Etat des connaissances COVID-19

Quelle place pour la PCR ?

Seul examen à prescrire à ce jour, elle restera l’examen de référence , dans le respect des indications.

Si on s’affranchit de la qualité du prélèvement, les performances sont excellentes. Néanmoins, la sensibilité peut s’effondrer à 71% en cas de prélèvement mal réalisé. La charge virale est également un facteur limitant.

Nous insistons sur le caractère pharyngé de l’écouvillonnage. Une note récente de la HAS rappelle que les prélèvements de narine sont à exclure. Seul un véritable prélèvement nasopharyngé est souhaitable.

Quelle est la disponibilité de la sérologie Covid ?

Conformément aux directives ministérielles, aucun Laboratoire ne doit à ce jour proposer de tests sérologiques dans l’attente de l’avis du CNR sur les performances minimales attendues. Ces recommandations sont imminentes.

Une vigilance particulière est portée sur les « tests rapides » qui sont formellement déconseillés par la DGS/ARS ainsi que par l’OMS elle-même (08/04/2020).

De nombreuses inconnues subsistent concernant la cinétique de la réponse humorale à l’infection Covid-19, notamment la durée de persistance des IgG et les corrélations entre les taux d’anticorps détectés et le degré de protection.

Quelle est la problématique des tests sérologiques ?

Les tests disponibles permettent de détecter dans le sérum la présence d’anticorps de classes IgM et IgG spécifiques du Sars-CoV-2.

Les anticorps sont produits plusieurs jours à plusieurs semaines après la contamination. Cette réponse immunitaire semble être très variable entre les individus (âge, état nutritionnel, sévérité de l’infection, traitements en cours, comorbidités…).

De nombreux cas de patients présentant une RT-PCR positive avec une faible, retardée ou absente apparition d’anticorps ont été rapportés (3, 7, 9).

La majorité des patients développent une réponse immunitaire détectable au cours de la deuxième semaine après le début des symptômes (2,3,7,10-14). Ainsi, la sérologie ne pourra à terme avoir sa place uniquement qu’après la guérison, et ne pourra pas être utilisée en phase aiguë.

Des réactions croisées (faux-positifs) sont décrites avec d’autres virus (dont d’autres coronavirus) (6,7,15).

La sérologie jouera probablement un rôle important, mais les conditions ne sont pas aujourd’hui réunies pour la proposer de façon large. A noter que l’Académie de Médecine a récemment proposé de la limiter à un usage épidémiologique sur des cohortes régionales de grande ampleur, ainsi qu’à des contextes particuliers (EHPAD, soignants…) (1).

Contacts : Dr C. HEUGAS / Dr S. CENS / Dr O. LACRAMPE

1- Communiqué de l’Académie : « Tests Covid-19 : applications collectives et individuelles » 10/04/2020
2- Liu Y, Liu Y, Diao B, Ren Feifei, et al. Diagnostic indexes of a rapid IgG/IgM combined antibody test for SARS-CoV-2. medxriv [Internet]. 2020; Available from: https://doi.org/10.1101/2020.03.26.20044883
3 – Zhao J, Yuan Q, Wang H, Liu W, Liao X, Su Y, et al. Antibody responses to SARS-CoV-2 in patients of novel coronavirus disease 2019. medxriv [Internet]. 2020; Available from: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.02.20030189v1.full.pdf
7- Okba N.M.A, Muller M.A., Li W, Wang C, et al. SARS-COV-2 specific antibody responses in COVID-19 patients. medxriv [Internet]. 2020; Available from: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.18.20038059v1
9- Lin D, Liu L, Zhang M, Hu Y, et al. Evaluation of serological tests in the diagnosis of 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2) infections during the COVID-19 outbreak. medxriv [Internet]. 2020; Available from: https://doi.org/10.1101/2020.03.27.20045153
10- Wölfel R, Corman V, Guggemos W, Seilmaier M, Mueller M, Niemeyer D, et al. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature [Internet]. 2020; Available from: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x
11- Lou B, Li T, Zheng S, Su Y, Li Z, Liu W, et al. Serology characteristics of SARS-CoV-2 infection since the exposure and post symptoms onset. medxriv [Internet]. 2020; Available from: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.23.20041707v1.full.pdf
12- Liu W, Liu L, Kou G, Zheng Y, et al. Evaluation of nucleocapsid and spike protein-based ELISAs for detecting antibodies against SARS-CoV-2. medxriv [Internet]. 2020; Available from: https://doi.org/10.1101/2020.03.16.20035014 medRxiv preprint
13- Zhang W, Du R, Li B, Zheng X, et al. Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes. Emerging microbes and infections. 2020; 9(1):386-389.
14- Zhou P, Yang XL, Wang X, Hu B, et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020 Mar;579(7798):270-273. doi: 10.1038/s41586-020-2012-7. Epub 2020 Feb 3.
15- Wang N, Li SY, Yang XL, et al. Serological Evidence of Bat SARS-Related Coronavirus Infection in Humans, China. Virol Sin. 2018;33(1):104–107. doi:10.1007/s12250-018-0012-16- Che X, Qiu L, Liao Z, Wang Y, et al. Antigenic cross-reactivity between severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus and human coronaviruses 229E and OC43. The Journal of Infectious Diseases, Volume 191, Issue 12, 15 June 2005, Pages 2033–2037, https://doi.org/10.1086/430355