiatrie pour les indications de la PCR Covid-19 chez les enfants

Dépistage dans les entreprises ?

À l’heure actuelle, seuls les tests virologiques RT-PCR sur prélèvement naso-pharyngés sont fiables pour confirmer le diagnostic de COVID-19. La réalisation de ces prélèvements sur prescription médicale est douloureuse, complexe logistiquement (équipements de protection et parcours des données patient) et doit être réalisée par des professionnels formés.

En conséquence, à ce stade, aucune organisation par les employeurs de prélèvements en vue d’un dépistage virologique ne saurait s’inscrire dans la stratégie nationale de dépistage.

SI-DEP et Contact-COVID sont deux outils numériques mis à disposition des acteurs de la lutte contre la propagation du virus en France :

  • SI-DEP (Système d’Informations de DEPistage) est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires de tests COVID-19. Elle permet de s’assurer que tous les cas positifs sont bien pris en charge.
  • “Contact COVID” est un outil numérique utilisé par tous les professionnels de santé (médecins, pharmaciens, biologistes des laboratoires de dépistage COVID, et les professionnels habilités par la CNAM, SPF et l’ARS), qui aide à la prise en charge des cas COVID-19. Il permet d’aller au plus vite dans l’identification des personnes-contacts autour d’un cas COVID-19. Il permet de vérifier que chacun a été appelé, informé, testé, et accompagné.

Les examens radiologiques

Ai et al. Correlation of Chest CT and RT-PCR Testing in Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in China: A Report of 1014 Radiology 2020 ; Vesselle et al., mars 2020

Case courtesy of Dr Bahman Rasuli,
Radiopaedia.org, rID: 74576

Case courtesy of Dr Bahman Rasuli,
Radiopaedia.org, rID: 74560

Case courtesy of Dr Domenico Nicoletti,
Radiopaedia.org, rID: 74724

Le scanner permet de redresser le diagnostic chez 33% des patients avec RT-PCR négative.

Le scanner a une sensibilité de 97% et une spécificité de 25%.

Le scanner a une VPP de 65% et une VPN de 83%.

Le scanner thoracique à des fins de dépistage n’est pas recommandé chez des patients sans signes de gravité pour le diagnostic du COVID-19. Il est recommandé en cas de symptômes respiratoires avérés relevant d’une prise en charge hospitalière, chez un patient RT-PCR+ ou suspect, pour évaluer le degré de sévérité de l’atteinte pulmonaire et avoir un examen de référence.

Les anomalies en lien avec le coronavirus sont typiquement des plages en verre de dépoli multifocal de répartition périphérique, sous pleural, et bilatérale.

Il n’y a en règle générale pas de nodules, d’adénopathies ou d’épanchement pleural.

L’évolution peut se faire vers l’apparition de condensations alvéolaires voir, dans les cas les plus graves vers un SDRA.

50% des patients ont un scanner normal jusqu’à J3 du début des symptômes (anomalies max à J9 et J13).

La radiographie thoracique est très peu sensible et n’a aucune indication dans ce contexte. Si une imagerie est indiquée, réaliser un scanner.

La prise en charge

Stratégie de contact-tracing post-confinement et aux modalités de sa mise en oeuvre, Ministère de la Solidarité et de la Santé, 6 mai 2020 ; Stratégie et modalités d'isolement, Avis n°9 du Conseil scientifique COVID-19, 3 septembre 2020 ; HAS, Réponses rapides dans le cadre de la Covid-19 – Prise en charge de premier recours des patients suspectés de Covid-19, 5 novembre 2020

A partir du 11 mai 2020 : les 3 piliers du déconfinement

1. Gestes barrières & distanciation sociale

Face à l’infection, il existe des gestes pour se protéger, pour faire barrière au coronavirus :

  • Se laver les mains très régulièrement
  • Se distancier d’au moins un mètre de chaque autre personne autour de soi
  • Tousser ou éternuer dans son coude ou dans un mouchoir
  • Saluer sans se serrer la main, éviter les embrassades
  • Utiliser des mouchoirs à usage unique et les jeter
  • Eviter les rassemblements, limiter les déplacements et les contacts

2. Tester toute personne symptomatique et leur contacts

  • La RT-PCR reste le gold standard
  • La sérologie sera déployée de façon sélective

3. Isolement des porteurs positifs

Les cas positifs aurons les choix entre :

  • Soit un confinement à domicile (conditions strictes pour les patients et les proches),
  • Soit un confinement dans un autre lieu, comme un hôtel, pour éviter de contaminer d’autres personnes.

A partir du 11 septembre 2020 : la durée de l’isolement doit être égale à 7 jours pleins

Pour toutes ces situations, le Conseil scientifique recommande un isolement de 7 jours. Cet isolement s’applique:

-7 jours après le début des symptômes pour les cas confirmés, sans attendre les résultats du test

-7 jours après un prélèvement positif pour les cas asymptomatiques

-7 jours après un contact avec un cas confirmé pour les personne-contacts suivi d’un test diagnostique réalisé au 7ème jour d’isolement, isolement qui sera poursuivi si le résultat du test est positif

A partir du 7 février 2021 : la durée de l’isolement passe à 10 jours pleins pour les porteurs d'une variante sud africaine ou brésilienne (V2 et V3)

La durée d’isolement est allongée à 10 jours pour les porteurs d’une variante d’intérêt 20H/501Y.V2 ou 20J/501Y.V3.

A partir du 22 février 2021 : harmonisation des mesures d'isolement/quarantaine pour les cas et les personnes contact à risque

Afin de disposer de mesures adaptées aux risques mais aussi simples et facilement compréhensibles par tous, il a été décidé une harmonisation des durées d’isolement et de quarantaine, quel que soit le virus du SARS-CoV2 considéré.

Définitions des cas et des contacts à risque

En raison de l’émergence et de la diffusion de nouveaux variants caractérisés par une transmissibilité plus élevée, des modifications ont été apportées à la définition d’un contact à risque par rapport à la version du 16/11/2020 :
– les masques grand public en tissu de catégorie 2 ou de masque de fabrication artisanale ne sont plus considérés comme des mesures de protection efficaces, en raison de leur pouvoir filtrant inférieur aux masques à usage médical ou en tissu de catégorie 1 ;
– la distance physique séparant un cas confirmé d’une personne-contact en dessous de laquelle le contact est considéré comme à risque, passe de 1 à 2 mètres.

Toute personne, symptomatique ou non, avec un résultat biologique confirmant l’infection par le SARS-CoV-2, par amplification moléculaire (RT-PCR, RT-LAMP), test antigénique (TAG) naso-pharyngé ou sérologie (dans le cadre d’un diagnostic de rattrapage, conformément aux recommandations de la HAS).

En cas de résultat positif par un TAG, une RT-PCR de diagnostic doit être réalisée dans les 24h suivant le TAG (RT-PCR de diagnostic simple ou RT-PCR de diagnostic simple couplée à une RT-PCR de criblage). Si le résultat de diagnostic obtenu par cette RT-PCR et celui du TAG sont discordants, c’est celui de la RT-PCR qui doit être retenu.

Un TAG nasal (« auto-test ») positif ne doit pas être considéré comme une confirmation du diagnostic, et doit être suivi dans les 24h d’un test RT-PCR pour confirmer ou infirmer l’infection.

Santé Publique France, 30/08/2021

Toute personne présentant des signes cliniques et des signes visibles en tomo-densitométrie thoracique évocateurs de COVID-19.

Santé Publique France, 30/08/2021

Toute personne, quel que soit son statut vaccinal, ayant ou non été en contact à risque (voir définition ci-dessous) avec un cas confirmé dans les 14 jours précédant l’apparition des symptômes, présentant des signes cliniques évocateurs de COVID-19 : infection respiratoire aiguë avec une fièvre ou une sensation de fièvre, ou toute autre manifestation clinique suivante, de survenue brutale, selon l’avis du HCSP relatif aux signes cliniques d’orientation diagnostique du COVID-19 :

  • En population générale : asthénie inexpliquée ; myalgies inexpliquées ; céphalées en dehors d’une pathologie migraineuse connue ; anosmie ou hyposmie sans rhinite associée ; agueusie ou dysgueusie.
  • Chez les personnes âgées de 80 ans ou plus : altération de l’état général ; chutes répétées ; apparition ou aggravation de troubles cognitifs ; syndrome confusionnel ; diarrhée ; décompensation d’une pathologie antérieure.
  • Chez les enfants : tous les signes sus-cités en population générale ; altération de l’état général ; diarrhée ; fièvre isolée chez l’enfant de moins de 3 mois.
  • Chez les patients en situation d’urgence ou de réanimation : troubles du rythme cardiaque récents ; atteintes myocardiques aigües ; évènement thromboembolique grave.

 

(1) Définition d’un contact :

En l’absence de mesures de protection efficaces pendant toute la durée du contact :

  • Personne-contact à risque élevé : toute personne n’ayant pas reçu un schéma complet de primo-vaccination1 OU ayant reçu un schéma complet de primo-vaccination depuis moins de 7 jours (vaccins Cominarty® de Pfizer, Spikevax® de Moderna, Vaxzeria® d’Astra Zeneca et Covishied® d’Astra Zeneca) ou moins de 4 semaines (vaccin Covid-19 vaccin Janssen®) OU atteinte d’une immunodépression grave, c’est – à –dire présentant une affection le rendant éligible à une 3e dose de primo-vaccination, même si celle-ci a déjà été administrée (liste d’affections définies dans l’avis du Conseil d’orientation de la stratégie vaccinale du 6 avril 2021) 2,3 ET
    – Ayant eu un contact direct avec un cas confirmé ou probable, en face-à-face, à moins de 2 mètres, quelle que soit la durée (ex. conversation, repas, contact physique). En revanche, des personnes croisées dans l’espace public de manière fugace, même en l’absence de port de masque, sont considérées comme des personnes-contacts à risque négligeable, ou ;
    – Ayant prodigué ou reçu des actes d’hygiène ou de soins à un cas confirmé ou probable, ou ;
    – Ayant partagé un espace intérieur (bureau ou salle de réunion, véhicule personnel, table de restaurant, …) pendant au moins 15 minutes consécutives ou cumulées sur 24h avec un cas confirmé ou probable ou étant resté en face-à-face avec un cas confirmé ou probable durant plusieurs épisodes de toux ou d’éternuement ;
  • Personne-contact à risque modéré : toute personne sans immunodépression grave ayant reçu un schéma complet de primo-vaccination1 depuis au moins 7 jours (vaccins Cominarty® de Pfizer, Spikevax® de Moderna®, Vaxzeria® d’Astra Zeneca et Covishied® d’Astra Zeneca) ou au moins 4 semaines (vaccin Covid-19 vaccin Janssen®) ET
    – Ayant eu un contact direct avec un cas confirmé ou probable, en face-à-face, à moins de 2 mètres, quelle que soit la durée (ex. conversation, repas, contact physique). En revanche, des personnes croisées dans l’espace public de manière fugace, même en l’absence de port de masque, sont considérées comme des personnes-contacts à risque négligeable, ou ;
    – Ayant prodigué ou reçu des actes d’hygiène ou de soins à un cas confirmé ou probable, ou ;
    – Ayant partagé un espace intérieur (bureau ou salle de réunion, véhicule personnel, salle de restaurant, …) pendant au moins 15 minutes consécutives ou cumulées sur 24h avec un cas confirmé ou probable ou étant resté en face-à-face avec un cas durant plusieurs épisodes de toux ou d’éternuement ;
  • Personne-contact à risque négligeable :
    – Toute personne ayant un antécédent d’infection par le SARS-CoV-2 confirmé par amplification moléculaire (RT-PCR, RT-LAMP), TAG naso-pharyngé ou sérologie datant de moins de 2 mois 3 ;
    – Toutes les autres situations de contact.

Sont considérés comme des mesures de protection efficaces :
– Séparation physique isolant la personne-contact du cas confirmé ou probable en créant deux espaces indépendants (vitre, Hygiaphone®);
– Masque chirurgical, ou FFP2, ou en tissu « grand public filtration supérieure à 90% » (correspondant à la catégorie 1 (AFNOR)), porté par le cas confirmé ou probable OU la personne-contact.

Ne sont pas considérés comme mesures de protection efficaces 4 :
– Masques en tissu grand public de catégorie 2 ;
– Masques en tissu « maison » ou de fabrication artisanale ne répondant pas aux normes AFNOR ;
– Visières et masques en plastique transparent portés seuls ;
– Plaque de plexiglas posée sur un comptoir, rideaux en plastique transparent séparant clients et commerçants.

Ces définitions de personnes-contacts à risque ne s’appliquent pas à :
– L’évaluation des personnes-contacts à risque d’un professionnel de santé hospitalier survenus dans un contexte de soins, pour lequel une évaluation spécifique doit être réalisée par le médecin du travail et l’équipe opérationnelle d’hygiène ;
– L’évaluation des personnes-contacts à risque dans le milieu scolaire. Pour plus d’information, consulter le protocole sanitaire de l’Education Nationale et la conduite à tenir en cas de cas confirmé(s) parmi les élèves ainsi que les avis relatifs au milieu scolaire du HCSP.

Santé Publique France, 30/08/2021

Où ?

1. En cas de signes de gravité (difficultés respiratoires) :

Les indications d’hospitalisation en établissement de santé avec hébergement ou en HAD doivent être jugées au cas par cas :

– Oxymétrie de pouls (SpO2) < 95% en air ambiant en absence d’infection respiratoire chronique
– Tachypnée (fréquence respiratoire > 24/min au repos)
– Pression artérielle systolique < 100 mmHg en absence de prise d’hypertenseur
– Altération de l’état général brutal chez le sujet âgé.

Les indications d’appel au SAMU centre 15 sont les suivantes :

– Oxymétrie de pouls (SpO2) < 90% en air ambiant
– Tachypnée (fréquence respiratoire > 30/min au repos)
– Pression artérielle systolique < 90 mmHg
– Troubles de la vigilance : altération de la conscience, confusion, somnolence.

2. Patients sans signe de gravité :

Ces formes présumé pauci symptomatique et pneumonie sans signe de gravité chez des patients sans facteurs de risque de forme grave sont prises en charge en médecine de ville avec recours à des solutions de suivi par des applications numérique de type téléconsultation. La consultation doit être le plus souvent évitée.

Toutefois, dans certaines situations, elle pourra être insuffisante pour poser l’ensemble du diagnostic et les conditions de prise en charge associées et devra donc être prolongée par une consultation présentielle. C’est au médecin qu’il revient d’apprécier à tout moment la possibilité de poursuivre la téléconsultation en cours ou d’organiser une consultation physique, notamment quand une exploration plus fine du système respiratoire est requise.

Stratégie du contact-tracing

Cette stratégie de détection des cas, d’identification des personnes contacts et d’isolement et de quatorzaine des cas et des contacts à risque repose sur une organisation en 3 niveaux mobilisant:

  1. Les professionnels de santé de médecine de ville et des établissements de santé, pour la prise en charge des cas possibles, et l’identification des contacts à risque, a minima du foyer;
  2. L’Assurance maladie, pour l’identification et la prise en charge de l’ensemble des contacts à risque des cas confirmés de COVID-19;
  3. Les Agences régionales de santé en lien avec les cellules régionales de Santé publique France, pour l’identification et l’investigation des chaines de transmission et des clusters, et la gestion des situations complexes, dans certaines collectivités notamment.

Quel que soit le diagnostic, la prise en charge globale d’un patient est identique pour les patients en attente des résultats du test RT-PCR, les patients ayant un test RT-PCR positif, et ceux à forte suspicion de COVID-19 avec un test RT-PCR négatif.

A. Isoler et tester les personnes avec des symptômes cliniques évocateurs du covid-19

Les personnes présentant des symptômes cliniques évocateurs du COVID-19 constituent le point d’entrée essentiel de la stratégie de contact-tracing. Plusieurs mesures s’imposent dès l’apparition des symptômes:

  • Prescriptions systématiques pour réalisation immédiate d’un test pour toutes les personnes symptomatiques (orientation du cas possible vers le laboratoire le plus proche par le médecin) ;
    • Si le patient consulte entre J1 et J4 à partir du début des symptômes et que le résultat de la RT-PCR ne peut pas être obtenu en 48 heures, il est possible de réaliser un test de détection antigénique sur prélèvement nasopharyngé.
    • Si le patient consulte entre J5 et J7 à partir du début de symptômes : prescription d’un test RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé.
    • Si le patient consulte après 14 jours à partir du début des symptômes : prescription d’un test sérologique, ne pas prescrire un test RT-PCR.
  • Isolement strict et sans délai dans l’attente du résultat du test (le cas échéant, prescription d’un arrêt de travail ; pour les travailleurs indépendants y compris les professions libérales, indemnités journalières pour les arrêts dérogatoires prévus dans le cadre du décret n°2020-73 du 31 janvier) ;
  • Remise de 4 masques chirurgicaux permettant au cas possible de protéger son entourage le temps d’obtenir le résultat du test (ou prescription dans le cas d’une téléconsultation ou si le médecin ne dispose pas de masques) et prescription pour des masques supplémentaires en cas de positivité (à hauteur de 2 masques par jour pour toute la durée de son isolement ; le patient ou un tiers pourra se procurer les masques en pharmacie d’officine muni de la prescription et de la confirmation biologique fournie par le laboratoire si le résultat est positif) ;
  • Dans certaines situations, le médecin pourra décider de prescrire un test RT-PCR et d’isoler l’ensemble du foyer du cas possible d’emblée (antécédent de contact avec un cas confirmé ou probable, symptomatologie similaire chez un ou plusieurs autres membres du foyer, symptômes depuis plusieurs jours pour le cas possible).

La conduite à tenir par la suite dépend du résultat du test :

Si le test antigénique est négatif, retester avec un test RT-PCR entre J2 et J7 si le patient est âgé de plus de 65 ans et/ou à risque de développer une forme grave de Covid-19.

Si le test RT-PCR est négatif et si suspicion forte de COVID-19 : refaire un test RT-PCR entre J2 et J7 ou à défaut prescrire un test sérologique à partir de J14.

Raisons pour lesquelles un résultat faux négatif peut survenir lors d’un test RT-PCR:

– Mauvaise technique du prélèvement (l’écouvillonnage n’a pas été assez pro-fond).

– Le test a été réalisé trop tard et le virus ne peut plus être isolé à partir d’un prélèvement nasopharyngé (risque élevé de résultat négatif pour des tests réalisés à partir de J8).

Si le test de détection antigénique ou le test RT-PCR sont positifs, les mesures suivantes sont engagées:

  • Maintien de l’isolement strict du cas au minimum 10 jours (qu’il s’agisse du virus sauvage ou des variantes d’intérêt 20I/501Y.V1, 20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3) après l’apparition des premiers signes de la maladie ;
  • Si cela n’a pas déjà été réalisé, mise en septaine de l’ensemble des membres du foyer, prescription de tests RT-PCR, qu’ils soient symptomatiques ou asymptomatiques, et recommandations pour le respect des mesures barrière au domicile (port du masque, lavage régulier des mains, auto-surveillance de la température et des symptômes) ;

NB: La réalisation dès que possible de tests RT-PCR pour les membres du foyer d’un cas confirmé (ou d’un cas probable TDM+ pris en charge en établissement de santé) vise à identifier tous les cas, symptomatiques ou non, afin de pouvoir évaluer et limiter les risques de transmission intra-domiciliaire, proposer si nécessaire des solutions d’hébergement, notamment si les risques de transmission ne peuvent pas être maitrisés, en cas de présence de personnes vulnérables à protéger vis-à-vis du COVID-19 au sein du foyer ou d’un travailleur dans l’activité est essentielle (comme un professionnel de santé par exemple), et réaliser un contact-tracing autour des cas confirmés. En revanche, la réalisation des tests RT-PCR à ce stade ne vise pas à lever ou à alléger précocement la quatorzaine en cas de résultat négatif (la personne peut être en période d’incubation).

  • Recherche des autres personnes contacts à risque selon la définition de Santé publique France en remontant à 48 heures avant le début des symptômes et jusqu’au début de l’isolement du cas.

B. Identifier, isoler et tester les personnes contacts à risque d’un cas confirmé ou probable TDM+

-Pour l’ensemble des contacts à risque (foyer et hors foyer), un test antigénique devra être réalisé immédiatement, dès la prise en charge du contact, chez afin de pouvoir déclencher sans attendre le contact-tracing en cas de positivité. Un résultat négatif ne lève pas la mesure de quarantaine de la personne contact (une attention particulière devra être portée à l’explication de l’importance de la poursuite de la quarantaine). Les enfants de moins de 6 ans ne sont pas concernés par cette mesure. En cas de positivité, la conduite à tenir pour les cas confirmés détaillée ci-dessus s’applique.

-La durée de la quarantaine pour les contacts à risque reste à 7 jours après le dernier contact avec le cas confirmé ou probable qu’il s’agisse du virus sauvage ou des variantes d’intérêt 20I/501Y.V1, 20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3.

Recommandations pour le respect des mesures barrière au domicile (port du masque en présence d’un tiers dans la même pièce, lavage régulier des mains, auto-surveillance de la température et de l’apparition de symptômes) ;

-Toutes les personnes contacts à risque sont invitées à informer les personnes avec qui elles ont été en contact à risque depuis leur dernière exposition à risque avec le cas (contact warning de seconde génération).

-Organisation d’un test RT-PCR à J+7 de la date du dernier contact avec le cas :

  • Si le résultat du test est positif, une procédure de contact-tracing pour cette personne est déclenchée (en remontant à 7 jours avant la date du prélèvement positif) et la mesure de septaine évolue vers une mesure d’isolement ;
  • Si le résultat du test est négatif et en l’absence de survenue de symptômes, la mesure de septaine est levée complètement.
B1. Personnes contacts à risque au sein du foyer

Tous les membres du foyer d’un cas confirmé ou probable TDM+ de COVID-19 sont considérés comme des personnes contacts à risque, les mesures de protection efficaces ne pouvant être garanties en permanence au domicile. Les résultats des tests réalisés pour ces personnes dès la prise en charge du cas possible ou dès la confirmation du cas permettent de :

  • Proposer si nécessaire une solution d’hébergement adaptée afin de séparer le(s) cas ou le(s) personne(s) contact(s) du reste du foyer ;
  • Déclencher une procédure de contact-tracing pour les cas confirmés ainsi détectés, selon la présence ou non de symptômes cliniques évocateurs du COVID-19:
    • Pour les symptomatiques : 48 heures avant le début des symptômes jusqu’à l’isolement strict;
    • Pour les asymptomatiques : 7 jours avant la date du prélèvement RT-PCR+ (NB: si le cas développe des symptômes par la suite, la liste des personnes contacts à risque constituée initialement sera réduite à 48 heures avant le début des symptômes);
  • Préciser la durée d’isolement ou de septaine de chacun en fonction du résultat du test, de leurs symptômes et des conditions d’hébergement.
B2. Personnes contacts à risque hors du foyer

La stratégie de prise en charge des personnes contacts à risque hors du foyer du cas confirmé ou probable TDM+ diffère légèrement de celle des personnes contacts du foyer, du fait de leur hébergement différencié de celui du cas. Les personnes contacts à risque hors du foyer, identifiées par interrogatoire du cas, sont contactées par les agents en charge du contact-tracing de niveau 2 et si le niveau «à risque» du contact est confirmé.

C. En résumé : les principes généraux de la stratégie de contact-tracing sont les suivants...

Pour tous les cas de contamination ou de suspicion de contamination, la durée de l’isolement doit être égal à 10 jours pleins (10 jours (qu’il s’agisse du virus sauvage ou des variantes d’intérêt 20I/501Y.V1, 20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3). Durant la semaine qui suit la levée de l’isolement, le risque résiduel peut être parfaitement maitrisé par le port rigoureux du masque chirurgical, et le suivi scrupuleux des mesures d’hygiène et de la distanciation physique.

1. Patients symptomatiques

https://solidarites-sante.gouv.fr

 

2. Patients asymptomatiques avec test de RT-PCR positif

https://solidarites-sante.gouv.fr

 

3. Contact à risque

Il n’existe pas de traitement ayant démontré à ce jour une efficacité sur la réduction de complications ou la durée des symptômes avec un niveau de preuve suffisant. Le traitement de la Covid-19 est symptomatique, et adapté selon les signes cliniques présentés.

Traitement symptomatique

  • En cas de fièvre ou de douleur, le paracétamol est le traitement de première intention. Il est recommandé de ne pas avoir recours aux anti-inflammatoires non stéroïdiens compte tenu de la possible association entre leur utilisation et la survenue d’une forme sévère de la maladie.
  • Les patients avec des maladies chroniques ne doivent pas arrêter leur traitement sans avis médical. Il n’y a pas lieu de recommander un arrêt systématique des inhibiteurs de l’enzyme de conversion, des sartans, des corticoïdes oraux ou inhalés utilisés en traitement de fond pour des maladies chroniques.
  • Il n’y a aucune indication d’antibiothérapie en dehors d’une infection bactérienne. En cas de fièvre, expectoration, signes de pneumopathie sans dyspnée, en contexte de circulation de SARS-COV2, il est recommandé d’instaurer un traitement par Amoxicilline-Acide clavulanique ou Céphalosporine de 3ème génération, voire fluroquinolone en deuxième intention.
  • Une anticoagulation préventive est indiquée chez des patients alités ou à risque thromboembolique.
  • En l’état actuel des connaissances, les corticoïdes systémiques ne sont pas indiqués chez les patients ayant une forme de Covid-19 non oxygénorequérante. Pour ces malades, l’usage des corticoïdes est délétère.
  • Il n’y a pas de place des aérosols en ambulatoire car la dyspnée (fréquence respiratoire >22/min) est un facteur de gravité indiquant l’hospitalisation. Pour les formes sévères justifiant une hospitalisation, l’oxygénothérapie, en fonction de la saturation en oxygène, est la pierre angulaire de la prise en charge.
  • Ventilation assistée pour les formes graves (épuisement respiratoire ou d’un SDRA…).

Traitements curatifs en cours d'étude

A ce jour, aucun traitement spécifique n’a été identifié pour ce nouveau coronavirus. La physiopathologie de la maladie est encore mal connue. Les traitements actuels en cours d’évaluation s’orientent dans deux directions :

1. Diminuer la charge virale : en début de la maladie, ces traitements permettraient  de favoriser la guérison et de diminuer la contagiosité. Le fait que les pneumopathies surviennent tardivement avec des PCR souvent négative, laisse craindre qu’ils puissent être inefficaces pour traiter les phases plus tardives.

2. Diminuer la réponse immunitaire : le délai d’apparition d’une semaine, entre le début des symptômes et les pneumopathies graves, laisse supposer que c’est au moment où la réponse immunitaire adaptative (humorale et cellulaire) apparaît que les patients s’aggravent. Pour les formes graves, corticoïdes, interférons et plasmaphérèse auraient leur place pour diminuer la réponse immunitaire.

Multiplication virale du SRAS-Cov-2 et potentielles cibles médicamenteuses,
Sanders and al. Pharmacologic Treatments for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), JAMA April 13, 2020

Plutôt que de fabriquer de nouvelles molécules, les chercheurs cherchent d’abord à réutiliser des médicaments déjà approuvés dans d’autres maladies. Les principaux traitements, en cours d’évaluation dans le monde, sont les suivants :

Antiviraux
  • Remdesivir : antiviral intra-veineux à large spectre, qui a été développé pour le traitement du virus Ebola.  Il s’agit d’un analogue de l’adénosine. Incorporé dans la chaîne d’ARN viral, il inhibe sa réplication in vitro et in vivo dans des modèles animaux. Plusieurs essais randomisés sont en cours pour évaluer l’efficacité du remdesivir pour les infections modérés ou sévères. Il est difficile à avoir.
  • Hydroxychloroquine / chloroquine : ces deux médicaments, utilisés depuis longtemps dans le traitement du paludisme et certaines maladies inflammatoires, ont une activité in vitro sur le SARS-CoV-2.
    La chloroquine aurait été associée à une diminution de la durée des symptômes mais les données primaires à l’appui de ces déclarations n’ont pas été publiées.  Cette molécule fait partie des recommandations de traitement Chinoises. Attention aux risque de cardiotoxicité et à l’augmentation du risque épileptique.
    La même prudence est de mise pour l’association hydroxychloroquine azithromycine. Cette association pourrait réduire la phase virémique (70% vs 12,5% dans le groupe contrôle). Raoult et al. montre une diminution de l’excrétion virale des patients sous hydroxychloroquine (associée ou non à l’azithromycine). Ces résultats sont à considérer avec prudence : étude ouverte non randomisée, faible effectif de l’étude (26 patients, 6 perdus de vue), inclusion en partie des patients asymptomatiques, absence de véritable bras témoin, un critère de jugement uniquement virologique ET des discordances dans les données supplémentaires publiés. Attention, cette association est connue pour entrainer une augmentation du QT. La preuve de l’efficacité clinique et de l’innocuité de l’hydroxychloroquine et de la chloroquine chez les patients atteints de COVID-19 (traitement ou prévention) n’est pas établie, notamment dans des essais cliniques dépourvus de biais méthodologiques.
    À ce stade, l’efficacité de la chloroquine, de l’hydroxychloroquine ou de l’azithromycine dans le traitement de l’infection au COVID-19 n’a pas été scientifiquement démontrée. Le Haut Conseil de Santé Publique préconise de ne pas utiliser ce traitement en l’absence de recommandation, à l’exception des cas graves à l’hôpital sur décision collégiale des médecins et sous surveillance stricte. En l’absence de toute donnée probante, le Haut Conseil exclut pour le moment toute prescription dans la population générale et pour des formes non sévères.
  • Lopinavir / ritonavir KALETRA : cette association, utilisée depuis plus de 20 ans dans le traitement du VIH, semble avoir peu ou pas de rôle dans le traitement des formes sévères de pneumonie. Une activité a été montré in vitro et sur modèle animal. Cependant, dans un essai clinique randomisé de 199 patients atteints de Covid-19, on n’observe aucune différence en terme d’amélioration clinique entre les patients ayant bénéficier des soins standard et ceux ayant reçu du lopinavir-ritonavir (400/100 mg) deux fois par jour pendant 14 jours en plus.
Immunomodulateurs
  • Corticostéroïdes (dexaméthasone…), grâce à leur activité anti inflammatoire, ont montré une efficacité dans la prise en charge de certains patients.
  • Tocizilumab : anticorps monoclonal inhibiteur du récepteur de l’interleukine 6 réservés aux essais cliniques. Un essai clinique évaluant le sarilumab Kevzara® a débuté le 13 mars 2020 aux Etats-Unis. Utilisé dans le traitement de la polyarthrite rhumatoïde, cet anticorps monoclonal permet d’inhiber l’interleukine IL-6 et diminuerait l’inflammation pulmonaire.
  • Mépolizumab NUCALA : la protéine CD17, glycoprotéine transmembranaire exprimée par les cellules épithéliales, serait utilisé par le virus comme protéine d’entrée dans les cellules hôtes. L’anticorps anti-CD147 permettrait de bloquer cette interaction et, dans un essai préliminaire, aurait permis une clairance virale plus rapide.
Immunité passive

Un essai clinique européen destiné à évaluer quatre traitements expérimentaux contre le COVID-19 a démarré le 22 mars 2020 : soins standards seuls ;  soins standards + remdesivir ;  soins standards + lopinavir, ritonavir ; soins standards + lopinavir, ritonavir, interféon beta ; soins standards + hydrochlroquine. Un autre essai randomisé contrôlé international appelé Solidarity mis en place l’organisation mondiale de la santé doit évaluer lui aussi ces 4 stratégies.

Traitements préventifs en cours d'étude

Le but est d’exposer le système immunitaire à un antigène qui ne causera pas de maladie mais sera capable de provoquer une réponse immunitaire.

Les différents types de vaccins :

Virus :
  • Utilisation d’un virus entier et inactivé, ici le SARS-CoV-2 [plusieurs vaccins développés par des consortium Chinois]
Vecteur viral :
  • Utilisation d’un vecteur viral dans le génome duquel on a inséré le gène de la protéine-cible, ici la protéine S du SARS-CoV-2 [vaccins développés par l’Université Oxford AstraZeneca ; Johnson & Johnson/Janssen, Merck-Institut Pasteur, Spoutnik V de Gamaleya en Russie, CanSinoBio en Chine]
Acide nucléique (ADN ou ARN) :
  • Utilisation d’acide nucléique c’est à dire la séquence génétique d’une protéine-cible : ici la protéine S [vaccins à ARN développés par Moderna-NIH et Pfizer-BioNTech]
Protéines recombinantes :
  • Utilisation d’une partie seulement du virus (le plus souvent une protéines, ici la protéine S) associé à un adjuvant de l’immunité [vaccins de Novavax et de Sanofi-GSK]

Quelques réponses aux questions les plus fréquentes sur la vaccination contre la Covid-19 :

Les vaccins à ARN peuvent-ils modifier nos gènes ?

Non. Lors de la synthèse protéique, l’information circule dans le sens ADN→ARN→protéine. Il n’y pas dans notre organisme d’enzyme permettant d’inverser ce sens. Ainsi, les vaccins ARNm ne peuvent pas modifier nos gènes (qui eux sont sous forme d’ADN).

Et les vaccins à ADN: peuvent-ils modifier nos gènes ?

Non. Dans les vaccins à ADN, l’acide nucléique est sous une forme circulaire fermée(plasmide)qui ne peut pas s’intégrer à l’ADN chromosomique. Par ailleurs, le vaccin ne contient pas l’enzyme (intégrase) qui permettraitcette intégration.

Quels sont les avantages des vaccins à acide nucléique ?

Ils sont très faciles et rapides à produire. La synthèse est faite en laboratoire sans avoir besoin de manipuler le virus. De plus, une fois le vaccin injecté, la protéine d’intérêt est produite dans nos cellules de façon naturelle; elle prend donc la conformation (la forme) qu’elle a habituellement et induit une réponse immunitaire complète (anticorps et lymphocytaire T). C’est un avantage par rapport aux vaccins inactivés ou sous-unitaires, et qui induisent surtout une réponse immunitaire de type anticorps.

Quel recul a-t-on sur la technologie des vaccins à acide nucléique ?

Il n’existait jusqu’à aujourd’hui aucun vaccin à ARNm homologué. Cependant, les chercheurs y travaillent depuis plus de 20 ans. Cette technologie a fait l’objet d’améliorations continues, qui ont largement contribué à sa sûreté. Des vaccins à ARNm ont été testés chez l’être humain contre le virus Zika, les virus de la grippe et de la rage, et le cytomégalovirus, avec de l’ordre de 600 participants inclus dans ces essais. C’est également le cas pour les vaccins à ADN qui ont montré des résultats prometteurs chez l’animal et dont les essais cliniques, chez l’humain, avaient déjà commencé avant le développement des vaccins à ADN contre le SARS-CoV-2. Quatre vaccins à ADN ont par ailleurs reçu les autorisations règlementaires nécessaires à leur exploitation commerciale pour protéger plusieurs espèces animales contre des maladies virales ou traiter le mélanome du chien.

Quelle est l’efficacité des vaccins à ARNm de Pfizer-BioNTech et de Moderna ?

Les preuves d’efficacité de ces vaccins proviennent de deux vastes essais cliniques de phase 3 randomisés, en double aveugle et avec un groupe placebo, c’est-à-dire procurant le plus haut niveau de preuve scientifique. Ces deux essais (l’un de 43000 participants environ, l’autre de 30000 participants environs) montrent une efficacité de 94%. Concrètement, pour le vaccin Pfizer-BioNTech, les résultats ont porté sur 170 cas deCovid-19symptomatiques: 8 cas sont survenus dans le groupe des volontaires vaccinés contre162 cas dans le groupe placebo;pour le vaccin Moderna, sur 196 cas de Covid-19symptomatiques, 11sont survenus dans le groupe des volontaires vaccinés contre185 cas dans le groupe placebo. Cette efficacité ne variait pas dans différentes les catégories d’âge et de sexe,et chez les personnes souffrant de problèmes médicaux sous-jacents,ainsi que chez les participants ayant eu une infection antérieure par le SARS-CoV-2; d’autres résultats permettront de préciser encore davantage si cette efficacité varie dans différents groupes de personnes.

Quels sont les effets secondaires les plus fréquents des vaccins à ARNm ?

La grande majorité des effets secondaires observés lors des essais cliniques se manifestent le lendemain de la vaccination et durent habituellement moins de 3 jours. Ils sont classiques et relativement attendus et fréquents : rougeur au point d’injection, fatigue, maux de tête, douleurs musculaires, frissons ou fièvre. C’est ce que l’on appelle la «réactogénicité». Les effets généraux sont plus fréquents après la 2èmedose de vaccin et chez les personnes plus jeunes. Ils sont le plus souvent légers à modérés et durent en moyenne 2 à 3 jours. Comme pour toute autre vaccination, les personnes vaccinées doivent être averties de la possibilité de survenue de tels effets. La prise de paracétamol est possible, mais elle n’est pour le moment pas recommandée de manière préventive. Notons que, dans le groupe placebo, 23 % des sujets ayant reçu le placebo (une solution d’eau salée)ont rapporté des maux de tête (contre 59 % dans le groupe vacciné) et 23 % ont rapporté une fatigue (contre 65 %dans le groupe vacciné) dans les 7 jours suivant la 2èmedose dans l’essai clinique de Moderna. Notons enfin la survenue d’adénopathie(s) axillaire(s) plus fréquente(s) dans le groupe des volontaires vaccinés (0,3 et 1,1 % dans les essais de Pfizer-BioNTech et Moderna respectivement) que parmi ceux ayant reçu le placebo.

Les mutations impactent-elles l’efficacité des vaccins ?

Ce n’est pas le cas avec une année de recul.La protéine S (spicule) qui permet l’entrée du virus dans les cellules humaines peut comme les autres protéines virales être affectée par des mutations.Si les mutations touchent sa capacité à être reconnue par le système immunitaire, l’efficacité des vaccins actuellement développés pourrait être touchée. Des systèmes de surveillance internationaux sont en place pour repérer si de telles mutations se produisaient.

Devra-t-on se faire vacciner tous les ans comme pour la grippe ?

Il est possible que la Covid-19devienne une maladie saisonnière comme la grippe, ce qui pourrait justifier l’obtention d’une immunité à long terme. Si le vaccin ne protège pas plus d’une année ou que le virus acquiert sur plusieurs années des mutations lui permettant de ne plus être reconnu par une personne qui a déjà fait une COVID ou qui a été vaccinée (comme le virus de la grippe), il faudra se vacciner régulièrement avec un vaccin adapté aux nouveaux variants qui pourraient circuler. Cependant, aucune mutation détectée à ce jour n’a affecté la protéine S au point d’altérer la capacité du corps humain à reconnaître le coronavirus.

Les indications de la vaccination contre la grippe pour la campagne 2020-2021 restent celles des recommandations habituelles :

  • chez les personnes âgées en établissements, notamment les EHPAD, ainsi que les personnels y travaillant lorsque ces derniers sont à risque de développer une forme grave du COVID. Cela représente environ 1 million de personnes.
  • puis au fur et à mesure des livraisons, le périmètre de la vaccination sera élargi, en commençant par les près de 14 millions de personnes présentant un facteur de risque lié à l’âge ou une pathologie chronique et ainsi que par certains professionnels de santé.
  • enfin, comme l’a annoncé le Président de la République, la vaccination sera ouverte à partir du printemps à l’ensemble de la population.

Le premier ministre a précisé que la vaccination sera gratuite pour tous.

Le vaccin de Pfizer Biontech vs Moderna vs AstraZeneca contre la Covid-19 :

Vaccin de Pfizer BioNtech :

Vaccin ARN codant pour la protéine Spike.
Autorisé pour… 16 ans et plus
Présentation : flacon multidose (6 à 7 doses de 0,3mL), dispersion blanche à diluer (ajout de 1,8ml de chlorure de sodium)
Intervalle d’injection : RCP (2 doses espacées de 3 semaines) ; HAS (2 doses espacées de 6 semaines).
Administration : IM, de préférence dans le muscle deltoïde.
Conservation avant ouverture : -70 à -80°C (6 mois), 2 à 8°C (5 jours) et à température ambiante (2h).
Conservation après ouverture : entre 2 à 30°C (6h).

Vaccin testé sur 43 538 volontaires (phase 3).
Ils ont reçu 2 injections.
Parmi les 43 538 volontaires, 94 ont été infectés par la Covid-19 dont :

  • 10% avait reçu la vaccin
  • 90% avaient reçu un placebo
  • Efficacité : 90%

Vaccin de Moderna :

Vaccin ARN codant pour la protéine Spike.
Autorisé pour… 18 ans et plus
Présentation : flacon multidose (10 doses de 05mL), dispersion blanche prête à l’emploi.
Intervalle d’injection : RCP (2 doses espacées de 4 semaines) ; HAS (2 doses espacées de 6 semaines).
Administration : IM, de préférence dans le muscle deltoïde.
Conservation avant ouverture : -20°C (6mois), 2 à 8°C (1 mois) et à température ambiante (12h).
Conservation après ouverture : entre 2 à 25°C (6h).

Vaccin testé sur 30 000 volontaires (phase 3).
Ils ont reçu 2 injections.
Parmi les 30 000 volontaires, 90 ont été infectés par la Covid-19 dont :

  • 5% avait reçu la vaccin
  • 95% avaient reçu un placebo
  • Efficacité : 94,5%

Ils ont reçu 2 injections à 4 semaines d’intervalle.

Vaccin AstraZeneca et University of Oxford :

Vecteur à protéines virales.
Autorisé pour… 18 ans et plus
Présentation : flacon multidose (10 doses de 0,5mL), suspension incolore à légèrement brune prête à l’emploi.
Intervalle d’injection : RCP (2 doses espacées de 4 à 12 semaines) ; HAS (2 doses espacées de 12 semaines).
Administration : IM, de préférence dans le muscle deltoïde.
Conservation avant ouverture : 2 à 8°C (6 mois) à l’abri de la lumière.
Conservation après ouverture : <30°C (6h) ou 2 à 8°C (48h).

Vaccin testé sur 23 000 volontaires (phase 3).
Ils ont reçu 2 injections.
Parmi les 23 000 volontaires, 131 ont été infectés par la Covid-19 dont :

  • 1 groupe a reçu 1/2 dose puis 1 dose : efficacité 90%
  • 1 groupe a reçu 1 dose puis 1 autre dose : efficacité 62%
  • Efficacité globale : 70,0%

Vaccin Vaccine Janssen :

Vecteur à protéines virales.
Autorisé pour… 18 ans et plus
Présentation : flacon multidose (5 doses de 0,5mL), suspension incolore à légèrement jaune prête à l’emploi.
Intervalle d’injection : RCP (1 dose unique).
Administration : IM, de préférence dans le muscle deltoïde.
Conservation avant ouverture : -25 à -15°C (2ans) et 2 à 8°C (3 mois).
Conservation après ouverture : <25°C (3h) et 2 à 8°C (6h).

Le suivi ambulatoire des cas confirmés et des cas contacts

COVID-19 : prise en charge en ambulatoire, Élargissement de la prise en charge des cas COVID-19 à l’ambulatoire, Ministère de la Solidarité et de la Santé, 21 mars 2020 ; Stratégie de contact-tracing post-confinement et aux modalités de sa mise en oeuvre, Ministère de la Solidarité et de la Santé, 6 mai 2020

Le rôle de coordination du médecin traitant est essentiel. Il prescrit les éventuels examens complémentaires, les actes infirmiers et autres prises en charge thérapeutiques nécessaires selon les besoins du patient et selon ses capacités fonctionnelles, en coordination avec les différentes acteurs (infirmier, kinésithérapeute, diététicien, psychologue, orthophoniste, etc.).

Le suivi doit être attentif pendant les deux premières semaines d’évolution, correspondant à la période pendant laquelle une aggravation rapide est susceptible de survenir. Un suivi plus rapproché ou plus prolongé peut parfois être nécessaire, dont la fréquence est à adapter selon l’évolution du patient. Cette surveillance peut être réalisée par le médecin équipé d’un oxymètre de pouls, par un(e) infirmier(e) de ville équipé(e) oxymètre de pouls, ou selon l’organisation territoriale des soins et les ressources en professionnels de santé.

La surveillance des paramètres physiologiques au repos et à l’effort, en particulier respiratoires, est nécessaire: fréquence respiratoire; saturation en oxygène; fréquence cardiaque et température.En cas d’aggravation le patient devra contacter le médecin traitant.

Place de la téléconsultation pour l’évaluation clinique: le médecin jugera s’il a besoin de voir le patient ou s’il peut le suivre par téléconsultation. La téléconsultation a une place possible dans la surveillance comme un outil parmi d’autres mais ne peut remplacer une évaluation clinique en présentiel.

Place des examens complémentaires dans le suivi: Dans les formes non sévères, il n’y a pas lieu de réaliser d’examens complémentaires biologiques ou radiologiques. Les examens biologiques sont demandés dans le cadre du diagnostic différentiel ou d’un bilan de décompensation d’une pathologie préexistante.

Pour les cas confirmés

  • Symptomatique :
    • Confinement au domicile ou en centre d’hébergement.
    • Les mondialités du suivi sont décidées sur appréciation médicale :
      - Auto-surveillance des symptômes, sans programmation ultérieure de consultation.
      - Contact médical (téléconsultation à privilégier, à défaut physique) entre J6 et J8 pour surveillance et renouvellement de l’arrêt.
      - Suivi renforcé à domicile par IDE possible pour sujets à risques ne pouvant assumer une auto-surveillance.
      - HAD pour surveillance renforcée (>70 ans avec risques de complication ou complexité psychosociale).
    • En cas d’aggravation des symptômes (difficultés respiratoires), les patients doivent contacter le SAMU Centre 15.
    • Arrêt de travail (au moins 8 jours, jusqu’à la levée du confinement = guérison).
  • Asymptomatique :
    • Confinement strict jusqu’à 10 jours (qu’il s’agisse du virus sauvage ou des variantes d’intérêt 20I/501Y.V1, 20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3) après le prélèvement RT-PCR+

Conseils pour un confinement efficace

L’objectif principal est de ne pas contaminer les autres membres du foyer :

  • Eviter les contacts avec les autres occupants du domicile. Dans le cas contraire il est recommandé de se laver les mains fréquemment, de ne pas toucher d’objets communs et de laver quotidiennement les surfaces fréquemment touchées (poignées, téléphones mobiles, etc.).
  • Rester dans une pièce spécifique séparée. Aérée régulièrement. Si possible, une salle de bain et des toilettes spécifiques sont à privilégier.
  • Limiter au maximum les déplacements.
  • Visites déconseillées sauf si indispensables comme les aidants à domiciles.
  • Livraisons à domicile : laisser le colis sur le palier.
  • Rendez-vous médicaux : prévenir en amont le personnel soignant, et porter un masque.

Levée du confinement d'un cas positif : population générale

- Population générale

Au moins 10 jours pleins (qu’il s’agisse du virus sauvage ou des variantes d’intérêt 20I/501Y.V1, 20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3) après le début des symptômes
ET au moins 48h après disparition de la fièvre
ET au moins 48h après disparition de la dyspnée.

Pendant encore 7 jours, éviter les contacts rapprochés avec personnes fragiles.

- Immunodéprimés

Au moins 10 jours après le début des symptômes
ET au moins 48h après disparition de la fièvre
ET au moins 48h après disparition de la dyspnée.

Pendant encore 14 jours, port du masque chirurgical lors de la reprise des activités professionnelles.

Levée du confinement d'un cas positif : personnel de santé

- Personnel de santé n’appartenant pas à la liste des personnes à risque de développer une forme grave :

Au moins 10 jours pleins (qu’il s’agisse du virus sauvage ou des variantes d’intérêt 20I/501Y.V1, 20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3) après le début des symptômes
ET au moins 48h après disparition de la fièvre
ET au moins 48h après disparition de la dyspnée
AVEC, lors de la reprise des activités professionnelles, au contact de patients et/ou de professionnels de santé, le port d’un masque chirurgical de type II, pendant les 7 jours suivant la levée du confinement.

- Personnel de santé appartenant à la liste des personnes à risque de développer une forme grave :

Au moins 10 jours après le début des symptômes
ET au moins 48h après disparition de la fièvre
ET au moins 48h après disparition de la dyspnée
AVEC lors de la reprise des activités professionnelles, au contact de patients et/ou de professionnels de santé, le port d’un masque chirurgical de type II, pendant les 7 jours (14 jours pour les patients immunodéprimés) suivant la levée du confinement.

- Personnel de santé ayant développé une forme grave de Covid-19 :

Au cas par cas en lien avec le médecin du service de santé au travail : critère virologique.

Pour les cas contacts

  • Confinement pendant 7 jours
  • Discuter centre d’hébergement si risques de transmission non maitrisables, présence de personnes vulnérables ou travailleur dont l’activité est essentielle
  • Maintenue jusqu’au 7ème jour après guérison clinique de tous les cas du domicile (si vie séparée au sein du domicile : au 7ème jour après dernier contact avec le cas)
  • Port du masque, lavage régulier des mains, surveillance température 2x/jour, surveillance des signes respiratoires. Si apparition de symptômes : prise en charge comme un patient symptomatique.

Pour les contacts à risque hors foyer, la mesure de quarantaine prend fin en cas de résultat de test négatif (Tag ou RT-PCR) réalisé à J7 du dernier contact avec le cas confirmé et en l’absence de symptômes évocateurs de la Covid-19. Les prélèvements naso-pharyngés peuvent être réalisés à partir de 6 ans sous réserve d’acceptabilité des parents. Pour les enfants de 6 à 11 ans (et les adultes) qui ne seraient pas testés à J7, la quarantaine doit être prolongée jusqu’à J14. Pour les enfants de moins de 6 ans, la reprise des activités est possible sans test à J8 en l’absence de symptômes évocateurs de la Covid-19.

Pour les contacts à risque du foyer, la mesure de quarantaine prend fin en cas de résultat de test négatif (Tag ou RT-PCR) réalisé 7 jours après la guérison du cas confirmé (soit à J17) et en l’absence de symptômes évocateurs de la Covid-19. Pour les enfants de 6 à 11 ans (et les adultes) qui ne seraient pas testés, la quarantaine doit être prolongée jusqu’à J24. Pour les enfants de moins de 6 ans, la reprise des activités est possible sans test à J18 en l’absence de symptômes évocateurs de la Covid-19.

Symptômes prolongés suite à une Covid-19 de l’adulte

Sont plus particulièrement concernés, les patients qui répondent aux 3 critères suivants:

  • Épisode initial symptomatique de la Covid-19:
    • soit confirmé par au moins un critère parmi: PCR SARS-CoV-2 +, test antigénique SARS-CoV-2 + , Sérologie SARS-CoV-2 +, anosmie/agueusie prolongée de survenue brutale, scanner thoracique typique(pneumonie bilatérale en verre dépoli…),
    • soit probable par l’association d’au moins trois critères, de survenue brutale, dans un con-texte épidémique, parmi : fièvre, céphalée, fatigue, myalgie, dyspnée, toux, douleurs thoraciques, diarrhée, odynophagie. Une sérologie SARS-CoV-2 positive peut aider à ce diagnostic.
  • Présence d’au moins un des symptômes initiaux, au-delà de 4 semaines suivant le début de la phase aiguë de la maladie.
  • Symptômes initiaux et prolongés non expliqués par un autre diagnostic sans lien connu avec la Covid-19.

Il convient dans un premier temps d’éliminer des diagnostics sans lien avec la Covid-19. Puis il convient de rechercher:

  • des complications de la phase aiguë de la Covid-19;
  • des pathologies pouvant survenir à la phase prolongée de la Covid-19;
  • des décompensations de comorbidités sous-jacentes (thyroïdite, diabète, BPCO…).

Informer et s’informer

Horaires d'ouverture

Pendant la crise Biopyrénées adapte au quotidien l’ouverture de ses laboratoires : horaires d’ouverture des laboratoires Biopyrénées.

Centre de prélèvements