État des connaissances COVID-19

Un nouveau variant du SARS-CoV-2 a été détecté au Royaume-Uni. Ce nouveau variant est défini par de multiples variations des gènes codant pour les protéines de spicule (S) ainsi que par des variations d’autres régions génomiques. Le Royaume-Uni rapporte que ces variations (notamment la délétion 69-70 dans la protéine de pointe) provoquent un résultat négatif de certains tests RT-PCR dont les amorces ciblent le gène «S».

Les données des enquêtes épidémiologiques et virologiques britanniques ont indiqué une transmissibilité plus importante du variant dans le Sud-Est de l’Angleterre, qui aurait progressivement remplacé les autres virus circulants, avec un potentiel estimé d’augmentation du nombre de reproduction (R) de 0,4 ou plus. Rien n’indique toutefois à ce stade que le nouveau variant entraîne une augmentation de la gravité de l’infection.

L’impact des variations du virus sur l’efficacité de dépistage dépend du test utilisé :

• Concernant les tests RT-PCR : la réglementation française oblige les tests RT-PCR à avoir deux cibles au minimum, permettant ainsi de détecter des discordances si une cible a muté. De ce fait, ces tests ne présentent pas de risque de non détection de la présence du SARS-CoV-2. Toutefois, pour les tests RT-PCR incluant la détection du gène «S», une attention particulière devra être portée sur l’interprétation en cas de discordances avec les autres cibles.

“Cibles actuelles de la PCR multiplex utilisées par Biopyrénées Inovie : N1 et Orf1.”
(pas de recherche de la protéine S)

• Concernant les tests antigéniques : l’identification des tests antigéniques ciblant exclusivement la protéine «S» pour lesquels cette mutation peut avoir un impact sur l’efficacité des tests a été réalisée par l’ANSM. Les tests antigéniques ciblant la protéine N ne sont pas, quant à eux, impactés, et ces derniers représentent la très large majorité des tests antigéniques utilisés. Le site Internet https://covid-19.sante.gouv.fr/tests a été actualisé pour indiquer quelle(s) protéine(s) cible chaque test.

“Utiliser uniquement les tests antigéniques ciblant la protéine N.”

En bref

Il est demandé aux laboratoires et aux professionnels de santé d’orienter toute personne ayant séjourné au Royaume-Uni dans les 14 derniers jours ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné et se présentant pour la réalisation d’un dépistage du SARS-CoV-2 vers la réalisation d’un test RT-PCR.

Pour tout patient revenant du Royaume-Uni merci d’en informer le laboratoire (sur l’ordonnance ou par téléphone) pour que ce dernier adresse au CNR tout test positif pour génotypage.

Références :
1- DGS-URGENT N°2020_67 Adaptation des consignes de dépistage en lien avec le nouveau variant du SARS-CoV-2 détecté au Royaume-Uni